1) До принятия Налогового Кодекса;

2) После принятия Налогового Кодекса.

Первый этап, в свою очередь, состоит из нескольких ступеней развития. Осуществление рыночных преобразований в экономике активизировало работу по совершенствованию налоговой системы. Вместо налога с оборота и его новоиспеченного "сателлита" (в 1991 году) - налога продаж были введены 2 других косвенных налога: акцизный (на ограниченный круг товаров) и на добавленную стоимость. Введение с 1992 года НДС соответствовало требованиям рыночных отношений, ибо охватывало и потребительские товары (которыми в основном ограничивался налог с оборота), и товары производственно-технического назначения на всех статьях их производства и реализации вплоть до конечного потребления.

Последующие 1992-1996 годы серьезные изменения и дополнения были внесены в целях совершенствования налоговой и бюджетной систем. Налоговый Кодекс Кыргызской Республики на начало 1996 года, представлен совокупностью налогов, сборов, пошлин и других платежей, взимаемых в установленном порядке с плательщиков- юридических и физических лиц на территории страны. Действовавшая до июля 1996 года система налогов КР состояла из 12 республиканских налогов и 12 местных налогов и сборов.

Все налоги, сборы и другие платежи "питают" бюджетную систему страны. Существование большого количества законодательных актов и налогов, двойного обложения одних и тех же объектов усложняло деятельность хозяйствующих субъектов, предпринимателей и вело к большим затратам в администрировании. Отсутствие знаний в своих обязательствах по налогам у большинства налогоплательщиков, также потребовало пересмотра законодательных актов. В связи с чем был введен Налоговый Кодекс Кыргызской Республики (НККР).

История создания государственной налоговой службы Кыргызской Республики начинается с Постановления Совета Министров СССР от 24 января 1990 года № 76 «О государственной налоговой службе», в соответствии с которым в министерстве финансов СССР была создана Государственная налоговая служба в составе Главной государственной налоговой инспекции Министерства финансов СССР, Государственных налоговых инспекций министерств финансов союзных республик и государственных налоговых инспекций по АССР, краям, областям, районам и городам.

В соответствии с вышеуказанным Постановлением Совмина СССР совет министров Кыргызской СССР своим постановление от 6 апреля 1990 года № 91 создал в системе Министерства финансов Кыргызской СССР Государственную налоговую службу в составе Государственной налоговой инспекции Министерства финансов Киргизской СССР и государственных налоговых инспекций по областям, районам и городам.

Образование государственной налоговой службы происходило на базе бывшего Управления государственных доходов Министерства финансов и отделов госдоходов облфо, райфо и горфо.

С получением суверенитета Указом Президента Кыргызской от 10 февраля 1992 года № УП-39 «Об образовании государственных агентств и государственных инспекций при Правительстве Республики Кыргызстан» Государственная налоговая инспекция была передана в ведение Правительства Кыргызской Республики и стала называться в соответствии с Положением, утвержденным распоряжением Президента Кыргызской Республики от 4 марта 1992 года № 23, Государственной налоговой инспекцией при Правительстве Республики Кыргызстан.

В связи с принятием Закона «О государственной налоговой службе Республики Кыргызстан» от 6 марта 1992 года распоряжением Президента Кыргызской Республики от 8 июня 1992 года № РП – 83 Налоговая инспекция стала называться «Государственная налоговая инспекция Республики Кыргызстан».

Государственная налоговая инспекция Республики Кыргызстан подчинялась непосредственно Правительству Кыргызской Республики, а местные государственные налоговые инспекции – вышестоящим налоговым инспекциям.

В 1994 году Налоговая служба была передана в подчинение Министерству финансов Кыргызской Республики и стала называться «Государственная налоговая инспекция при министерстве финансов Кыргызской Республики». ныне она переименована в Государственный комитет по налогам и сборам Кыргызской Республики

В Кыргызской Республике Государственный комитет по налогом и сборам является единым государственным органом контроля за соблюдением налогового законодательства и своевременностью уплаты налогов и других платежей в соответствующие бюджеты и внебюджетные фонды, правильностью их исчисления.В Кыргызской Республике за период 1991-1994 годов были введены Законы, регулирующие основные налоги: "О налогах с предприятий, объединений и организаций", "О налоге с населения", "Об иностранных инвестициях в Кыргызской Республике", а затем и другие налоги, косвенно касающиеся вопросов налогообложения. В результате сложилась громоздкая и неэффективная система, осложняемая частыми изменениями. Это потребовало проведения налоговой реформы, основным этапом которой стало принятие в 1996 году Налогового кодекса.

С 1 июля 1996 года вступил в действие Налоговый кодекс, в результате которого были изменены законодательная и экономическая основы налогообложения, а также организационная форма деятельности налоговой службы. Администрирование налогов начало проводиться в Налоговом кодексе по линии его унификации с международными стандартами и предусматривало принятие многочисленных мер, позволяющих увеличить эффективность и беспрепятственность регистрации всех налогоплательщиков. В нем определены основные обязанности и полномочия налоговых органов, процедуры исчисления и взимания налогов, взимания финансовых и штрафных санкций, а также права и обязанности налогоплательщика.

В Налоговом кодексе предусмотрен ряд экономических льгот, облегчающих положение налогоплательщиков, которые отсутствовали в ранее действовавшем законодательстве, важнейшие из которых следующие:

- система увеличенных коэффициентов амортизации, что позволяет увеличить необлагаемую прибыль и ускорить замену основных фондов;

- принятие единой ставки налога на прибыль;

- применение нового механизма взимания налога на добавленную стоимость;

- обеспечение переноса потерь прошлых лет для всех отраслей народного хозяйства;

- уменьшение величины дохода, облагаемого подоходным налогом.

Основной принцип в области управления и контроля за налогами, заложенный в Налоговом кодексе, заключается в обеспечении ответственности налоговой службы, которая определена единственным органом, осуществляющим налоговое управление и контроль за исполнением налогового законодательства в целях обеспечения эффективного сбора всех налогов.

Период действия Налогового кодекса показал, что отдельные его положения требовали совершенствования, в связи с чем начиная с 1996 года в Налоговый кодекс были внесены отдельные изменения и дополнения, предусматривающие уменьшение размеров применяемых штрафных санкций, пролонгацию убытков, связанных с экономической деятельностью, не на 5 лет, а в более короткие сроки, снижение ставок подоходного налога с 40 до 27% и их количества с 6 до 4, установление нулевой ставки налог добавленный стоимости на поставки работ и услуг, связанных с международными перевозками, и других