Правильная координация усилий вышеуказанных органов и военной прокуратуры позволяет не только раскрывать уже совершенные преступления, но и предотвращать преступления и тяжкие последствия путем совместного проведения проверок и выявления грубых нарушений закона При этом работа военной прокуратуры и отделов ФСБ не дублируется и не подменяет друг друга. Используя свои специфические формы и методы работы, сотрудники органов ФСБ оперативным путем получают сведения о нарушениях закона, информируя о них работников прокуратуры, помогают объективно закреплять их.

В частности, по информации 8 отдела Управления военной контрразведки ФСБ России военной прокуратурой Федеральной пограничной службы совместно с оперативными сотрудниками ФСБ в декабре 1994 - январе 1995 г. проведены проверки исполнения должностными лицами Тихоокеанского пограничного округа, Дальневосточного пограничного округа и центрального аппарата Федеральной пограничной службы России уставных обязанностей по обеспечению боевой готовности техники и вооружения, обучению личного состава. Выявлены многочисленные нарушения, повлекшие направление из этих пограничных округов в составе мотоманевренных групп в район боевых действий в Чечне неисправной боевой техники и необученного личного состава. Только в связи с принятыми Директором Федеральной пограничной службы России по информации 8 отдела Управления Военной контрразведки ФСБ России и представлению военного прокурора Федеральной пограничной службы мерами по замене и ремонту боевой техники, доучиванию личного состава удалось избежать тяжких последствий в войсках.

Военной прокуратурой Тихоокеанского пограничного округа и отделом ФСБ по этому округу в связи с имеющими сигналами в сентябре-октябре 1995 г. проведена проверка исполнения законодательства о сохранности оружия и боеприпасов. Выявлены многочисленные нарушения, которые могли привести к их хищению: комнаты для хранения оружия и склады РАВ были оборудованы с серьезными нарушениями, периодические проверки наличия оружия начальниками пограничных застав, начальниками службы РАВ отрядов и начальниками отрядов не проводились, учет оружия и боеприпасов в ряде частей не соответствовал действительности, допускались факты безучетной выдачи оружия, передачи его гражданским лицам для охоты и др. По представлению военного прокурора и информации начальника отдела ФСБ командующим войсками Тихоокеанского пограничного округа приняты меры к устранению этих нарушений.[43]

Вместе с тем есть и примеры неудач, причина которых заключалась в разобщенности и несогласованности действий военной прокуратуры и оперативных работников вышеуказанных органов.

Порой информация из отделов ФСБ о совершенных или готовящихся правонарушениях поступает в военную прокуратуру с опозданием, что не позволяет оперативно закреплять доказательства в установленном уголовно-процессуальном порядке и ведет к их утрате, создает предпосылки к затягиванию сроков проведения следствия. Иногда материалы, представляемые в военную прокуратуру содержат поверхностные и не конкретные объяснения, а явки с повинной получены с нарушением требований закона и не оформляются протоколами, изъятие вещественных доказательств производится ненадлежащим образом и т.п.

При выезде в военную прокуратуру Группы пограничных войск Российской Федерации в Республике Таджикистан вскрыты факты когда сотрудники ФСБ уклонялись от оперативных мероприятий по поручениям следователей. В частности, 20 декабря 1994 г. из военной прокуратуры Северо - Западного пограничного округа в адрес начальника отдела военной контрразведки 48-го пограничного отряда подполковника Потемкина А.П. поступило отдельное поручение с просьбой провести оперативно-розыскные мероприятия с целью установить связи обвиняемого Кормагина с местным населением и возможным получением им от них вознаграждений за отключение участков сигнализационной системы. Несмотря не неоднократные напоминания со стороны помощника военного прокурора Группы пограничных войск в Республике Таджикистан капитана юстиции Усарова Б.Ш. данное отдельное поручение выполнено не было и только в апреле 1995 г. поступило в прокуратуру сообщение о невозможности проведения оперативно-розыскных мероприятий, без разъяснения каких-либо причин.

Допускались случаи когда военные прокуроры неохотно принимали к производству материалы о злоупотреблениях должностных лиц в сфере хозяйственно-финансовой деятельности. В частности, из направленных в 1995 г. военному прокурору Дальневосточного пограничного округа 4-х информаций о фактах злоупотребления с признаками хищения материальных ценностей со стороны должностных лиц 75-го и 78-го пограничных отрядов, прокурорские проверки до сего времени не окончены и законного решения не принято.[44]

Контакты с местными территориальными прокурорами и милицией осуществляются при решении таких вопросов, как взаимоотношение военнослужащих с местным населением, поддержание порядка в общественных местах, посещаемых военнослужащими, безопасность дорожного движения и т.д.

Эффективность прокурорских проверок значительно повышается, если они осуществляются одновременно военным и территориальным прокурорами. Такое взаимодействие дает хорошие результаты при осуществлении надзора за исполнением законов об ответственности за выпуск и поставку в войска недоброкачественной продукции (военные прокуроры по заранее согласованному плану проводят проверку в военном представительстве, а территориальные - на предприятиях); при надзоре за исполнением Закона Российской Федерации “О воинской обязанности и военной службе” (военные прокуроры занимаются проверкой в военкоматах, территориальные - в поднадзорных им учреждениях, учебных заведениях, предприятиях).

Большое значение в организации взаимодействия органов, осуществляющих борьбу с преступностью и другими правонарушениями, имеют территориальные (районные, городские) межведомственные координационные совещания, состоящие из руководителей правоохранительных органов и возглавляемые соответствующими прокурорами. [45] Являясь одновременно и формой взаимодействия, координационное совещание - межведомственный, постоянно действующий орган, все члены которого имеют равные права и обязанности.

Координационное совещание в пределах своей компетенции решает задачи во всех направлениях ведомственно - отраслевого взаимодействия. На этих совещаниях обсуждаются актуальные проблемы борьбы с преступностью и иными правонарушениями, разрабатываются совместные планы проведения согласованных мер, направленных на укрепление законности. Проведение таких мер для участвующих органов намечается с учетом их возможностей и компетенции. Контроль за проведением профилактических мер, намеченных координационными совещаниями, осуществляется руководителями тех органов, которые непосредственно входят в то или иное мероприятие. Результаты совместных действий обсуждаются на координационных совещаниях с тем, чтобы оценить их эффективность и на этой основе наметить пути совершенствования совместной профилактической работы.