Контроль за обеспечением полноты и своевременности уплаты налогов ведут налоговые органы. В соответствии с Налоговым кодексом РФ (ст.30) налоговыми органами в РФ являются МНС России и его подразделения в РФ. В отдельных случаях полномочиями налоговых органов обладают таможенные органы и органы государственных внебюджетных фондов в пределах своей компетенции.

В действующее МНС России входит центральный аппарат, инспекции по субъектам РФ и инспекции по районам и городам. В системе МНС России в соответствии с Постановлением Правительства РФ от 6 января 1998 г. N 9 образуются специализированные государственные налоговые инспекции по работе с крупнейшими налогоплательщиками в регионах. К таким налогоплательщикам относят предприятия, реализующие продукцию ежегодно на сумму 300 млн. руб. Кроме того, специальная налоговая инспекция может быть образована для ведения налогового контроля в отраслевом разрезе.

Налоговые органы вправе:

- требовать от налогоплательщика или налогового агента документы, служащие основаниями для исчисления и уплаты налогов, и пояснения к ним;

- проводить камеральные и выездные налоговые проверки;

- производить выемку документов при проведении налоговых проверок у налогоплательщика или налогового агента, свидетельствующие о совершении налоговых правонарушений, в случаях, когда есть достаточные основания полагать, что эти документы будут уничтожены, сокрыты, изменены или заменены;

- вызывать налогоплательщиков и иных лиц в налоговые органы для дачи пояснений в случаях, связанных с исполнением ими законодательства о налогах и сборах;

- приостанавливать операции по счетам в банках и налагать арест на имущество налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов;

- осматривать и обследовать любые помещения и территории, используемые для извлечения доходов либо связанные с содержанием объектов налогообложения, проводить инвентаризацию имущества налогоплательщика;

- в некоторых случаях определять суммы налогов расчетным путем;

- требовать от налогоплательщиков, налоговых агентов, их представителей устранения выявленных нарушений законодательства о налогах и сборах и контролировать выполнение указанных требований;

- взыскивать недоимки и пени по налогам и сборам;

- контролировать соответствие крупных расходов физических лиц их доходам;

- требовать от банков документы, связанные с уплатой налогов;

- привлекать для проведения налогового контроля специалистов, экспертов и переводчиков;

- вызывать свидетелей для дачи показаний, имеющих какое-либо значение для проведения налогового контроля;

- заявлять ходатайства об аннулировании или о приостановлении действия выданных юридическим и физическим лицам лицензий на право осуществления определенных видов деятельности;

- создавать налоговые посты;

- предъявлять в суды общей юрисдикции на физических лиц и в арбитражные суды на юридических лиц и предпринимателей, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, иски о взыскании налоговых санкций, о признании недействительной государственной регистрации, о ликвидации организации любой организационно - правовой формы, о досрочном расторжении договора о налоговом или инвестиционном налоговом кредите и др.

Налоговые органы проводят три вида проверок: камеральные, выездные и дополнительные. Камеральная налоговая проверка проводится по месту нахождения налогового органа на основе налоговых деклараций и документов, служащих основанием для исчисления и уплаты налога, а также других документов и сведений о деятельности налогоплательщиков. Выездная налоговая проверка по одному или нескольким налогам проводится на основании решения руководителя (его первого заместителя) налогового органа.

В ходе выездной проверки должностные лица могут проводить:

- инвентаризацию имущества налогоплательщика;

- осмотр (обследование) производственных складских, торговых и иных помещений и территорий, используемых для извлечения дохода;

- экспертизу;

- допрос свидетеля.

Для дачи показаний в качестве свидетеля может быть вызвано любое физическое лицо, которому могут быть известны какие-либо обстоятельства, имеющие значение для осуществления налогового контроля. В необходимых случаях для участия в проведении проверки на договорной основе привлекают специалиста, не заинтересованного в исходе дела.

В зависимости от задач налоговые проверки делятся на:

- комплексные проверки, при которых проверяется правильность исчисления и уплаты всех налогов данным предприятием;

- тематические проверки, которые проводятся по нескольким направлениям;

- проверки конкретного налога;

- проверки одного показателя по расчету какого-либо налога (например, обоснованность применения льгот и вычетов);

- проверки отражения в учете исчисления налогов при однотипных хозяйственных операциях.

По результатам выездной налоговой проверки не позднее 2 месяцев после составления справки уполномоченными лицами налоговых органов должен быть составлен в установленной форме акт налоговой проверки, подписанный руководителем проверяемой организации или индивидуальным предпринимателем.

В акте налоговой проверки следует обязательно указать:

1) документально подтвержденные факты налоговых правонарушений;

2) содержание проверки со ссылкой на соответствующие бухгалтерские документы (с обязательным указанием бухгалтерских проводок по счетам и регистрам бухучета);

3) выводы и предложения проверяющих по устранению выявленных нарушений и ссылки на статьи Налогового кодекса РФ, предусматривающие ответственность за данный вид налоговых правонарушений.

Формы и требования к составлению акта налоговой проверки устанавливаются МНС России. Акт налоговой проверки вручается руководителю организации - налогоплательщика или индивидуальному предпринимателю под расписку.

В случае несогласия с фактами, изложенными в акте проверки и выводами, налогоплательщик в 2-недельный срок после получения акта представляет в соответствующий налоговый орган письменное объяснение мотивов отказа подписать акт или возражение по акту.

Руководитель налогового органа в течение не более 14 дней рассматривает акт проверки и материалы, представленные налогоплательщиком. По результатам рассмотрения материалов проверки руководитель (его заместитель) налогового органа выносит решение. На основании вынесенного решения налогоплательщик при совершении налогового правонарушения привлекается к ответственности. Последнему направляется требование об уплате недоимки по налогу и пени.

После вынесения решения и привлечения налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения соответствующий налоговый орган обращается с исковым заявлением в суд о взыскании с лица налоговой санкции, установленной Налоговым кодексом РФ.

Кроме того, при проверке материалов, связанных с обжалованием налогоплательщиком действия налогового органа, вышестоящий налоговый орган вправе провести дополнительную проверку в отношении возникших разногласий. Дополнительная проверка назначается в рамках рассмотрения жалобы налогоплательщика в отличие от налоговой проверки, которая проводится в рамках налогового контроля. В решении о назначении дополнительной проверки в целях разрешения налогового спора указывается: