Еще тогда, когда противоречия между "командой Горбачева" и российскими коммунистами только назревали, Зюганов активно поддержал идею создания Российской компартии как "партии, отстаивающей национально-государственные интересы". Это вызвало, по словам Геннадия Андреевича, "жуткий пропагандистский огонь из всех "демократических" орудий. С нами не столько спорили по существу, сколько пытались дискредитировать". К тому времени Зюгановым была уже опубликована целая серия статей -"Третий раз гневаемся, а репа не растет", посвященных гласности как "инструменту социально-психологической обработки населения", ряд статей о российской государственности и других.

Летом-осенью 1990 г. Зюганов участвует в работе Учредительного съезда Компартии РСФСР и XXVIII съезда КПСС. На российском съезде его избирают членом ЦК, а на пленуме - членом Политбюро, секретарем ЦК КП РСФСР. "Либеральная" пресса писала по этому поводу: "Мало кому известный мелкий функционер воспользовался почти невероятным шансом пробиться наверх в скандально учреждавшейся иерархии руководителей РКП. Сумел-таки совершить головокружительный кульбит - смог стать членом Политбюро, секретарем ЦК и главным партийным идеологом".

В то время, выражаясь словами Зюганова, уже во всю "гремели фанфары перестроечной пропаганды, витии свободы вещали о новой духовности в распахнутом всем ветрам общеевропейском доме. Под этот грохот яковлевской идеологической молотилки к 1991 году горбачевская команда . уже наглядно доказала, как она заботиться об "этой стране" и "этом народе". Нарастает ощущение того, что "наш государственный корабль без руля и ветрил болтается в бушующем политическом море и вот-вот налетит на рифы". Попытка пленума ЦК Компартии РСФСР в ноябре 1990 г. "прямо и честно ответить, почему не удалась перестройка и что нужно сделать для того, чтобы были все-таки реализованы идеи социалистического обновления, была попросту блокирована замалчиванием". Уже в декабре 1990 г. Зюганов всерьез говорит "о возможности социального взрыва".

В феврале 1991 г. Геннадий Андреевич выступает одним из инициаторов конференции "За великую, единую Россию" (Москва, 27 февраля 1991 г.). В ней участвовали В.Стародубцев, В.Варенников, А.Проханов, Ю.Бондарев и другие. На конференции был образован Координационный совет народно-патриотических сил России, куда вошли представители около 40 "государственнически ориентированных" организаций, люди совершенно разной политической и идеологической ориентации - от дворян-монархистов до социалистов и коммунистов. "Либеральная" пресса уже тогда начинает создавать Зюганову имидж "национал-большевика", "сильной личности" в руководстве "партии Полозкова". В это время он много ездит по стране, встречается с трудовыми коллективами, интеллигенцией, воинами Советской Армии, партактивом. "Как ни горько, ни больно осознавать, но цели и идеалы перестройки еще более отдалились, - констатировал Зюганов, - а в чем-то и обернулись своей противоположностью". В своей статье в "Советской России" "Еще не поздно" (март 1991 г.) Геннадий Андреевич писал: "Налицо кризис перестройки и он стал всеохватным. Однако причины его носят скорее субъективный характер. Это прежде всего кризис компетентности, политической воли и нравственности руководства разных уровней". По его мнению, не был реализован главный замысел "столь желанной и так широко поддержанной перестройки" - не раскрыт потенциал социализма через включение всех творческих сил народа. Не способствовали успеху и "поспешная и бездумная смена приоритетов","насаждение политического плюрализма", "быстрая возгонка многопартийности".

7 мая 1991 г. в "Советской России" под заголовком "Архитектор у развалин" было опубликовано открытое письмо Г.А.Зюганова бывшему члену Политбюро, секретарю ЦК КПСС, тогдашнему старшему советнику Президента СССР А.Н.Яковлеву. Хотя оно было адресовано вполне конкретному лицу, многие усмотрели в нем "прямую атаку на Горбачева". Зюганов слышал выступления Яковлева, читал все его статьи, анализировал их, хорошо знал его лично и, как уже говорилось, был его подчиненным. "У меня сложилось ощущение, - вспоминает Геннадий Андреевич, - что Александр Николаевич не знает во всей необходимой полноте повседневной жизни страны. И в годы работы в ЦК КПСС он не часто жаловал производственные, трудовые коллективы своим вниманием. Предпочитал иметь дело лишь с теми, кто "отражал" интересы трудящихся .". В письме велся политико-идеологический спор о сущности перестройки. Зюганов клеймил ее "архитектора" за нигилистическое отношение ко всей предшествующей истории страны, разрыв связи времен, за абсолютизацию понятий "демократия" и "гласность", за внедренные в общественное сознание "с легкой руки" Яковлева "новые идеологические стереотипы" - "застой", "административно-командная система", "возвращение в мировую цивилизацию", отвечал на выпады Александра Николаевича в адрес руководства Компартии РСФСР, ставил вопрос о политической ответственности (при жизни) руководства страны. В письме он также обращал внимание на угрожающий рост "теневой" экономики, предупреждал об опасности вновь нарождающегося при демократии "союза охотнорядцев, люмпенизированной интеллигенции и уголовников".

Письмо вызвало бурную ответную волну критики в адрес Геннадия Андреевича. Первый комментарий дал советник Президента СССР В.Игнатенко. Он заявил, что Горбачев за занятостью письмо не читал, но если бы прочел, то оценил бы его так-то и так-то. "Я знаю, - с иронией заметил по этому поводу Зюганов, - Игнатенко довольно способный человек, но не предполагал, что он обладает и даром предвидения". Ожесточенной критике Зюганов подвергся не только со стороны демократической прессы. Даже газета "Правда" высказала негативное отношение к письму. Зюганов пошел ва-банк. По существу это было первое серьезное выступление против человека, которого давно уже соратники Геннадия Андреевича называли "серым кардиналом", но задевать не решались. Оппоненты обвиняли его в том, что "устами идеолога РКП ее руководители в открытую ревизуют решения XXVIII съезда КПСС, начисто отвергают перестройку и, выползая из окопов, помышляют о реванше, о своем термидоре". Автору даже пытались приписать "уязвленные амбиции типичного чиновника небольшого пошиба, которого когда-то и, видимо, справедливо недооценивал его бывший начальник".

Зюганов неоднократно публично выступал и против Горбачева, считая его "даже не социал-демократом, а типичным, классическим либеральным буржуа, с закваской, которая попахивает изменой невиданного масштаба". Геннадий Андреевич сожалеет о том, что "ЦК КПСС не хватило мужества освободить Горбачева даже тогда, когда уже были очевидны его полная неспособность руководить партией и государством, моральная нечистоплотность, нарушение клятвы, данной народу и государству".