Срок выдаваемых Государственным банком коммерческих ссуд был не более девяти месяцев. По ссудам под залог он не должен был быть менее одного и более шести месяцев. Залогами могли служить правительственные процентные бумаги и оплаченные акции обществ, компаний и товариществ, принимавшихся в залог по казенным подрядам и откупам, а также золото и серебро в слитках и иностранной монете и товары, сложенные в амбарах за печатью Государственного банка. Ссуды по этим залогам не должны были превышать 75-85% их цены по последнему биржевому курсу.

По Уставу Государственный банк был подведомственным Министерству финансов и находился под наблюдением Совета государственных кредитных установлений. Принципиальные вопросы по Государственному банку решались и оформлялись через Особенную канцелярию по кредитной части. "Непосредственным главным начальником" Государственного банка являлся Министр финансов. Управление всеми операциями и делами банка и наблюдение за их производством возлагалось на Правление банка, которое состояло из Управляющего (председатель), его товарища (заместитель), шести директоров и трех депутатов от Совета государственных кредитных установлений. При Правлении Госбанка функционировал Учетный и ссудный комитет, который состоял из Управляющего банком, его товарища, двух директоров банка и четырех членов от купечества. Председателем комитета являлся Управляющий банком. Члены Учетного и ссудного комитета от купечества избирались на два года из купцов первой и второй гильдий, торговавших в Санкт-Петербурге. В их обязанности входила оценка поступавших для учета векселей, оценка товаров для предоставления подтоварных ссуд и выяснение кредитоспособности клиентов. Большую часть своих ресурсов в 1860–70-х гг. Государственный банк вкладывал в государственные и гарантированные ценные бумаги. Кроме того, он выдавал краткосрочные и долгосрочные ссуды Государственному казначейству. К 1879 г. долг Казначейства Государственному банку составил 478,9 млн. рублей. Погашение долга, начавшееся в 1881 году, закончилось в 1901 г.

Из коммерческих операций наибольшее развитие в течение 1860-80-х гг. получили учет векселей, покупка и продажа процентных бумаг и ссуды под процентные бумаги. Кредитование торгово-промышленного оборота происходило в основном посредством учета векселей и выдачи ссуд, под векселя. Большая часть ссуд, выданных под процентные бумаги, так же как и суммы, вложенные в собственные процентные бумаги, по сути, представляли собой финансирование казны.

В целях "упрочения денежной кредитной системы" Государственный банк осуществлял покупку и продажу тратт. Кроме того, в 1862-1863 гг. проводил размен кредитных билетов на звонкую монету. План проведения разменной операции был подготовлен Товарищем управляющего Государственным банком Е.И.Ламанским. Операция, начавшаяся 1 мая 1862 г., предполагала размен кредитных билетов по курсу 570 коп. за золотой полуимпериал или 110,5 коп. за 1 руб. серебром. В последующем предполагалось установить обмен по курсу 100 коп. кредитными билетами за 1 руб. звонкой монетой. Как позднее выяснилось, момент для проведения этой операции был выбран неудачно. В январе 1863 г. в Польше вспыхнуло восстание. Резко увеличился спрос на золото. В мае 1863 г. выдача звонкой монеты превысила поступления на 10,4 млн. руб., в августе же только за три дня монеты было выдано на 4,4 млн. руб. Курс российских ценных бумаг упал, стал снижаться вексельный курс кредитного рубля. 29 октября на Петербургской бирже началась паника. Размен кредитных билетов на звонкую монету был прекращен 1 января 1863 г., поскольку продолжение размена грозило полным истощением разменного фонда.

С 1867 г. Министерство финансов начало интенсивное накопление золотого запаса. Указом Александра II от 2 июня 1867 г. Государственному банку и его конторам было предоставлено право принимать звонкую монету в платежи. Разрешалось брать российскую и иностранную монету, а также золото и серебро в слитках. Цены устанавливал Государственный банк. Монета направлялась в его разменный фонд. В результате в течение 1867-1876 гг. разменный фонд увеличился с 78,3 млн. руб. до 310,1 млн. рублей.

До 1887 г. Государственный банк проводил операцию по ликвидации счетов дореформенных банков, которая была возложена на него по Уставу. Все ликвидационные операции должны были производиться за счет Государственного казначейства, которое в случае необходимости должно было выдавать банку дополнительно к выше указанным средствам наличные деньги или свои процентные обязательства с правом продажи их на бирже. Но из-за постоянных бюджетных дефицитов у Государственного казначейства не было возможности предоставлять дополнительные средства Государственному банку, и Банк вынужден был ежегодно направлять на эти операции часть своей коммерческой прибыли. Обороты по ликвидации стали давать излишек поступлений только с 1872 года. В январе 1887 г. особый счет ликвидации бывших государственных банков был упразднен. Поступления по ссудам и прибыли Государственного банка по этой операции стали обращаться на текущие нужды Казны. Выдачу ссуд Государственному казначейству "на текущие нужды" Государственный банк прекратил после назначения на пост Министра финансов Н.Х. Бунге, который ввел в практику заключение государственных займов для покрытия бюджетных дефицитов. Свой долг Государственному банку Казначейство начало погашать с 1881 г. Указ от 1 января 1881 г. объявлял о прекращении выпусков кредитных билетов и о сокращении их количества в обращении. Но в 1882 г. разразился экономический кризис, который продолжался почти пять лет. В результате за 1881-1886 гг. вместо 300 млн. руб. с баланса Государственного банка было списано всего 87 млн. рублей. Затраты Банка за счет Казны впервые сравнялись с суммами Казны, вложенными в него, только в 1896 году. Полностью долг Казны Государственному банку был погашен в 1901 г., в соответствии с Указом Николая II от 28 апреля 1900 г., предписывавшим Государственному казначейству погасить остаток его долга Государственному банку в размере 50 млн. руб. за кредитные билеты.

С 1886 г. после завершения ликвидации дореформенных кредитных учреждений Государственный банк стал интенсивно субсидировать два государственных банка - Крестьянский поземельный и Дворянский. Средства для своих операций эти банки получали в результате выпуска закладных листов. Убытки, которые возникали при их реализации, оплачивал за счет казны Государственный банк.

Россия вступила на путь капиталистического развития значительно позднее многих западных стран и проходила его в более сжатые сроки. Процесс утверждения капитализма как господствующей социально-экономической системы проходил в конце XIX - начале XX века. В это время Министром финансов был крупнейший государственный деятель России рубежа XIX-XX вв. С.Ю.Витте. Главное внимание С.Ю.Витте уделял укреплению финансов, развитию промышленности и железнодорожного транспорта. Свою деятельность на министерском посту он начал с реформы Государственного банка: 6 июня 1894 г. был принят новый Устав. Основным направлением деятельности Государственного банка после его принятия должно было стать интенсивное кредитование торговли и промышленности, в особенности сельскохозяйственной. Основной капитал банка был увеличен до 50 млн. руб., резервный - до 5 млн. рублей.