Поверхностные воды включают реки Урал, Сакмару, Илек, Орь, Самару, Б. Кинель, 15 их притоков длинной более 100 километров, 29 рек длинной 50‑100 километров, 513 рек – до 50 километров. Средний объем речного стока составляет около 12,5 кубических километров, причем на территории области формируется 7,3 кубических километров.

Поверхностные воды большинства водных объектов по гидрохимическим показателям характеризуются как умеренно загрязненные. Отдельные реки или их участки характеризуются как загрязненные. К ним относятся: Б. Уртазымка, Блява, Б. Ик, Джерекля, Шарля.

В области 37 предприятий имеют 44 выпуска по сбросу сточных вод в природные сточные объекты. Сброс сточных вод в водные объекты составляет 2137 миллиона кубических метров. Ежегодно в водные объекты сбрасывается свыше 176 миллиона кубических метров загрязненных сточных вод, значительные объемы стоков очищаются ниже проектных нормативов экологических требований.

Несмотря на это, темпы строительства очистных сооружений в области крайне неудовлетворительны. Освоение капитальных вложений на эти цели не превышает 30-40 процентов. Из 99 городов и районов области только 16 имеют очистные сооружения, 23 сбрасывают загрязненные стоки без отчистки.

Наибольшую долю загрязнения рек вносят нефтепродукты, аммонийный и нитрийтный азот, хром шестивалентный.

Значительное загрязнение водных ресурсов происходит предприятиями нефтяной отрасли. Существующие технологии разведки нефти и газа, методы контроля за целостностью трубопроводов не обеспечивают в полной мере защиты природной среды от загрязнения нефтепродуктами. Трубопроводное хозяйство находится в запущенном состоянии. 50 процентов трубопроводов эксплуатируются более 10 лет. За последние 5 лег объем капитального ремонта трубопроводов составил чуть больше 20 процентов от необходимого.

В бассейне реки Урал действуют крупные объекты промышленности: Орско-Халиловский металлургический комбинат, гайский ГОК, ПО «Южуралникель», Южно-Уральский криолитовый завод, и предприятия наносят серьезный ущерб водным ресурсам.

Исключительно сложная водо-охранная обстановка на медно-серном комбинате г. Медногорска. Длительная, с 1935 года, эксплуатация, разработка месторождения без выполнения необходимых водо-охранных мероприятий привели к значительному загрязнению территории промузла соединениями меди, цинка, железа. Только в 1992 году в бассейне р. Урал отмечено 2 случая экстремально-высокого загрязнения медью н цинком по вине комбината. Серьезным источником загрязнения окружающей среды являются животноводческие комплексы и объекты переработки их продукции.

Важной проблемой для области является водопотребление. За последние 5 лет за счет развития городами других населенных пунктов о6щее потребление увеличилось с 2,59 млрд. м3 до 2,8 млрд. м3 причем доля потребления из поверхностных водоисточников составляет около 80 процентов. Из бассейна реки Урал ежегодно изымается до 25 процентов стока в остродефицитный период - зимняя и летняя межень, забор воды на некоторых участках составляет 75‑90 процентов.

В области имеется около 8 тысяч водозаборных скважин, из них 759 в городах, 443 в райцентрах, остальные на сельскохозяйственных объектах.

Ряд промышленных и сельскохозяйственных объектов сооружены без учета геолого-гидрологических условий, природной защищенности подземных вод, расположения действующих и проектируемых водозаборов, размещения их зон санитарной охраны. К примеру, в г. Оренбурге рядом с крупными водозаборами в пойме рек Урал и Сакмара размещается жилая и производственная застройка, накопители отходов, дачные поселки, развито сельскохозяйственное производство. Загрязнение подземных вод и ухудшение их качества имеет место на крупных централизованных водозаборах, используемых для питьевого водоснабжения г. Орска. В зоне жилой и промышленной застройки расположены водозабор г. Сорочинска. Не обеспечен водой питьевого качества г. Новотроицк.

Земельный фонд области составляет 12370,2 тыс. га., из них 68.1 тыс. га. – пашни. По степени распаханности территории (50%) область занимает одно из первых мест в России. Наблюдаются снижение естественного плодородия и деградация почв. Площадь эрозионно опасных земель составляет 3314,4 тыс. га. Процессы эрозии почв увеличиваются. Это вызывает засуху, опустение территории, значительное снижение продуктивности почв, падение урожайности. Ежегодно в результате эрозии теряется около 8 млн. тонн плодородной почвы. При этом вынос питательных веществ но отдельным районам в 1,5‑2 раза превышает их внесение с удобрениями.

Прогрессируют процессы деградации гумуса. Содержание гумуса при первичном поденном обследовании по области составляло 5,8 процента, при вторичном - 5,3.

В результате аварии на нефтеперерабатывающих и нефтедобывающих предприятиях происходит загрязнение земель нефтепродуктами. В 1992 году установлено 20 аварийных случаев загрязнения земель, выявлено 47 нарушений природоохранных требований при использовании средств химизации в сельском хозяйстве. Основные нарушения связаны с неправильной технологией применения удобрений и пестицидов, неудовлетворительными условиями хранения и транспортировки их.

Почвы вокруг больших городов и крупных центров цветной и черной металлургии, химии, нефтехимии, машиностроения загрязнены тяжелыми металлами, нефтепродуктами, соединениями фтора и другими токсичными веществами. Исследования показывают, например, что в г. Медногорске техногенные выбросы, главным образом медно-серного комбината, привели к аккумуляции катастрофически высокого количества загрязняющих веществ в гумусовом горизонте. Овощи, выращенные в пойме р. Кураганки основной зоне развития огородничества в городе, загрязнены медью, цинком, никелем и железом. Так огурцы и томаты содержат: меди 40‑48 мг/кг, никеля 12‑13 мг/кг при норме 0,5, цинка 80 и 75 мг/кг при норме 10.

В области крайне низкий удельный вес занимают земли природоохранного, природно-заповедного, рекреационного назначения - 0,18 процентов. Утвержденный перспективный план расширения сети охраняемых природных территорий, который разработан оренбургскими географами под руководством А.А. Чибилева, требует своего решения.

Опасные масштабы приобретают захламление и загрязнение земель промышленными, бытовыми и другими отходами производства и потребления. На территории области скопилось 1,2 млрд. тонн промышленных отходов. Ежегодно их образуется около 200 млн. тонн, из них только 13,1 процента используется. Количество свалок промышленных отходов ежегодно увеличивается, что становится одним из главных источников загрязнения окружающей среды.

В городах и поселках ежегодно образуется 850 тыс. тонн твердых бытовых отходов. Переработка их не ведется. Большинство свалок не отвечает санитарным требованиям их содержания и эксплуатации.

Ядерный взрыв в районе Тоцка в 1954 году, 13 подземных взрывов на территории области, вблизи ее гуанин, а также географическая близость области по отношению к Челябинской области, Семипалатинскому полигону вызывают необходимость дальнейшего изучения радиоэкологической обстановки в объектах природной среды области.