Эти простейшие передвигаются при помощи жгутиков, чем и объясняется название класса. Чаще всего имеется один жгутик, расположенный на переднем конце тела, реже - два, несколько или даже много жгутиков, которые отходят в разных местах поверхности тела. Оболочка тела жгутиковых, как правило, плотная, что придает определенную форму телу и облегчает быстрое передвижение. Есть жгутиковые, у которых оболочка очень тонка и они могут медленно передвигаться, переливаясь всем телом во временные выросты тела - ложноножки, или псевдоподии. такие формы наряду с ложноножками имеют и жгутики. Возможно, что древние жгутиковые имели одновременно и просто устроенные жгуты и псевдоподии. Жгутики, создавая водоворот, во многих случаях также способствуют поступлению пищи в цитоплазму. Многие представители описываемого класса имеют наружные скелеты из клетчатки или других веществ .У форм, постоянно находящихся в толще воды, скелет имеет нередко длинные выросты, благодаря чему увеличивается поверхность тела, что замедляет погружение таких организмов и облегчает их парение в воде.

Питание жгутиковых представляет большой интерес. В этом классе имеются как растительные, так и животные формы, а также миксотрофы, которые могут питаться и как автотрофы, и как гетеротрофы. Таким образом, в классе жгутиковых обе главные ветви органического мира - растения и животные - еще тесно связаны между собой.

Хлорофилл у автотрофных жгутиковых находится в пластидах, или хроматофорах. нередко присутствие хлорофилла маскируется пигментами других цветов: желтого, красного и т. д. при переходе от автотрофного питания к гетеротрофному хроматофоры постепенно уменьшаются и, наконец, совсем исчезают. Автотрофные жгутиковые часто имеют особые глазки с пигментом, у многих - красным. Благодаря глазкам эти простейшие отыскивают освещенные места, где в их клетках может совершаться фотосинтез.

Жгутиковые всегда делятся продольно - вдоль длиной оси тела. У многих форм половой процесс чередуется с бесполым размножением. У целого ряда жгутиковых дочерние особи после деления не расходятся, а остаются вместе, вследствие чего образуются колонии. Форма колоний различная: у сидячих форм древовидная, у плавающих - шаровидная (например, у часто встречающегося в прудах вольвокса) или другая. Количество клеток в колонии у разных видов различно: от 2-4 особей до нескольких тысяч.

Жгутиковые обитают в морях и разнообразных пресных водоемах (от маленьких луж до больших озер), многие представители этого класса - паразиты. В стоячих пресных водоемах, в особенности небольших (лужах, прудах), некоторые виды жгутиковых развиваются массами, и вода становится зеленой или другой окраски - в зависимости от цвета хроматофоров. Это явление (которое вызывается также и различными низшими водорослями) носит название цветения: оно может быть очень вредным.

Класса жгутиковые разделяется на два подкласса: растительные жгутиковые (Phytomastigina) и животные жгутиковые (Zoomastigina). Представители первого подкласса имеют хроматофоры и питаются автотрофно, но в разных отрядах этого подкласса можно наблюдать постепенный переход от автотрофного питания к гетеротрофному. Представители второго подкласса не имеют хроматофоров и являются гетеротрофами. Многие из них (главным образом из отряда протомонадовых) ведут паразитический образ жизни. Целый ряд паразитических жгутиковых вызывает опасные заболевания домашних животных и человека.