Новым этапом в жизни университета стало вторжение в Москву в 1812 году наполеоновской армии. Что вызвало у студентов небывалый подъём патриотических чувств. Многие вступили в ополчение против Наполеона. Труд университетских медиков был особо отмечен Кутузовым. Во время военных действий в Москве здания университета практически сгорели дотла. Полностью погибли: университетская библиотека, архив, музей, научное оборудование. Несмотря на тяжкое положение университета, профессора и студенты уже 1сентября 1813 года приступили к занятиям. К 20-м годам XIX столетия число студентов превысило 500 человек. Россия тянулась к новым знаниям. Восстанавливали университет всей Россией. Научные учреждения, ученые, частные лица передавали университету деньги, книги, старинные рукописи, естественно-научные коллекции, приборы. Только для университетской библиотеки к 1815 году удалось собрать 7,5 тысяч книг. Благодаря стараниям университета во второй половине XIX – начале XX века возникли известные московские музеи: Политехнический, Исторический, Зоологический, Антропологии, Изящных искусств; были открыты Ботанический сад и Зоологический сад (Московский зоопарк).

Открытие московского университета стало самым значимым событием в жизни России. Это событие помогло образованию и культуре в России встать на новый уровень. Несмотря на многочисленные трудности, Московский университет за первые 150 лет своего существования внес огромный вклад в развитие российской науки и культуры

Глава II. Становление университета в XIX в. – в начале XX в

В первой половине XIX века Университет стал не только научным, но и культурным центром России. Члены декабристских организаций были воспитанниками Московского университета. Традиции свободомыслия продолжали студенческие кружки братьев Критских, В.Г. Белинского, А.И. Герцена и многих других не мене известных людей. В аудиториях университета шли споры западников и славянофилов о путях развития России. Публичные курсы лекций и диспуты главы западников, блестящего ученого-историка Т.Н. Грановского собирали всю московскую интеллигенцию 1840-х годов. Активной была и издательская деятельность университета, которая не ограничивалась печатанием только научных трудов. В университетской типографии впервые увидели свет "Сонеты" А. Мицкевича, "Записки охотника" И.С. Тургенева. Вспоминая годы реакции в царствование Николая I, «А.И. Герцен писал об особом значении университета: "Опальный университет рос своим влиянием: в него, как в общий резервуар, вливались юные силы России, со всех сторон, из всех слоев; в его залах они очищались от предрассудков, захваченных у домашнего очага, приходили к одному уровню, братались между собой и снова разливались во все стороны России, во все слои ее"».

Новый этап университета начался после отмены крепостного права в 1861 году и вступления России на путь капитализма. Новый университетский устав 1863 года отражал общий курс правительства на проведение реформ, призванных ускорить развитие страны. Рост промышленности, торговли, сельского хозяйства, преобразования в сфере управления, суда, армии требовали вливания новых хорошо образованных людей, которые повышали уровень развития в глазах зарубежных представителей.

§1. Краткая история уставов 1863, 1884 гг

По уставу 1863 года увеличивалось количество учебных дисциплин и число преподавателей. Большое внимание уделялось организации практических и лабораторных занятий, семинаров. Была восстановлена фактически уничтоженная в годы николаевского царствования выборность ректора и деканов. На четырех факультетах университета - историко-филологическом, физико-математическом, юридическом и медицинском - учились около 1500 студентов, большинство из которых принадлежало к разночинцам.

Устав 1863 года, открывший новые возможности для развития отечественного просвещения и науки, просуществовал лишь до 1884 года. Но после убийства в 1881 году народовольцами царя Александра II правительство возобновило наступление на университетскую автономию, усилило контроль над преподавателями. Тем не менее, университет сумел сохранить себя как один из центров передового научного знания и духовной жизни России.

Устав 1884 года сохранил деление факультетов, но увеличил количество дисциплин до 56. Наибольшим изменениям были подвергнуты принципы университетской автономии, которые зафиксированы в обоих уставах. Если устав 1863 года предполагает выборность всех руководящих должностей, то новый устав наоборот ограничивал автономию университета и усиливал надзор Министра Народного Просвещения и Попечителя Учебного Округа над тем, что происходило в университете. Эти изменения коснулись и внешнего вида студентов. Устав 1863 года отменял обязательное ношение студенческой формы, то устав 1884 года требовал ее ношения в обязательном порядке. Оба документа утверждали срок обучения в университете. Для медицинского факультета – 5 лет, для студентов остальных факультетов – 4 года. Все эти изменения в уставе свидетельствуют о трениях, которые постоянно возникали между Московским университетом и правительством. Именно в это время характеризуется развитием студенческих движений, и вовлечение студенчества в революционные процессы.

§2 Революционный перелом университета

Революция 1917 года оставила противоречивый след в судьбе высшей школы. Еще больше усилилась демократизация. Отменили оплату за обучение, студентам выплачивались государственными стипендиями. С 1919 года университет полностью был на государственном финансировании. С этого же года в университете создается рабочий факультет, для выходцев из рабочих и крестьянских семей, что бы они смогли получить необходимые для поступления в вуз сумму знаний. Преподавание в университете в первое послереволюционное десятилетие продолжали ученые с мировым именем: Д.Н. Анучин, Н.Е. Жуковский, Н.Д. Зелинский, А.Н. Северцов, К.А. Тимирязев, С.А. Чаплыгин и другие.

Но это принесло и отрицательные аспекты. Профессора и студенты, которые не приняли новые политические порядки, ушли из Московского университета. Реорганизации 20-30-х годов, тоже действовали отрицательно на университет. Что бы увеличить число специалистов из университета были выведены медицинский, советского права и химический (временно) факультеты и на их базе созданы самостоятельные вузы. В такие же вузы преобразовали геологическое, минералогическое и географическое отделения на естественных факультетах. На основе гуманитарных факультетов в 1931 году открылся Московский институт философии, литературы и истории, слившийся вновь с МГУ только спустя десять лет.

Так же была допущена жесточайшая ошибка в построении учебного процесса, был введен "бригадно-лабораторный метод" обучения, отменявший лекции, отдававший проработку материала на самотек студенческим бригадам из 3-5 человек, индивидуальный экзамен заменялся коллективными отчетами бригад.