В Парламенте Республики Казахстан имеются специализированные рабочие органы в обеих Палатах Сенате и Мажилисе комитеты по экономике, финансам и бюджета. Эти органы в процессе законопроектной работы, предварительного рассмотрения и подготовки вопросов, относящихся к компетенции палат, проводят контроль в сфере финансово-бюджетной деятельности за расходованием средств государственного бюджета. Экспертные оценки и заключения по финансово-бюджетным вопросам палаты направляют для принятия мер в соответствующие инстанции - министерства, ведомства, а также в Правительство республики.

Для организации контроля за исполнением указов постановлений и распоряжений Президента республики, усиления ответственности должностных лиц за неисполнение требований указанных актов в Аппарате Президента имеется организационно-контрольный отдел. В целом Аппарат Президента осуществляет контроль за деятельностью министерств, ведомств, местных администраций и других органов государственного управления.

Президент также отменяет либо приостанавливает полностью или частично действие актов Правительства. Он назначает на должность Председателя Счетного комитета по контролю за исполнением республиканского бюджета, заслушивает информацию о работе этих органов.

В пределах своих полномочий Правительство Республики Казахстан контролирует составление и исполнение государственного бюджета, проведение единой финансовой, кредитной и денежной политики, осуществляет систематический контроль за исполнением Законов Республики Казахстан и иных актов, регулирующих финансовые отношения, другими органами исполнительной власти, принимает меры по устранению их нарушения.

В полномочия Правительства Республики Казахстан входит контроль за деятельностью в области финансов подведомственных ему министерств. Направляя деятельность подведомственных ему органов по осуществлению финансового контроля, Правительство Республики Казахстан принимает правовые акты (нормативные и индивидуальные), регулирующие порядок этой деятельности.

Таким образом, аппарат финансовой системы проводит свою деятельность в соответствии с Конституцией Республики Казахстан, с действующим законодательством, распоряжениями Правительства республики, решениями местных администраций, приказами, инструкциями и указаниями Министерства финансов, Министерства государственных доходов и налоговых органов.

В соответствии с Конституцией Республики Казахстан в 1996 году был создан Счетный комитет по контролю за исполнением республиканского бюджета, который является высшим органом финансового контроля непосредственно подотчетным и подчиненным Президенту Республики Казахстан. Счетный комитет является внешним законодательным аудиторским органом национального уровня, отчитывающимся непосредственно перед Президентом Республики Казахстан и Парламентом.

Задачами и функциями Счетного комитета являются:

1) контроль за исполнением законов РК и иных нормативных актов по исполнению республиканского бюджета;

2) выполнение поручений главы государства по вопросам, связанным с использованием республиканского бюджета,

3) контроль за поступлением средств в республиканский бюджет и законностью их использование,

4) контроль за целевым использованием средств республиканского бюджета, выделяемых на выполнение государственных программ и финансирование государственных потребностей;

5) представление на рассмотрение Парламенту Республики Казахстан отчета об исполнении республиканского бюджета.

Таким образом, в настоящее время Счетный комитет играет жизненно важную роль в расширении подотчетности и прозрачности, повышении результативности использования ресурсов государства.

В 2005 году Счетному комитету согласно Бюджетному кодексу был придан статус высшего органа государственного финансового контроля и соответственно расширены его полномочия.

К органам, осуществляющим общегосударственный контроль, также относятся Министерство финансов, Министерство государственных доходов.

Министерство финансов, Министерство государственных доходов, местные финансовые и налоговые органы осуществляют проверки во всех отраслях социально-экономической сферы в области финансов. Они контролируют соблюдение плановой, сметной и финансовой дисциплины, правильность исчисления, полноту и своевременность поступления доходов законность и целесообразность расходования государственных средств, правильность постановки бухгалтерского и налогового учета и отчетности.

Важнейшее место в системе финансового контроля занимает Министерство финансов Республики Казахстан, которое не только разрабатывает финансовую политику страны, но и контролирует ее осуществление.

Министерство финансов Республики Казахстан является центральным исполнительным органом Республики Казахстан, осуществляющим руководство, а также в пределах, предусмотренных законодательством, - межотраслевую координацию в сфере управления и контроля государственными финансами, а также учета и контроля за использованием государственной собственности. Поскольку центральным звеном финансов является государственный бюджет, то особое значение имеет работа Министерства финансов по составлению проекта республиканского бюджета, обеспечение исполнения республиканского бюджета, контроля за его кассовым исполнением.

Министерство имеет ведомства: Комитет казначейства, Комитет таможенного контроля, Налоговый комитет, Комитет финансового контроля и государственных закупок, Комитет по работе с несостоятельными должниками, Комитет государственного имущества и приватизации.

При Министерстве финансов функционирует Комитет финансового контроля, который наделен обширными полномочиями по контролю рационального использования государственных финансовых ресурсов.

Положение о Комитете финансового контроля и государственных закупок Министерства финансов Республики Казахстан утверждено постановлением Правительства Республики Казахстан от 29 октября 2004 года № 1134

В соответствии с данным Положением, Комитет финансового контроля и государственных закупок является ведомством Министерства финансов Республики Казахстан, осуществляющим в пределах своей компетенции реализационные и контрольно-надзорные функции в области государственного финансового контроля и государственных закупок.

Комитет финансового контроля и государственных закупок осуществляет организационно-методологическую и аналитическую работу в сфере контроля. Его органы проводят ревизии государственных предприятий и организаций всех отраслей национального хозяйства и сферы услуг, бюджетных организаций и учреждений социальной сферы и защиты населения, органов управления, предприятий и организаций обороны и охраны правопорядка. Они также контролируют использование кредитных и валютных ресурсов, выполнение законодательства по ценным бумагам.

Комитет по отношению к Министерству финансов Республики Казахстан выполняет функции службы внутреннего контроля. Управления Комитета проводят ревизии министерств, ведомств, других органов управления, охраны правопорядка, предприятий и организаций обороны, государственных предприятий промышленности, строительства, сельского хозяйства, заготовительных организаций, сферы образования, науки, культуры, средств массовой информации.