В апреле 1988 г. в Женеве были подписаны пять документов по вопросам политического урегулирования ситуации в Афганистане. А в августе этого же года президент Пакистана Зия уль-Хак вместе с группой высших военачальников погиб в авиакатастрофе. Эти события обусловили значительные перемены во внутриполитической жизни Пакистана. На выборах в ноябре 1988 г., завоевав относительно большинство, победу одержала Пакистанская народная партия, возглавляемая дочерью З.А. Бхутто – Беназир Бхутто.

Конец 80-х – начало 90-х годов характеризовались кардинальными изменениями структуры международных отношений и расстановки политических сил в мире, что оказало непосредственное влияние на формирование соответствующего новым реалиям внешнеполитического курса Пакистана. С окончанием «холодной войны» у ключевого союзника Исламабада – США появились новые возможности на мировой арене. Прекращение глобальной конфронтации означало исчезновение реальной военной угрозы Соединенным Штатам и превращение их в единственную военную сверхдержаву. США приобрели гораздо большую свободу стратегического маневра. Новая ситуация в мировой политике обусловила падение значимости Пакистана в стратегии Вашингтона, что вынудило Исламабад искать новые возможности укрепления своих внешнеполитических позиций, в частности, за счет расширения связей с мусульманским миром, включая и афганское направление.

Пришедшее к власти правительство ПНП придавало большое значение развитию отношений с Саудовской Аравии, о чем свидетельствует тот факт, что первую же свою заграничную поездку пакистанский премьер-министр Беназир Бхутто совершила в королевство в 1989 г. для совершения умры – малого паломничества к святым местам. Второй визит пакистанского руководителя в Саудовскую Аравию последовал уже в 1990 г.

Афганский вопрос стал одним из центральных в отношениях с Саудовской Аравией. Новое пакистанское правительство объявило о преемственности курса в отношении Афганистана. Взаимодействие двух стран заметно оживилось с середины 90-х годов, когда Исламабад и Эр-Рияд стали оказывать политическую поддержку и материальную помощь Движению талибов в Афганистане. Саудовская Аравия так же, как и Пакистан, признала правительство, сформированное Движением талибов в сентябре 1996 г. Ситуация в Афганистане была предметом обсуждения во время визита министра иностранных дел Пакистана Гохар Айюб-хана в Саудовскую Аравию в сентябре 1997 г.

Еще одной благоприятной возможностью продемонстрировать свою солидарность с исламским миром стал кризис в Персидском заливе в начале 90-х годов. Правительство Пакистана крайне отрицательно отнеслось к вторжению Ирака на территорию Кувейта и потребовало немедленно вывести иракские войска с кувейтской территории. Пакистанское правительство приняло решение о направлении 11-тысячного контингента в Саудовскую Аравию в период военных действий. Первый корпус пакистанских войск в 2000 человек прибыл в Королевство в августе 1990 г. В своем обращении к нации в январе 1991 г. пакистанский премьер-министр Мухаммад Наваз Шариф заявил, что Ирак ничем не помог своим исламским братьям в разрешении кашмирской проблемы и урегулирования конфликта в Афганистане, в то время как Саудовская Аравия и Кувейт всегда выступали за единство мусульманского братства. В октябре 1991 г. Саудовскую Аравию посетил президент Гулам Исхак-хан.

Пакистанское руководство не упускало возможности подчеркнуть принадлежность Пакистана к мусульманскому миру и продемонстрировать свою солидарность с «кашмирскими братьями». Так, в феврале 1994 г. премьер-министр Беназир Бхутто организовала общенациональную забастовку, чтобы оказать моральную поддержку воюющим мусульманским сепаратистам в индийском штате Джамму и Кашмир. В 1995 г. секретарь по вопросам информации ПНП заявил на одной из пресс-конференций, что Пакистан ни в коем случае не должен рассматриваться как светское государство, поскольку по конституции ислам является государственной религией Пакистана, а само государство – исламской республикой. Во многом благодаря активности пакистанского внешнеполитического ведомства, представители Кашмира были приглашены на сессии ОИК на уровне министров иностранных дел в Джакарте в 1996 г.

В 90-е годы Пакистан расширил свои внешнеполитические связи с мусульманским миром за счет включения в сферу своих интересов стран Средней Азии. В 1992 г. Афганистан и шесть независимых государств Центральной Азии и Закавказья (Узбекистан, Казахстан, Киргизстан, Таджикистан, Туркменистан, Азербайджан) вошли в состав Организации экономического сотрудничества (новое название бывшей Организации Регионального сотрудничества ради развития, членами которой являлись на тот момент Пакистан, Иран и Турция). В последнее десятилетие XX в. почти ежегодно собиралась сессия Совета министров ОЭС (на уровне министров иностранных дел). Одной из важнейших задач организации провозглашалась задача быстрейшего объединения автомобильных и железнодорожных путей государств Центральной Азии с транспортной сетью Турции, Ирана, стран Закавказья, Пакистана, Афганистана, Индии. Таким образом мусульманским мир стремился вывести новые независимые государства из орбиты влияния России.

В ноябре 1996 г. в Пакистане произошли значительные политические изменения. 5 ноября президент Пакистана Фарук Ахмад-хан Легхари отправил в отставку правительство Б. Бхутто и распустил Национальное собрание. На досрочных парламентских выборах почти две трети мест в парламенте завоевала Пакистанская мусульманская лига. Созданное по итогам выборов правительство Пакистана возглавил Наваз Шариф. В глазах значительной части исламистов страны Н. Шариф был продолжателем дела Зия уль-Хака. Еще при жизни Зия уль-Хака он назывался средствами массовой информации негласным преемником военного диктатора. Показателем приверженности Наваза Шарифа исламистским принципам свидетельствует и его заявление по случаю 9-ой годовщины со дня гибели Зия уль-Хака, в котором премьер-министр Пакистана заявил о своей решимости привести судебную систему в стране в соответствии с требованиями шариата.

Особое место во внешней политике Пакистана в 90-е годы занимает вопрос национальной ядерной программы и сотрудничество в данной сфере с рядом стран, включая мусульманские государства Востока. В данном контексте исламский фактор использовался Исламабадом в первую очередь в целях получения финансовой и сырьевой помощи у стран движения «исламской солидарности».

В апреле 1998 г. президент Пакистана Рафик Тарара заявил о необходимости реализации на практике концепции «единого исламского мира» для совместного использования ресурсов всех принадлежащих к нему государств в целях коллективной защиты их интересов. Как считает российский ученый А.А. Игнатенко, тем самым пакистанский лидер дал понять, что создаваемые в Пакистане ядерные и ракетные вооружения призваны прежде всего служить укреплению оборонного потенциала всех исламских стран. По некоторым данным, помощь ОАЭ, Саудовской Аравии, Кувейта и Ливии в финансировании ядерного проекта оценивается в 5 млрд. долл.