Большинство первых университетов имели несколько факультетов. Содержание обучения определялось программой семи свободных искусств. Так, на факультете искусств в основном читали сочинения Аристотеля по логике, физике, этике, метафизике, которые были переведены в XII в. с арабского и греческого языков. Усиливалась специализация. Так, Парижский университет славился преподаванием теологии и философии, Оксфордский - преподаванием канонического права, Орлеанский - преподаванием гражданского права, университет в Монпелье (южная Франция) - медицины, университеты Испании отличались преподаванием математики и естественных наук, университеты Италии - преподаванием римского права.

От студента требовалось посещать лекции: обязательные; дневные (ординарные) и повторительные вечерние. Вот как описывает занятия бывший студент Т. Платтер (1492-1582). В один и тот же час, в одном и том же помещении профессора диктовали выдержки из сочинений латинских авторов. Студенты записывали, переводили и комментировали эти выдержки. Еженедельно происходили диспуты с обязательным присутствием студентов. Преподаватель (обычно магистр или лиценциат) назначал тему диспута. Его помощник - бакалавр - вел дискуссию, т.е. отвечал на вопросы и комментировал выступления. При необходимости магистр приходил бакалавру на помощь. Один-два раза в год устраивались диспуты "о чем угодно" (без жестко оговоренной темы). В этом случае нередко обсуждались животрепещущие научные и мировоззренческие проблемы. Участники диспутов вели себя весьма свободно, нередко прерывали оратора свистом и криками.

Университеты явились альтернативой схоластике, вырождавшейся в "науку пустых слов". В Х1У-ХУ вв. пропасть между новейшим знанием и схоластикой увеличилась. Схоластика все больше превращалась в формальную бессодержательную философию. "Научными штудиями" схоластов могли быть, например, дискуссии на темы: "Сколько чертей помещается на кончике иглы","Почему Адаму в раю нельзя было съесть яблоко, а не грушу" и пр.

Университеты противопоставили схоластике деятельную интеллектуальную жизнь. Благодаря им духовный мир Европы стал намного богаче. История первых университетов тесно связана с творчеством мыслителей, давших новый толчок развитию культуры, науки и просвещения (Р. Бэкон, Я. Гус, А. Данте, Дж. Уинкли, Н. Коперник, Ф. Петрарка и др.).