Взаимные междепозитарные расчеты базовые депозитарии, как правило осуществляют через счета, открытые в ЦРД. С целью ускорения междепозитарных расчетов допускается открытие базовыми депозитариями междепозитарных счетов друг другу.

Базовые депозитарии открывают счета номинальных держателей у регистраторов. Переводы по своим счетам номинальных держателей базовые депозитарии осуществляют самостоятельно или самостоятельно с использованием телекоммуникационной системы доступа к счетам номинальных держателей, организованной ЦРД, или через ЦРД, выполняющего трансфер-агентские функции. По мере совершенствования работы ЦРД доля переводов по счетам номинальных держателей, выполняемых самостоятельно, должна уменьшаться, а доля переводов, выполняемых с помощью ЦРД, как трансфер-агента, должна возрастать.

На следующем этапе должно начать уменьшаться количество ценных бумаг, находящихся на счетах номинальных держателей, открытых базовыми депозитариями у регистраторов, и возрастать количество ценных бумаг, находящихся на междепозитарных счетах базовых Депозитариев, открытых в ЦРД.

Базовые депозитарии могут быть головными учетными институтами по тем выпускам ценных бумаг, для которых не требуется ведение реестра владельцев. При условии законодательного разрешения на совмещение депозитарной деятельности и деятельности по ведению реестров владельцев именных ценных бумаг базовые депозитарии могут становиться головными учетными институтами по именным ценным бумагам.

Базовые депозитарии могут открывать междепозитарные счета кастодиальным депозитариям. Совокупность кастодиальных депозитариев, открывших междепозитарные счета в одном базовом депозитарии, образует субдепозитарную систему данного базового депозитария. Базовый депозитарий вправе предъявлять к участникам своей субдепозитарной системы дополнительные требования по сравнению с общими требованиями, предъявляемыми к базовым депозитариям, если только предъявление таких требований не входит в противоречие с общими правилами работы депозитарной системы. Различия требований разных базовых депозитариев к своим субдепозитариям не должны препятствовать клиентскому депозитарию осуществлять депозитарную деятельность и вести депозитарный учет, основываясь на единых принципах, принятых в депозитарной системе. В будущем различия требований по вхождению в разные субдепозитарные системы должны быть сведены к минимуму.

Для включения в депозитарную систему кастодиальный депозитарий должен быть аккредитован у базового, который становится для него ведущим. Ведущий депозитарий должен способствовать сохранности ценных бумаг депонентов клиентского депозитария, при возникновении нестандартных ситуаций полностью или частично принимая на себя обязанности клиентского депозитария. Кастодиальный депозитарий может входить в несколько субдепозитарных систем базовых депозитариев.

Базовые депозитарии связаны с кредитными организациями и обеспечивают переводы ценных бумаг на условиях «поставки против платежа» как внутри своей субдепозитарной системы, так и между базовыми депозитариями, и между счетами номинальных держателей у регистратора.

Кастодиальные депозитарии предназначены для ведения счетов владельцев ценных бумаг. Кастодиальными депозитариями могут быть банковский депозитарий, депозитарий брокера, в некоторых случаях специализированный субрегиональный депозитарий. Кастодиальные депозитарии не могут открывать междепозитарные счета другим депозитариям.

Кастодиальные депозитарии открывают междепозитарные счета у базовых депозитариев. Кастодиальные депозитарии не могут открывать междепозитарные счета в ЦРД. Кастодиальные депозитарии не могут открывать счета иностранным учетным институтам и в иностранных учетных институтах.

Кастодиальные депозитарии могут хранить сертификаты документарных ценных бумаг, однако не могут хранить глобальные сертификаты и не могут быть головными учетными институтами по выпускам ценных бумаг.

Кастодиальные депозитарии не могут выполнять расчетные функции по обслуживанию торговых и клиринговых систем.

Кастодиальные депозитарии могут иметь счета номинальных держателей у регистраторов. Операции по своим счетам номинальных держателей Кастодиальные депозитарии выполняют самостоятельно без участия ЦРД. Впоследствии Кастодиальные депозитарии предпочтут перевести ценные бумаги со своих счетов номинальных держателей у регистраторов на междепозитарные счета у базовых регистраторов, поскольку это должно стать более выгодно экономически.

Кастодиальный депозитарий может быть включен в несколько субдепозитарных систем, организуемых базовым депозитарием. Для каждого кастодиального депозитария есть одни ведущий базовый депозитарий, в чьей субдепозитарной системе он состоит и через Который происходит включение кастодиального депозитария в Учетную систему.

Для обслуживания клиентов, находящихся на удаленных территориях, Кастодиальный депозитарий может открывать трансфер-агентские офисы, принимающие поручения клиентов и передающие им отчеты о выполненных операциях.

Центральный расчетный депозитарий (ЦРД) является ядром Учетной системы. Он обеспечивает ее целостность путем осуществления расчетов между участниками депозитарной системы и организации единой системы телекоммуникаций. ЦРД также выполняет функции, необходимые всем участникам: присвоение стандартных кодов, адресов, ключей, а также по разработке и внедрению в рамках своей компетенции единых стандартов и правил функционирования депозитарной системы.

ЦРД открывает междепозитарные счета базовым депозитариям и осуществляет переводы ценных бумаг по этим счетам.

ЦРД обеспечивает базовым депозитариям электронный доступ к их счетам, открытым у регистраторов, что позволяет базовым депозитариям эффективно осуществлять переводы по счетам номинальных держателей.

ЦРД является центром телекоммуникационной инфраструктуры депозитарной системы. Он связан с участниками депозитарной системы современными каналами связи и отванавт за организацию их функционирования. ЦРД обеспечивает участникам Учетной системы эффективный доступ к их счетам, открытым у других участников.

Было бы целесообразно построение телекоммуникационной сети связи депозитарной системы рынка ценных бумаг в тесной связи с расчетной сетью Банка России. Такой вариант развития особенно перспективен с учетом того, что, во-первых, поставки ценных бумаг, в значительной мере связаны со встречными денежными переводами и необходимостью организации ППП (поставки против платежа) и, во-вторых, многие участники Учетной системы являются кредитными организациями.

ЦРД обеспечивает выдачу участникам депозитарной системы телекоммуникационных адресов и иных необходимых кодов. В рамках депозитарной системы ЦРД осуществляет выдачу ключей шифрования и организует систему подтверждения подлинности электронных документов.

ЦРД ведет Центральную базу данных рынка ценных бумаг, которая содержит сведения об эмитентах, выпусках ценных бумаг, профессиональных участниках рынка и иные данные, необходимые для эффективного функционирования рынка ценных бумаг.