Отдельный комплекс проблем составляют платежи, осуществляемые в рамках европейской аграрной политики. В законодательстве большинства стран-членов ЕС закреплено положение о том, что налоги могут преследовать и иные, кроме фискальных, цели, то есть использоваться при осуществлении государственного регулирования экономики. Так, при ввозе сельскохозяйственной продукции из третьих стран на территорию ЕС в случае, если мировые цены ниже европейских, импорт облагается пошлиной, равной по своему размеру этой разнице. При вывозе собственной продукции европейский производитель получает соответствующую компенсацию, равную разнице между мировой ценой и ценой, по которой он мог бы (хотя бы теоретически) осуществить продажу на территории ЕС. Как правило, европейские цены выше мировых, однако в тех редких случаях, когда это не так, пошлина взимается при вывозе товара за пределы ЕС, а компенсация выплачивается при ввозе. По мнению самих европейских специалистов, налоговая политика в сфере продаж сельскохозяйственных продуктов, несмотря на высокий уровень вмешательства государственных органов в рыночные отношения, крайне неэффективна.

Важным фактором, позволяющим говорить о государственном характере ЕС, является наличие собственного бюджета, формируемого в значительной степени не из взносов государств-членов Союза, а из "европейских" налогов. В бюджет ЕС зачисляются, в частности, сельскохозяйственные пошлины, а также определенная доля от НДС, собираемого национальными финансовыми органами.

В заключение необходимо еще раз отметить эволюционный характер всех изменений, осуществляемых в рамках процесса построения единого европейского рынка. На создание таможенного союза ушло примерно 45 лет, однако в настоящее время темпы ускорились и на создание единого пространства, где будет взиматься гармонизированный НДС, отводится значительно меньше времени. В любом случае о возможных изменениях становится известно заблаговременно, не менее чем за 1 год. Принципиальные изменения планируются и становятся известными общественности в долгосрочной (до 5 лет) перспективе, что позволяет субъектам предпринимательской деятельности осуществлять стратегическое планирование.