На протяжении длительного периода - со времен СССР - вопросы организационного обеспечения деятельности федеральных судов общей юрисдикции находились в ведении Министерства юстиции и в силу широкого круга решаемых им задач оставались на периферии интересов ведомства. При этом суды находились в зависимом положении и фактически никак не могли контролировать своего «куратора», в первую очередь в вопросах финансово-экономических.

С началом крупных социально-экономических преобразований в стране эта проблема начала приобретать принципиальный характер. Конституцией Российской Федерации, вступившей в действие 25 декабря 1993 года, был провозглашен принцип разделения властей и, соответственно, независимости судебной власти. Формально закреплялись и гарантии финансовой достаточности функционирования судебной системы, поскольку в ст. 124 Конституции прямо указывалось на то, что финансирование судов производится только из федерального бюджета и должно обеспечивать возможность полного и независимого осуществления правосудия. Тем не менее, эти государственные гарантии независимости судебной власти во многом носили декларативный характер, поскольку суды по-прежнему оставались под попечительством исполнительной власти.

Такое положение, сохранявшееся вплоть до 1998 года, на практике приводило к ограничению материальной независимости судов, оставляя возможность для определенного влияния на их процессуальную деятельность.

Кроме того, в первые годы реализации судебно-правовой реформы, концепция которой была принята в 1991 году, отчетливо выявилась и другая проблема. Энергичное продвижение в правовом поле (в частности, в этот период был принят ряд основополагающих для деятельности судебной системы законодательных актов) на определенном этапе перестало подкрепляться необходимой материальной поддержкой судов со стороны государства. Например, к середине 1990-х годов в судах была повсеместно распространена практика, когда любому обратившемуся гражданину предлагали к заявлению приложить несколько конвертов, поскольку даже на рассылку повесток у судов не было денег. Известны случаи, когда даже в судах областного звена местные коммунальные службы отключали телефоны и тепло - за «неуплату» соответствующих услуг.

В результате ситуация с обеспечением деятельности федеральных судов общей юрисдикции не только вошла в противоречие с международными нормами и принципами, но и значительно ухудшила условия для полного и независимого осуществления правосудия и его доступность для рядовых граждан.

Таким образом, все очевиднее становилось, что серьезную роль в реализации судебной реформы, создании эффективной судебной системы играют как совершенствование законодательства, стремление к высоким правовым стандартам, так и далеко не в последнюю очередь материальные источники, эффективное управление ими. Этот резерв можно было использовать только за счет создания принципиально новой системы организационного обеспечения деятельности судов. Именно по этому пути пошли Верховный суд Российской Федерации и судейский корпус новой России. В марте 1994 года на III внеочередном съезде судейское сообщество Российской Федерации выступило за кардинальное изменение подхода к организационному обеспечению работы судов и поставило в практическую плоскость вопрос об образовании судебного департамента. В дальнейшем эта идея получила развитие в декабре 1996 года на IV чрезвычайном съезде судей и нашла свое законодательное воплощение в ст. 31 федерального конституционного закона от 31 декабря 1996 года № 1-ФКЗ «О судебной системе Российской Федерации». Само понятие «Судебный департамент» стало легитимным. А главное предназначение создаваемого федерального государственного органа представлялось в том, чтобы он взял на себя решение всех проблем организационного обеспечения деятельности судов, избавил судейский корпус страны от несвойственных ему функций и забот, отвлекающих его от высокого предназначения, вывел суд на подобающее место в государстве и обществе.

Условия, в которых создавался и начинал свою деятельность Судебный департамент, оказались предельно сложными. Задолженность федерального бюджета судебной системе достигла астрономической суммы, причем механизм ее возвращения выработан не был. Кредиторская задолженность судов перед поставщиками теплоэлектроэнергии и за коммунальные услуги возрастала в геометрической прогрессии. Каждое третье здание суда не соответствовало стандартам правосудия. Практически на мертвой точке застыл крайне актуальный вопрос об увеличении штатной численности судей, из-за чего их нагрузка запредельно возросла. В целом нужды судебной власти удовлетворялись не более чем на четверть от реальной необходимости, а финансирования судов хватало в основном только для выплаты зарплаты судьям и работникам аппаратов судов. Кроме того, начиная деятельность по обеспечению интересов судейского корпуса, Судебный департамент одновременно создавал свой центральный аппарат и форсировал построение системы территориальных органов в субъектах Российской Федерации. Положение усугублялось сложнейшей экономической ситуацией в государстве, вследствие которой в 1998 году правительство Российской Федерации сократило финансирование федеральной судебной системы на 26,2 процента. Поскольку такая корректировка противоречила действующему законодательству, вопрос был внесен для рассмотрения Конституционным судом Российской Федерации, обязавшим правительство восстановить финансирование судов в соответствии с требованиями Конституции.

В целом в течение 1998-2003 годов тенденция улучшения ресурсного обеспечения судов не только отчетливо наметилась, но и закрепилась. Достаточно, например, сказать, что за этот период общий объем бюджетного финансирования судебной системы, осуществляющегося через Судебный департамент, увеличился более чем в четыре раза: с 3,9 миллиарда рублей в 1998 году до 17,4 миллиарда рублей в 2003 году. Более чем на 30 процентов возросли бюджетные ассигнования в 2004 году.

Однако сложившаяся к настоящему моменту система финансирования судебной власти до сих пор не обеспечивает эффективного использования государственных средств, консервирует существующие проблемы.

Серьезной проблемой современной России является, в частности, существование теневой юстиции. Ликвидация теневой юстиции выдвигается в качестве одной из целей судебной реформы.

При определении бюджета судебной системы применяется, прежде всего, метод переходящих расходов, нормативный метод, программно-целевое финансирование, субсидии, дотации и другие. Например, метод переходящих расходов предполагает следующие шаги: объем финансирования судебной системы фиксируется и утверждается Государственной думой на среднесрочный период по представлению главных распорядителей (возможно, напрямую в Бюджетный комитет, минуя правительство) и автоматически возобновляется на протяжении этого периода; распределение средств по целевым статьям расходов передается в ведение главных распорядителей; органы судебной власти берут на себя обязательства по обеспечению минимальных стандартов процедурной эффективности (например, по срокам рассмотрения дел). Контроль за соблюдением указанных обязательств производится в процессе утверждения финансирования на следующий среднесрочный период.