Существенным этапом в формировании эволюционных идей стали труды Чарльза Дарвина. Ученый подметил, что многие организмы представлены несколькими сходными видами, каждый из которых приспособлен к конкретным внешним условиям. Дарвину принадлежит учение о роли естественного отбора в формировании адаптивных признаков. Материалом для отбора, по Дарвину, служит неопределенная изменчивость организмов.

Небольшие изменения в популяциях — реальность, повседневно наблюдаемая в окружающем мире. Но Дарвин пошел дальше: экстраполируя эти изменения на миллионы лет, он предположил, что все современные обитатели планеты постепенно самопроизвольно развились из простейших организмов. Эта гипотеза не подтвердилась ни единым фактом. Широким распространением она обязана, прежде всего, духу времени с его преувеличенным представлением о могуществе человеческого разума, стремлением объяснить все явления натуралистически. Дарвин окончил богословский факультет знаменитого Кембриджа, и хотя впоследствии его взгляды "эволюционировали", первопричиной появления жизни ученый считал творческий акт Создателя. Он писал: "Невозможность признания, что великий и дивный мир с нами самими, как сознательными существами, возник случайно, мне кажется главным доказательством существования Бога!"

В первой половине ХХ в. стала очевидной неспособность объяснить формирование надвидовых таксонов теорией естественного отбора. Данные генетики резко расходились с дарвинским механизмом постепенных изменений признаков. Пытаясь преодолеть несостоятельность гипотезы Дарвина, целый ряд ученых — С. Четвериков, Дж. Холдейн, Дж. Гексли, Ф. Добжанский, Э. Майр, И. Шмальгаузен, А. Н. и А. С. Северцовы, Л. Татаринов — создали так называемую синтетическую теорию эволюции (СТЭ), в которой делалась попытка построить теорию эволюции с учетом данных генетики, рассматривая на популяционном уровне накопление мутационных изменений и естественный отбор. Одновременно в науке складывались взгляды, противоречащие СТЭ или существенно ее модифицирующие. В 1920-е годы академик Л. С. Берг справедливо утверждал, что случайные ненаправленные изменения могут только разрушить слаженную работу организма, но никогда его не усовершенствуют. Во второй половине ХХ в. эволюционная теория рассыпалась на множество противоречащих друг другу гипотез, неспособных сформулировать основной механизм эволюции сложных систем.

Новые научные данные показывали несостоятельность гипотезы о возникновении и формировании посредством естественного отбора каждого признака во всех подробностях. Поэтому в 1968 г. молекулярные биологи М. Кимура, Т. Джукс и Д. Кинг предложили гипотезу эволюции на основе нейтральных мутаций, не подвергающихся действию естественного отбора. Их "нейтралистская эволюция" подверглась резкой критике сторонников "творческой роли" естественного отбора (по Дарвину).

В 1972 г. два известных палеонтолога Н. Элдридж из Американского музея естественной истории и С. Гулд из Гарварда на основе факта полного отсутствия переходных ископаемых форм между крупными таксонами пришли к выводу о невозможности эволюции путем постепенных изменений. Они выдвинули концепцию неравномерного темпа эволюции с продолжительными периодами стабильности и быстрыми эволюционными скачками — гипотезу "прерывистого равновесия". Споры о ней не прекращаются до сих пор, но механизм таких скачков не найден.

Пытаясь согласовать эволюционные представления с фактом отсутствия переходных форм, немецкий палеонтолог О. Шиндевольф и американский генетик Р. Гольдшмидт в противовес малым мутационным изменениям СТЭ предложили гипотезу "системных мутаций", приводящих к крупным преобразованиям генома с появлением так называемых "обнадеживающих уродов". Согласно Шиндевольфу, "первая птица вылетела из яйца рептилии". Прекрасно понимая, какое множество невероятных существ породили бы подобные процессы, будучи случайными, генетики пришли к выводу, что если такие скачки и привели бы к появлению современной флоры и фауны, то исключительно в соответствии с "преформированным" планом Творца.

Отечественные ученые Ю. Алтухов и Н. Воронцов предположили, что эволюционное развитие может происходить путем скачкообразного изменения определенной части генома. Н. Воронцов выдвинул также гипотезу мозаичной эволюции (посредством изменения фрагментов организма).

Современная эволюционная теория представляет собой совокупность противоречащих концепций, ни одна из которых не объясняет происхождения живых организмов.

Единственным доказательством предполагаемой макроэволюции могли бы быть палеонтологические останки, показывающие, как один вид переходил в другой, но такие переходные формы никогда и нигде не были найдены.

Авторитетный генетик и эволюционист член-корр. РАН Э. К. Хуснутдинова признает, что в рамках научных данных вполне "можно мыслить" этот мир не продуктом эволюции, а творением Божиим. Прекрасно понимая все трудности обоснования эволюционной теории, современные ученые все чаще обращаются к Священному Писанию.