В крови у рептилий паразитируют простейшие родов Schellackia, Lankesterella, Haemogregarina, Hepatozoon, Karyolysus, Plasmodium, Haemoproteus, Babesiosoma и Dactylosoma.

Для развития этих паразитов требуются промежуточные хозяева - москиты, клещи и пиявки.

Также в крови обнаруживают трипаносом (Trypanosoma inopinctum, T. diemyctyli и T. pipientis).

У обыкновенной жабы паразитируют Pleistophora myotrophica - микроспоридии, вызывающие заболевание скелетной мускулатуры.

У амфибий регистрируется амебиаз, который вызывается Entamoeba ranarum, а у рептилий - Entamoeba invadens. Паразиты имеют прямой цикл развития и паразитируют в кишечнике и печени.

У рептилий обнаруживают также инфузорий Proteromonas spp., Trichomonas spp., Monocercomonas spp., Nycotherus spp. и Balantidium spp.

Кокцидиозы у амфибий вызывают Isospora lieberkuhni (паразитирует в почках лягушек), Klossiella boae (у боа констриктора) и Eimeria spp.

Гельминтозы

У рептилий зарегистрировано 28 семейств трематод, 6 - цепней, 31 - нематод (всего около 105 родов и более 580 видов), у амфибий их также большое количество.

В пищеварительном тракте у рептилий паразитируют нематоды Оphidascaris spp., Polydelphis spp. (промежуточным хозяином этих гельминтов являются амфибии); Physaloptera spp., Skrjabinoptera phyrnosome (промежуточные хозяева - муравьи); Kalicephalus spp., Oswaldocruzia spp., Camallanus spp., Spinoxys contortus. (геогельминты). В печени часто обнаруживают Capillaria spp.

У рептилий и амфибий обнаруживают также личинок Dioctophyma renale, дефинитивными хозяевами которых являются млекопитающие.

Легочные нематодозы рептилий вызывают Rhabdias fuscovenosa и Rhabdias spp.

У рептилий и амфибий обнаруживают также цестод, хотя клинически цестодозы обычно не проявляются.

Отмечают также акантоцефалезы (Centrorhynchus spp.)

У многих видов змей находили пентастомид: Armilifer urmillifer, Porocephalus spp. и Kiricephalus spp.

Трематоды у рептилий паразитируют в ротовой полости, пищеводе, легких, кишечнике и почках.

Арахнозы и энтомозы

На коже рептилий часто обнаруживают клещей вида Ophionyssus natricis, которые наносят не только механическое повреждение, но и являются промежуточными хозяевами многих кровепаразитов.

У надавно пойманых лягушек часто обнаруживают тромбикулид Hannemania spp., а также иксодовых клещей Amblioma spp. и Ixodes spp.

У рептилий часто отмечают миазные поражения.