В бюджете на 1997 г. план по доходам оказался завышен почти на одну четверть. Это означало, что предусмотренные размеры государственных расходов заведомо нереалистичны. Государство было вынуждено осуществить секвестр бюджета на суму 102 трлн. руб. По данным Госкомитета РФ по статистике, инфляция на потребительском рынке России составила в 1993г. – 840%, в 1994г. – 215%, в 1995г. – 131%, в 1996г. – 21,8%, в 1997г. – 11%, в 1998г. – 84,4%, в 1999г. – 36,5%. В составе федерального бюджета 1997 г. был образован бюджет развития. Средства бюджета развития используются на конкурсной, возвратной и платной основе для реализации инвестиционных проектов, обеспечивающих структурную перестройку экономики. В то же время была разработана концепция среднесрочной программы на 1997-2000 гг. В ней правительство, в отличие от проводимой в прошлом политики, в качестве главных целей выдвигало стабилизацию производства и возобновление экономического роста.

Оживление экономики в 1997 г. в значительной мере было обеспечено притоком иностранных портфельных инвестиций, поступление которых резко сократились в 1998 г. из-за мирового фондового кризиса. Ключевой проблемой российской экономики этого периода было отсутствие государственного регулирования, из-за чего деньги концентрировались в наиболее инфляционном финансовом секторе. В результате не хватало денег для обслуживания нужд реального сектора, охваченного неплатежами. Налоговая реформа и меры по укреплению платежной дисциплины не успели привести к видимому улучшению ситуации. Бюджетный кризис вызвал чрезмерный рост и удорожание государственного долга, потерю доверия к государству и привел к валютному кризису. ГКО, возникнув как инструмент сугубо внутреннего заимствования внутреннего долга во внешний. В 1996 году по совету МВФ нерезиденты были с определенными ограничениями допущены к рынку ГКО, но в последующем эти ограничения были устранены. К середине 1998 года объем ГКО составил свыше 300 млрд. руб. при денежной массе около 370 млрд. руб. Отчаянные усилия правительства помогли избежать дефолта по внешним долгам и договориться с Лондонским клубом кредиторов о реструктуризации российских долгов. Финансовый кризис августа 1998 года и девальвация рубля вызвали отток иностранного капитала из России и привели к существенному росту нагрузки на бюджет и экономику в целом по обслуживаю внешних обязательств.

Серьезной проблемой всего рассматриваемого периода было совершенствование бюджетных процедур. Качество главного финансово документа страны оставляло желать лучшего, процедура его принятия растягивалась на многие месяцы, утверждение бюджетного плана происходило с большим опозданием. В таких условиях в первые месяцы бюджетного года финансирование осуществлялось исходя из 1/12 части расходов бюджета предыдущего года, поэтому трансферты в бюджеты субъектов РФ не поступали. Процедура принятия бюджета была формальной. Представители верхней палаты парламента принимали участие лишь на начальном корректировки бюджета, от остальных чтений были отстранены, поэтому, рассматривая бюджет, Совет Федерации практически ничего не мог изменить. Эти проблемы были решены после принятия Бюджетного кодекса РФ, который позволил регламентировать межбюджетные отношения в необходимом правовом поле, создал условия для стабилизации «правил игры» при осуществлении бюджетного процесса.