Управления можно подразделить по группам. Часть из них специализированы на каком-то одном налоге или сегменте налогообложения. Соответственно в их задачи входит анализ практики применения действующего налогового законодательства, а также представление в Министерство финансов элементов концепции налоговой политики, инструктивного материала и методических рекомендаций. Кроме того, управления центрального аппарата ФНС РФ участвуют в комплексных и тематических проверках инспекций по субъектам Федерации, рассматривают письма и жалобы налогоплательщиков на действия должностных лиц налоговых органов, контролируют ведомственные документы, касающиеся налогообложения, исходящие от различных министерств и ведомств [2, с.48].

На другую группу управлений центрального аппарата возложены вспомогательные функции. К таким управлениям относятся, например, юридическое управление. Оно состоит из отдела правового обеспечения налогообложения и отдела контроля за организацией правовой работы в налоговых органах. В функции управления входит защита интересов ФНС РФ в судах и органах государственной власти и управления, участие в разработке нормативно-правовой базы в сфере налогообложения, осуществление методического руководства правовой работой в нижестоящих инспекциях, систематизация правовых актов, анализ практики правовой работы на местах и т. д.

Управление финансового обеспечения осуществляет планирование и финансирование расходов на содержание инспекций ФНС России, руководит постановкой бухгалтерского и статистического учета и отчетности в налоговых органах на местах и в центральном аппарате [14, с.24].

Структура управления делами включает инспекцию по контролю и организации делопроизводства, сектор правительственной корреспонденции и секретариат ФНС РФ. Основными задачами управления делами является обеспечение в центральном аппарате ФНС РФ единого, отвечающего установленным требованиям порядка ведения делопроизводства.

Для решения ряда актуальных проблем современного налогового администрирования в составе Федеральной налоговой службы были созданы инспекции второго уровня — межрегиональные инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам. В целях усиления налогового контроля над крупнейшими налогоплательщиками их администрирование было перенесено на федеральный (региональный) уровень и сегментировано по отраслям экономики. Критерии отнесения налогоплательщика к крупнейшим и алгоритм определения уровня его налогового администрирования были установлены Приказом МНС России от 16.04.2004 г. № САЭ-3-30/290® «Об организации работы по налоговому администрированию крупнейших налогоплательщиков и утверждении критериев отнесения российских организаций — юридических лиц к крупнейшим налогоплательщикам, подлежащим налоговому администрированию на федеральном и региональном уровнях» [8, с.56].

К настоящему моменту созданы межрегиональные инспекции, в которых подлежат налоговому администрированию крупнейшие налогоплательщики следующих отраслей:

-в сфере разведки, добычи, переработки, транспортировки и реализации нефти и нефтепродуктов — Межрегиональная инспекция № 1;

-в сфере разведки, добычи, переработки, транспортировки и реализации природного газа — Межрегиональная инспекция № 2;

-в сфере производства и оборота этилового спирта из всех видов сырья, алкогольной, спиртосодержащей и табачной продукции — Межрегиональная инспекция № 3;

-в сфере электроэнергетики, в том числе производства, передачи, распределения и реализации электрической и тепловой энергии — продукции, — Межрегиональная инспекция № 4;

-в сфере производства и реализации продукции металлургической промышленности — Межрегиональная инспекция № 5;

-в сфере оказания транспортных услуг — Межрегиональная инспекция № 6;

-в сфере оказания услуг связи — Межрегиональная инспекция № 7.

Кроме того, созданы межрегиональные инспекции ФНС России по всем семи федеральным округам. Их основные задачи установлены Приказом МНС РФ от 21 июля 2003 г. № БГ-3-15/413 «Об утверждении Положения о межрегиональной инспекции МНС России по федеральному округу».

К следующему — третьему уровню — относятся управления ФНС по субъектам РФ: входящим в состав Российской Федерации республикам, краям, областям и городам республиканского подчинения.

На управления ФНС РФ по субъектам РФ возлагаются следующие основные задачи:

-организация работы нижестоящих инспекций по осуществлению контроля за соблюдением законодательства о налогах и платежах в бюджет;

-обобщение и анализ отчетов нижестоящих инспекций о проделанной ими работе;

-подготовка методических рекомендаций по совершенствованию системы налогового контроля на основе данных, представленных нижестоящими инспекциями;

-организация взаимодействия ФНС РФ с другими государственными органами, в том числе и с правоохранительными;

-комплексные и тематические проверки нижестоящих налоговых инспекций;

-внедрение в налоговую практику передового опыта;

-проведение мероприятий по профессиональной подготовке и переподготовке кадров;

-осуществление мер по созданию информационных систем и компьютеризации работы [12, с.23].

Для достижения указанных задач Управление ФНС по субъекту РФ включает в себя следующие отделы: налогообложения прибыли (дохода); косвенных налогов; оперативного контроля и применения ККТ; единого социального налога и налогообложения доходов физических лиц; ресурсных, имущественных и прочих налогов; контрольной работы; общий; финансовый; учета налоговых поступлений и отчетности; материально-технического снабжения; кадров; юридический; капитального строительства и эксплуатации зданий и сооружений; урегулирования задолженности и обеспечения процедур банкротства; работы с налогоплательщиками и СМИ; контроля налоговых органов; анализа и прогнозирования налоговых поступлений; контроля в сфере производства и оборота алкогольной и табачной продукции; системного и технического обеспечения; информационных технологий; ввода и обработки данных; комплексного развития налоговых органов; регистрации и учета налогоплательщиков; безопасности [11, с.26].

Нижнюю ступеньку в иерархии занимают инспекции ФНС РФ по районам (районные и межрайонные) и городам без районного деления, которые и выполняют основную нагрузку по непосредственному контролю за исполнением налогового законодательства всеми физическими и юридическими лицами на подведомственной территории. В соответствии с НК РФ они обеспечивают учет налогоплательщиков, правильность начисления ими налогов и платежей, а также поступление средств по этим платежам в бюджеты всех уровней и внебюджетные фонды. Также они контролируют своевременность предоставления плательщиками бухгалтерских отчетов, налоговых деклараций и других документов, связанных с исчислением и уплатой платежей в бюджет. Кроме того, на аналитические отделы именно этих подразделений возложены обязанности по составлению отчетности, анализу экономической ситуации и предоставлению районным и городским финансовым органам сведений о фактически поступивших в бюджет суммах.