В базовую программу включены следующие вопросы:

- выполнение предложений по акту предыдущей проверки;

- соответствие установленным требованиям порядка ведения налогового учета по форме № 1-НДФЛ «Налоговая карточка по учету доходов и налога на доходы физических лиц»;

- соблюдение порядка предоставления налоговых льгот физическим лицам на основании соответствующих документов;

- соблюдение формы, полноты и своевременности представления сведений по форме 2-НДФЛ, в том числе в случаях перерасчетов по налогу за предшествующие годы; осуществлении выплат после увольнения; невозможности удержания налога у источника получения дохода; предоставлении стандартных налоговых вычетов;

- правильность определения налоговой базы физических лиц, применения налоговых льгот и ставок налогообложения в разрезе основных работников, совместителей, лиц, получавших выплаты на основании договоров гражданско-правового характера;

- соблюдение своевременности и полноты перечисления в бюджет удержанных сумм налога на доходы физических лиц.

При составлении программы проверки наряду с изучением материалов предыдущей проверки проводится анализ информации, содержащейся в налоговой отчетности - сведениях о доходах и удержанных суммах налога.

Сведения налоговой отчетности используются по совокупности с анализом данных соответствующих форм годовой бухгалтерской отчетности организации, раскрывающих движение капитала, денежных и заемных средств, дебиторской и кредиторской задолженности, других показателей, характеризующих итоговые результаты хозяйственных операций, проведение которых предполагает получение доходов физическими лицами, участвующими в их совершении либо в распределении полученных финансовых результатов. По результатам анализа налоговой и бухгалтерской отчетности, а также с учетом другой имеющейся информации определяется окончательный перечень вопросов, подлежащих выездной налоговой проверке в конкретной организации. Программа документальной проверки утверждается руководителем инспекции или его заместителем. Выездная налоговая проверка начинается с ознакомления с учредительными документами, определяющими правовой статус юридического лица. В учредительных документах определены его наименование, место нахождения, порядок управления деятельностью, предмет и виды хозяйственной деятельности. При проверке обращается внимание на предусмотренный учредительными документами порядок распределения полученной прибыли, в том числе в виде выплаты дивидендов, процентов. В случае установления при дальнейшей проверке направления дивидендов по акциям на увеличение уставного капитала организации, суммы таких дивидендов, причитающихся акционерам - физическим лицам, подлежат включению в налоговую базу. Помимо учредительных документов, знакомятся с утвержденным руководителем организации приказом по учетной политике, определяющим способы и порядок ведения бухгалтерского учета и отражения хозяйственных операций в соответствующих учетных регистрах. В ходе документальной проверки изучается принятая в организации система и условия оплаты труда, зафиксированные в соответствующих положениях, коллективных и индивидуальных договорах и контрактах, заключаемых с работниками в соответствии с нормами трудового законодательства. При проверке знакомятся с действующей системой поощрения и закрепления работников, предоставления или оплаты за счет средств организации различного рода социальных и материальных благ, стоимость которых подлежит включению в совокупный доход физических лиц (оплата питания, приобретения проездных билетов, обучения в высших учебных заведениях, вручение подарков к праздничным и юбилейным датам, оплата проезда к месту проведения отпуска и обратно т.п.). Если, например, организацией осуществлены взносы по долевому участию в строительстве жилья, получение банковских кредитов для выдачи работникам целевых займов на оплату жилья, выделение средств на выдачу безвозмездных субсидий по строительству жилья, необходимо ознакомится с документами, определяющими порядок и условия улучшения жилищных условий работников проверяемой организации. При установлении в ходе проверки фактов приобретения и строительства жилья за счет средств организации, передаваемого бесплатно в собственность работникам и другим физическим лицам, необходимо проверить правильность налогообложения доходов таких лиц, подлежащих увеличению на сумму рыночной стоимости полученного в натуральной форме дохода (квартиры, коттеджа, дачи). Если проверяемая организация заключала договоры мены с физическими лицами, необходимо проверить соблюдение эквивалентности обмена, предусмотренное для таких договоров гражданским законодательством. При проверке достоверности и полноты налогового учета используются следующие источники информации:

- приказы и распоряжения о приеме на работу;

- расчетно-платежные ведомости;

- налоговые карточки;

- данные синтетического учета по счету № 70 "Расчеты с персоналом по оплате труда";

- учетные регистры, отражающие выплаты по договорам гражданско-правового характера (договор подряда, возмездного оказания услуг и выполнения работ, аренды, поручения, комиссии, агентские, доверительного управления, уступки права требования, купли - продажи, договора займа, долевого участия в строительстве и т.д.), если одной из сторон по таким договорам выступает физическое лицо, получающее от проверяемой организации доходы в денежной или натуральной форме, а также в виде материальной выгоды;

- документы (заверенные копии документов), подтверждающие право на стандартные налоговые вычеты из налогооблагаемого дохода (на работника, его детей и иждивенцев), на освобождение от уплаты налога у источника получения дохода в связи с постановкой на налоговый учет в налоговом органе (например, на основании свидетельства о государственной регистрации предпринимателя), согласно нормам международных договоров и соглашений (заявление по форме № 5);

- с 01.01.08 уведомления, выданные инспекциями Федеральной налоговой службы, для предоставления имущественного налогового вычета у налогового агента;

- документы, подтверждающие расходы физических лиц по операциям купли - продажи ценных бумаг, если они принимались к зачету источником выплаты дохода;

- данные платежных документов на перечисление платежей по налогу на доходы физических лиц с данными, имеющимися в налоговом органе.

При проверке обоснованности списания с подотчетных лиц сумм, включая выданные на служебные командировки, следует иметь в виду, что в такие поездки на основании распоряжения руководителя проверяемой организации могут направляться только работники данной организации (основные и совместители), состоящие с ней в трудовых отношениях.

Инспекторам необходимо иметь в виду, что на физических лиц, заключивших с проверяемой организацией договоры гражданско-правового характера, законодательство о гарантиях и компенсациях за время нахождения в командировках не распространяется, вместе с тем такие лица могут получать под отчет суммы, связанные с оплатой расходов при выполнении обусловленных договором работ, например, расходы по проезду и проживанию. В случае документального их подтверждения стоимость таких расходов, оплаченная за счет средств организации, в налогооблагаемый доход физического лица не включается, а также она не относится на уменьшение дохода, полученного в связи с выполнением работ по гражданско-правовым договорам. При проверке проверяется наличие списка работников организации, которым могут выдаваться в подотчет наличные деньги. Список должен быть утвержден приказом (распоряжением) руководителя. В список включаются только постоянно работающие лица, в том числе на условиях совместительства, либо выполняющие работы по договорам подряда. Проверка проводится с использованием приказов (распоряжений) руководителя о командировании, авансовых отчетов с приложенными к ним оправдательными документами, отчетов кассира с приходными и расходными кассовыми ордерами, Главной книги, данных аналитического и синтетического учета по счету 71 "Расчеты с подотчетными лицами". Авансовые отчеты проверяются выборочно. Необоснованно списанные подотчетные суммы подлежат включению в налоговую базу физических лиц в установленном порядке. Выявленные проверкой однородные нарушения группируются в ведомости и таблицы, прилагаемые к акту проверки. В акте приводят только итоговые данные и содержание нарушений со ссылкой на соответствующие приложения. По результатам выездной налоговой проверки не позднее двух месяцев после составления справки о проведенной проверке составляется в установленной форме акт налоговой проверки, который подписывается руководителем проверяемой организации. В акте налоговой проверки указываются документально подтвержденные факты налоговых правонарушений, выявленные в ходе проверки, а также выводы и предложения по устранению выявленных нарушений и ссылки на статьи НК РФ (часть первая), предусматривающие ответственность за данный вид налоговых правонарушений. Форма и требования к составлению акта налоговой проверки установлены Министерством РФ по налогам и сборам.