29 марта 2003 года состоялся II съезд партии. Съезд одобрил доклад, с которым выступил председатель высшего совета партии Б. В. Грызлов и утвердил манифест «Путь национального успеха». На съезде было принято решение разработать предвыборную программу на предстоящие парламентские выборы[16].

III съезд партии 20 сентября 2003 года принял предвыборную программу и утвердил список кандидатов на выборах[16]. Съезд приветствовал Владимир Путин, пожелавший партии успеха на выборах. 7 декабря «Единая Россия» выиграла выборы, и получила 37,57 % голосов, а вместе с одномандатниками — и конституционное большинство в Государственной Думе России. Борис Грызлов стал спикером Госдумы.

24 декабря 2003 года состоялся IV съезд, на котором с докладом выступил председатель высшего совета партии Б. В. Грызлов. Съезд одобрил основные положения и выводы доклада, а также деятельность партии в период избирательной кампании. Съезд принял единогласное решение о поддержке кандидатуры Владимира Путина на выборах президента. Кроме того, было принято решение о переименовании партии «„Единство и Отечество“ — Единая Россия» в партию «Единая Россия»[17].

27 ноября 2004 года на V съезде была проведена реформа управления — ликвидирован центральный политический совет и введена должность председателя партии. Председателем «Единой России» был избран Борис Грызлов[16].

22 апреля 2005 года новым секретарём президиума генсовета «Единой России» был избран вице-спикер Госдумы Вячеслав Володин. Он сменил Валерия Богомолова[18]. 23 апреля 2005 года в должность руководителя центрального исполкома вступил 35-летний депутат Госдумы Андрей Воробьёв, руководитель Фонда «Единая Россия»[16].

Ключевые управления в центральном исполкоме (политическое и по связям с общественностью) возглавил Константин Костин, советник заместителя главы администрации президента России Владислава Суркова.[источник?]

Новое руководство «Единой России» поставило целью так называемую «партизацию власти»[19]. Весной 2005 года был принят закон о выборах в Госдуму исключительно по партийным спискам. Затем Госдума приняла поправки к федеральному законодательству, позволяющие партии, победившей на выборах в региональный парламент, предлагать президенту России свою кандидатуру на губернаторский пост. В подавляющем большинстве регионов это право принадлежит «Единой России». Подавляющее большинство губернаторов являются членами «Единой России». В апреле 2006 года Борис Грызлов сообщил, что членами партии являются уже 66 из 88 руководителей российских регионов. Начиная с 2005 года в партию вступили руководители крупных промышленных корпораций — «Рот Фронт», «Бабаевский», «Мечел», «АвтоВАЗ». Но ни президент Владимир Путин, ни первый заместитель председателя правительства России Дмитрий Медведев — этого не сделали.

26 ноября 2005 года в Красноярске состоялся VI съезд партии[20], одобривший новую редакцию устава. Согласно одной из поправок, в случае невыполнения решений центральных и региональных партийных органов может быть прекращена деятельность регионального политического объединения, не выполняющего эти решения. Изменений в программу партии на съезде не было сделано. Борис Грызлов заявил, что комплексная программа модернизации России будет представлена лишь в 2007 году. В докладе также была упомянута необходимость повышения нравственного здоровья общества (через усиление контроля над СМИ) и решения демографических проблем.

2 декабря 2006 года в Екатеринбурге состоялся VII съезд партии. По итогам съезда было утверждено программное заявление «Россия, которую мы выбираем», в котором была изложена стратегия развития на принципах суверенной демократии[17].

VIII съезд партии проходил в два этапа. 1-2 октября 2007 года в Москве состоялся первый этап. В его работе принял участие президент Владимир Путин. Первый день был посвящен обсуждению программы, с которой «Единая Россия» шла на думские выборы, — Плана Путина. Во второй день съезда был утвержден Федеральный избирательный список партии. 17 декабря 2007 года в Москве состоялся второй этап. В его работе приняли участие президент Владимир Путин и первый вице-премьер правительства Дмитрий Медведев. Председатель партии Борис Грызлов, открывая съезд, заявил, что главная его задача — подготовка к избирательной кампании президента. Съезд официально выдвинул кандидатом на пост президента России первого вице-премьера правительства Дмитрия Медведева. За его кандидатуру проголосовали 478 делегатов, против — 1[21].

7 мая 2008 года Бориса Грызлова на посту руководителя партии сменил Владимир Путин[22]. Ранее на IX съезде «Единой России» (15 апреля 2008 года) президент Владимир Путин принял предложение возглавить партию «Единая Россия»[23].

20 ноября 2008 года в Москве состоялся X съезд «Единой России». На его открытии выступил председатель партии Владимир Путин. В работе съезда принял участие президент России Дмитрий Медведев[17].

XI съезд партии прошел 21 ноября 2009 года в Санкт-Петербурге. Председатель партии Владимир Путин подвел итоги антикризисной работы правительства, обозначил приоритеты посткризисного развития экономики, поставил новые задачи перед «Единой Россией»[24]. 8 февраля 2010 года «Справедливая Россия» заключила с партией «Единая Россия» политическое соглашение, в котором обе партии заявили, что они обязуются стремиться к коалиционным действиям: «Справедливая Россия» поддерживает стратегический курс Президента России Д. А. Медведева и Председателя Правительства В. В. Путина по стратегическим вопросам, а «Единая Россия» поддерживает нахождение С. М. Миронова на посту Председателя Совета Федерации Федерального Собрания РФ. Участники Соглашения выразили готовность сообща действовать при решении кадровых вопросов, в том числе по итогам выборов путем заключения пакетных соглашений при формировании руководящих органов. 28 сентября 2010 года отрешенный от должности мэр Москвы Юрий Лужков оставил пост сопредседателя Высшего совета «Единой России» и покинул партию.[25]

Официальная идеологическая платформа партии, описанная её лидерами как центризм и консерватизм, предполагает «государственническую» позицию, заявленный прагматизм, противопоставление себя более радикальным движениям[28]. Ряд активных членов фракции в начале 2005 года одновременно выступили с публичным изложением новых подходов к развитию экономики и общества России — так называемому «социально ориентированному» и «праволиберальному», или «либерально-консервативному». Речь шла о создании внутри партии двух «крыльев» и «центра» («социального консерватизма»)[29]. Инициатива, однако, заглохла сразу же, как только стала ясна негативная реакция президентской администрации. Есть мнение, что партии свойственен и этатизм. Дискуссию членам партии разрешили лишь на уровне неформальных «клубов». «Нам, медведям, крылья не нужны. Медведи не летают», — отверг инициативу товарищей по партии Борис Грызлов[30].

Партия поддерживает политику действующего правительства и президента. На парламентские выборы 2007 года «Единая Россия» шла под лозунгами поддержки курса президента Владимира Путина — плана Путина.[18,c.56]