В таких случаях, или в случае, если доход выплачивается иностранной организации в натуральной форме, или в случае, если сумма налога, подлежащего удержанию, превосходит сумму дохода иностранной организации, получаемого в денежной форме, налоговый агент обязан перечислить налог в бюджет в исчисленной сумме, уменьшив соответствующим образом доход иностранной организации, получаемый в неденежной форме.

Также не имеют значения для целей удержания налога указания иностранной организации налоговому агенту о перечислении причитающихся ей выплат третьим лицам, своим обособленным подразделениям, реинвестировании дохода и т.п.

В соответствии с п. 2 ст. 310 Кодекса исчисление и удержание суммы налога с доходов, выплачиваемых иностранным организациям, производится по всем видам доходов, указанных в п. 1 ст. 309 Кодекса, во всех случаях выплаты таких доходов, за исключением следующих:

- выплаты доходов в пользу постоянного представительства иностранной организации (при этом у налогового агента должна иметься нотариально заверенная копия свидетельства о постановке на учет этой иностранной организации в налоговом органе Российской Федерации, оформленная не ранее чем в предшествующем налоговом периоде). Иностранные организации могут обращаться в налоговые органы за получением справки о подтверждении наличия постоянного представительства этой иностранной организации. Такая справка может быть выдана налоговым органом исходя из сведений об уплате иностранной организацией налога на прибыль в связи с деятельностью в Российской Федерации, данных налоговой декларации по налогу на прибыль иностранной организации за предыдущий отчетный (налоговый) период и/или если имеются достаточные основания считать, что деятельность иностранной организации в текущем отчетном периоде приведет к образованию постоянного представительства (например, началось осуществление подрядных строительных работ). В случае обращения иностранной организации справка должна быть выдана налоговым органом в общеустановленные сроки для ответов на запросы организаций. Если налоговый орган считает, что деятельность иностранной организации не приведет к образованию постоянного представительства, он должен в эти же сроки уведомить заявителя с соответствующим обоснованием;

- случаев, когда в отношении дохода, выплачиваемого иностранной организации, ст. 284 Кодекса предусмотрена налоговая ставка 0%;

- случаев выплаты доходов, полученных при выполнении соглашений о разделе продукции, если законодательством Российской Федерации о налогах и сборах предусмотрено освобождение таких доходов от удержания налога в Российской Федерации при их перечислении иностранным организациям;

- случаев выплаты доходов, не относящихся к постоянному представительству, которые в соответствии с международными договорами (соглашениями) не облагаются налогом в Российской Федерации, при условии предъявления иностранной организацией налоговому агенту подтверждения того, что эта иностранная организация имеет постоянное местонахождение в том государстве, с которым Российская Федерация имеет действующий международный договор (соглашение), регулирующий вопросы налогообложения.

Согласно п. 2 ст. 287 Кодекса налоговый агент обязан перечислить соответствующую сумму налога в бюджет в течение трех дней после дня выплаты (перечисления) денежных средств иностранной организации или иного получения доходов иностранной организацией, за исключением суммы налога с доходов иностранной организации в виде дивидендов и процентов по государственным и муниципальным ценным бумагам (в отношении которых применяется порядок, установленный п. 4 ст. 287 Кодекса).

Одновременно п. 1 ст. 310 Кодекса предусмотрено, что сумма налога, удержанного с доходов иностранных организаций, перечисляется налоговым агентом в федеральный бюджет одновременно с выплатой дохода.

В связи с возникшими противоречиями в сроках перечисления налоговым агентом налога, удержанного с доходов иностранных организаций в бюджет, МНС РФ письмом от 26.07.02 N 23-1-13/34-1005-Ю274 разъяснено, что, так как законодательство Российской Федерации о налогах и сборах не содержит понятия "одновременности", к которому отсылает ст. 310 Кодекса, а трехдневный срок, установленный ст. 287 Кодекса, является вполне определенным, а также в связи с тем, что п. 7 ст. 3 Кодекса предусмотрено, что все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика (плательщика сборов), то при применении ст. 287 и 310 Кодекса необходимо исходить из того, что налоговый агент обязан в течение трех дней после дня выплаты (перечисления) денежных средств иностранной организации перечислить в бюджет сумму налога, удержанного с доходов этой иностранной организации (за исключением доходов в виде дивидендов и процентов по государственным и муниципальным ценным бумагам, для которых установлен иной порядок).

По доходам, выплачиваемым налогоплательщикам в виде дивидендов, а также процентов по государственным и муниципальным ценным бумагам, налог, удержанный при выплате дохода, в соответствии с п. 4 ст. 287 Кодекса перечисляется в бюджет налоговым агентом, осуществившим выплату указанных доходов, в течение 10 дней со дня выплаты таких доходов.

Порядок и сроки представления отчетности. Налоговые агенты обязаны по истечении каждого отчетного (налогового) периода, в котором они производили выплаты налогоплательщику, представлять в налоговый орган по месту своего нахождения информацию о суммах выплаченных иностранным организациям доходов и удержанных налогов за прошедший отчетный (налоговый) период в порядке и сроки, установленные ст. 289 Кодекса, по форме, утвержденной Приказом Министерства Российской Федерации по налогам и сборам от 24.01.02 N БГ-3-23/31.

В случае, когда выплата доходов иностранной организации, подлежащих налогообложению в Российской Федерации у источника выплаты, производится российской организацией через ее обособленное подразделение, информация о суммах выплаченных иностранным организациям доходов и удержанных налогов подлежит направлению в налоговый орган по месту нахождения организации, месту нахождения обособленного подразделения организации - налогового агента.

Налоговые агенты представляют налоговые расчеты о суммах выплаченных иностранным организациям доходов и удержанных налогов не позднее 28 дней со дня окончания соответствующего отчетного периода. Отчетными периодами по налогу признаются первый квартал, полугодие и 9 месяцев календарного года.

Отчетными периодами для налогоплательщиков, исчисляющих ежемесячные авансовые платежи исходя из фактически полученной прибыли, признаются месяц, два месяца, три месяца и так далее до окончания календарного года.

Налоговые расчеты по итогам налогового периода представляются налоговыми агентами не позднее 28 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом. Налоговым периодом по налогу в соответствии со ст. 285 гл. 25 Кодекса признается календарный год.