Семена содержат жирное масло (до 28%) и незначительное количество аллилгорчичного масла.

Применение в медицине. Траву пастушьей сумки применяют в виде настоя и экстракта в гинекологической практике как кровоостанавливающее средство после родов, а также для усиления сокращения мускулатуры матки при родах.

Имеются данные об эффективном применении настоя пастушьей сумки при лечении больных туберкулезом легких с частыми кровохарканиями и кровотечениями.