Вещественные доказательства хранятся при уголовном деле, а при передаче дела другому органу или должностному лицу передаются вместе с ним. Вместе с тем закон (ст. 82 УПК) допускает и иные варианты обращения с вещественными доказательствами, если их хранение при деле невозможно или затруднительно. Так, громоздкие предметы, большие партии товаров и т. п.могут храниться в ином месте, указанном следователем (дознавателем), о чем в деле должна быть справка. При этом они фотографируются или снимаются на видео –или киносъемку и по возможности опечатываются.

Вещественные доказательства(например, скоропортящиеся предметы) могут быть также возвращены их законному владельцу, переданы для реализации или уничтожены. Изъятые из незаконного оборота этиловый спирт, алкогольная и спиртосодержащая продукция, а также предметы, длительное хранение которых опасно для людей или окружающей среды, передаются для технологической переработки или уничтожаются. Деньги и иные ценности, не имеющие индивидуальных признаков, сдаются на хранение в банк или в иную кредитную организацию.

При хранении вещественных доказательств в месте, определяемом следователем или дознавателем, а также при передаче их для реализации к материалам дела может быть приобщен образец вещественного доказательства, достаточный для сравнительного исследования.

За исключением указанных случаев, вещественные доказательства хранятся до вступления приговора в законную силу либо до истечения срока обжалования определения или постановления о прекращении уголовного дела. Соответственно в приговоре, определении или постановлении о прекращении уголовного дела должна быть определена их судьба. Определяется она следующим образом (ст.81 УПК).

Орудия преступления, принадлежащие обвиняемому, подлежат конфискации, или передаются в соответствующие учреждения, или уничтожаются. Предметы, запрещенные к обращению (оружие, наркотики и др.) передаются в соответствующие учреждения или уничтожаются. Предметы, не представляющие никакой ценности и не истребованные сторонами, уничтожаются. Деньги и иные ценности, нажитые преступным путем, по приговору суда подлежат обращению в доход государства. Документы, являющиеся вещественными доказательствами, остаются в деле в течение всего срока его хранения либо передаются заинтересованным лицам по их ходатайству. Остальные предметы передаются законным владельцам, а при неустановлении последних переходят в собственность государства.

Споры о принадлежности вещественных доказательств разрешаются в порядке гражданского судопроизводства.

Предметы, которые были изъяты в ходе досудебного производства, но вещественными доказательствами признаны не были (например, оказались неотносимыми к делу), подлежат возврату лицам, у которых они были изъяты. Таким образом, вещественные доказательства являются неотъемлемой частью любого уголовного процесса. Они способствуют наиболее точному, правильному и справедливому вынесению приговора в суде. Они помогают определить степень опасности того или иного преступления, детальнее изучить его мотив и цели. Вещественные доказательства незаменимы во время проведения оперативно-розыскных мероприятий, если подозреваемый оставил на месте преступления объекты биологического происхождения (кровь и ее следы, слюну, волосы, частицы органов и тканей и др. следы). Необходимо отметить, что следы крови, выделений и другие объекты биологического происхождения становятся вещественными доказательствами по судебному делу после того, как они будут обнаружены, зафиксированы в соответствующих документах, правильно изъяты, направлены на экспертизу и должным образом исследованы.