Пенсионными активами могут управлять как сами фонды, так и управляющие компании. Например, фондом "Грантум" управляет компания "GRANTUM Asset Management" - обе компании являются дочерними организациями Казкоммерцбанка, управляющая компания "Жетысу" инвестирует активы НПФ "УларУмит" и "Коргау" и т.д.

В целях стимулирования ООИУПА и НПФ, самостоятельно управляющих пенсионными активами, приобретать долгосрочные ценные бумаги, Агентством принято постановление от 26 марта 2005 года № 109 "Об утверждении Правил оценки финансовых инструментов, находящихся в инвестиционных портфелях накопительных пенсионных фондов", которое предусматривает изменение методики учета финансовых инструментов и признания доходов по ним в портфеле пенсионных активов НПФ.

Постановлением Правления Агентства от 26.11.05 г. № 408 в новой редакции утверждены Правила осуществления деятельности по инвестиционному управлению пенсионными активами. Данные правила предусматривают установление порядка, согласно которому происходит осуществление операций хеджирования по финансовым инструментам, в которые разрешено осуществлять инвестирование пенсионных активов, перечень и предел использования инструментов хеджирования. Также этими Правилами предусмотрено расширение перечня финансовых инструментов для инвестирования пенсионных активов, снижены лимиты по ГЦБ. Кроме того, в отношении рейтинговых оценок иностранных негосударственных ценных бумаг предусмотрено, что за счет пенсионных активов могут быть приобретены акции, эмитент которых имеет рейтинг. В отношении рейтинговых оценок паев инвестиционных фондов установлены пороговые значения рейтинговой оценки, по соответствующим рейтинговым шкалам агентства Standard & Poor's (не ниже "BBBm", либо "BBBf").

Постановлением Правления Агентства от 26.11.05 г. № 416 внесены изменения и дополнения в постановление Правления Национального Банка Республики Казахстан от 21.04.03 г. № 138 "Об утверждении типовых договоров о пенсионном обеспечении за счет обязательных, добровольных и добровольных профессиональных пенсионных взносов и определения объема информации об акционерах накопительного пенсионного фонда, организации, осуществляющей инвестиционное управление пенсионными активами, и банка-кастодиана", направленные на расширение формата обязательной ежегодной информации НПФ о ежемесячных инвестиционных доходах (убытках), ежемесячных взносах и суммах комиссионного вознаграждения.

Постановлениями Правления Агентства № 412 и № 413 от 26 ноября 2005 года разработанными во исполнение пункта 4 статьи 31 Закона Республики Казахстан "О пенсионном обеспечении" от 20 июня 1997 года № 136-I, которые вступают в действие с 1 января 2006 года, внесены поправки в Правила о пруденциальных нормативах для накопительных пенсионных фондов, направленные на установление порядка возмещения отрицательной разницы в случае, когда показатель номинальной доходности накопительного пенсионного фонда по пенсионным активам на конец календарного года составляет величину, меньшую установленного минимального значения доходности, а также срок зачисления и порядок расчета суммы денег, которая должна быть зачислена ООИУПА на расчетный счет накопительного пенсионного фонда при возмещении данной отрицательной разницы.

В целях установления условий и порядка выдачи лицензии, а также требований к созданию и обеспечению безопасности функционирования автоматизированной информационной системы накопительных пенсионных фондов, формирования системы управления рисками, должны быть разработаны Правила лицензирования деятельности по привлечению пенсионных взносов и осуществлению пенсионных выплат, а так же разделение критериев требований к наличию систем управления рисками и внутреннего контроля на базовые и дополнительные.

Весь прошлый период Ассоциация пенсионных фондов регулярно требовала скорейшего принятия Закона "О секъюритизации", который, как надеялись финансисты, должен был решить все проблемы накопительных пенсионных фондов. Минувшей осенью этот закон был принят. Как оказалось, он ничего не меняет. Для того, чтобы закон заработал, нужны нормативные документы, которых в настоящее время просто нет. Не регламентированы ни создание компании по управлению выделенными активами, ни операции с бумагами такой компании Один из инициаторов его принятия считает, что для регистрации специальных компаний с выделенными активами (SPV) требуется специальная экономическая зона, своего рода "оффшор" внутри республики, где их учредители могли бы получить налоговые и другие льготы. Такой площадкой, по мнению некоторых финансистов, должен был стать Региональный финансовый центр в Алматы. Однако в процессе обсуждения концепции РФЦА контролирующие органы выступили против предоставления льгот эмитентам. В итоге идея финансового центра свелась к созданию торговой площадки, где будут торговаться бумаги, уже выпущенные на других биржах [24, c 64-66].

По мнению экспертов такая схема будет нежизнеспособной. Кроме того, АФН должно дать разрешение пенсионным фондам покупать эти ценные бумаги. Должны быть внесены изменения в список разрешенных к инвестированию инструментов, с точно обозначенной нормой инвестирования.

Существуют также проблемы с двойным налогообложением эмитентов в Казахстане, которое делает выход на фондовый рынок слишком дорогим. Поэтому казахстанские эмитенты, в том числе и компании, созданные по схеме секъюритизации активов, могут просто не прийти на эту площадку.

С целью дальнейшего усовершенствования государственного регулирования деятельности накопительной пенсионной системы в феврале 2006 года Правлением Агентства приняты постановления: "Об утверждении Правил выдачи, отзыва согласия на приобретение статуса крупного участника открытого накопительного пенсионного фонда", "Об утверждении Правил применения принудительных мер к крупному участнику открытого накопительного пенсионного фонда", "Об утверждении Правил выдачи накопительному пенсионному фонду разрешения на создание или приобретение дочерней организации, а также разрешения на значительное участие в уставном капитале юридических".

Практически с первого дня пенсионной реформы одной из основных проблем стал хронический дефицит сверхнадежных и высоко ликвидных финансовых инструментов.

Для пенсионных фондов входящих в первую пятерку финансовых институтов, по величине активов это проблема стоит особенно остро. В том, что около двух миллиардов долларов активов, накопительных пенсионными фондами, лежат без движения, причина - неразвитость ценных бумаг. Прежде всего, следует отметить отсутствие на рынке облигаций с длинными сроками погашения, что не позволяет управляющим осуществлять ряд стратегий управления активами пенсионных фондов.

В течение нескольких лет неуклонно уменьшается доля сектора государственных ценных бумаг. Так, если в 1999 году сектор ГЦБ находился на второй месте после валютного сегмента, и его доля равнялась 36,5 %, то по итогам одиннадцати месяцев 2009 года он занимает четвертое место в структуре биржевых сделок.