Иной тип объединения представлен Парижским университетом. Здесь объединение начали не школяры, а преподаватели. Но это были не простые преподаватели, а студенты старших факультетов, успевшие закончить подготовительный факультет. Они являлись одновременно магистрами семи свободных искусств и студентами. Естественно, что они начали противопоставлять себя другим преподавателям, школярам - подготовишкам и горожанам, требовать определения своего статуса. Новый университет развивался бурно, Объединение с другими факультетами происходило постепенно. Могущество университета выросло в ожесточенной борьбе с духовными и светскими властями. Основание университета датируют 1200 годом, когда вышли указ французского короля и булла папы Иннокентия III, освобождавшие университет от подчинения светской власти. Автономия университета была закреплена буллами пап 1209, 1212, 1231 годов.

В 13 веке возникает и Оксфордский университет. Как и Парижский университет, он возникает после массы конфликтов с городскими и церковными властями. После одной из таких стычек в 1209 году студенты в знак протеста ушли в Кембридж и там возник новый университет. Эти два университета настолько тесно связаны друг с другом, что часто объединяются под общим названием "Оксбридж". Здесь в меньшей степени были представлены богословские проблемы, зато гораздо большее внимание уделялось естественным наукам. Особенностью Оксбриджа является и наличие так называемых колледжей ( от слова "коллегия"), где студенты не только учились, но и жили. Образование в общежитиях привело к появлению такого феномена децентрализованного университета.

Гордостью Испании является университет в Саламанке (1227г). Об основании его окончательно было заявлено в грамоте короля Альфонса X в 1243 году. В XIII веке возникает и масса других университетов:

1220г. - университет в Монпелье( привилегии университета получил, правда, лишь в конце 13 века).

1222г. - Падуанский ( в результате ухода школяров из Болоньи).

1224г. - Неаполитанский, т. к. сицилийскому королю Фридриху II нужны были опытные администраторы.

1229г. -Орлеанский, Тулузский (местные власти соблазнили школяров тем, что можно слушать запрещенного Аристотеля и рассчитывать на стабильные цены на вино и продукты питания).

Много университетов появилось в 14-15 вв.:

1347г. - Пражский.

1364г. - Краковский.

1365г. - Венский.

1386г. - Гейдельбергский.

1409г. - Лейпцигский.

К 1500 году в Европе существовало уже 80 университетов, численность которых была самая разная. В парижском университете в середине 14 века обучалось около трех тысяч человек, в пражском к концу 14 века - 4 тысячи, в краковском - 904 человека.