Окруженные и избиваемые ваххабиты, несли большие потери. Официально признается 50 убитых, в том числе более 30-ти ваххабитов, 10 мирных жителей, остальные гвардейцы. По признанию Исы Умарова, одного из активных лидеров ваххабизма, число убитых в Гудермесе было 100 человек. Погибло много чеченских юношей.

Причины этого конфликта, по мнению А. Масхадова, состоят в том, что ваххабиты создали параллельные военные и политические структуры, не подчиняются органам власти, принимают участие в похищении людей, за распитие спиртного и других антишариатских проступков избивают людей.

Указом президента были лишены званий бригадных генералов А. Бараев и А. М. Межидов, расформированы возглавляемые ими шариатские структуры, признаны персоной нон-грата иностранцы, работавшие в структурах шариатских судов Чечни. Однако полного изгнания ваххабитов не произошло, поскольку в конфликт вмешались вице-президент Чечни Ваха Арсанов и Ш. Басаев. Благодаря им, ваххабиты избежали полного разгрома.

Ш. Басаев заявил, что полевой командир Хаттаб не причастен к гудермесским событиям. Он и несколько других арабов, которые воевали с чеченцами против российских войск, ныне со своими семьями мирно проживают среди чеченцев, не вмешиваясь в их внутренние дела. Хаттаб также отметил, что он никогда не вмешивался во внутричеченские взаимоотношения. Он по заданию руководства Чечни обучает военному делу молодых бойцов. После Гудермесского разгрома ваххабиты обосновались вблизи села Старые Атаги, где проживает З. Яндарбиев, и они обратились к нему с просьбой возглавить их борьбу против власти. Прокуратура Чечни предостерегала З. Яндарбиева о недопустимости действий, противоречащих Конституции ЧРИ. Кроме того, односельчане З. Яндарбиева строго предупредили его о выдворении из села, в случае поддержки им ваххабитов.

В произошедшем в Гудермесе конфликте З. Яндарбиев обвинил лично А. Масхадова. Кроме того, в интервью, данной им газете “Кавказская конфедерация”, З. Яндарбиев высказал ряд других критических замечаний в адрес Масхадова. В частности, он отметил, что президент боится усиления влияния религии в обществе и не имеет действенной программы укрепления независимого исламского государства. З. Яндарбиев подчеркнул также то, что высокие должностные лица в стране своими действиями способствуют разделению общества по религиозному признаку.

Муфтий мусульман Чечни А.-Х. Кадыров опроверг эти обвинения и отметил, что роль ваххабизма в Чечне возросла благодаря усилиям главного ваххабита Дагестана Багауддина Магомедова, приглашенного З. Яндарбиевым в Чечню в августе 1996 года для утверждения шариата. С появлением Багауддина в Чечне, заметил муфтий, произошел раскол среди чеченских мусульман, а кровопролитие в Гудермесе - это результат проваххабитской деятельности З. Яндарбиева.

В целях консолидации антиваххабитских сил в Грозном созывается конгресс мусульман Дагестана, Чечни, Ингушетии. Представители северокавказского духовенства на конгрессе сообщили, что ваххабиты способствуют появлению раскола среди мусульман, допускают экстремизм, бесцеремонно вмешиваются в политическую жизнь общества, вооружают своих приверженцев, бросают вызов официальным властям. Участниками конгресса принимается общее заявление, осуждающее деятельность ваххабитов и призывающее органы власти Северного Кавказа объявить ваххабизм вне закона, немедленно расформировать вооруженные группировки проваххабитского характера.

А. Масхадову предлагалось избавиться от “представителей администрации президента и правительства, морально и материально поддерживающих это экстремистское течение”.

После этих событий в Москве 22 июля 1998 г. на Старой площади, в здании администрации президента России, проходит заседание обновленной комиссии при президенте России по противодействию политическому экстремизму. В его работе приняли участие министр юстиции Крашенников, директор ФСБ Ковалев, министр внутренних дел Степашин, министр национальностей Сапиро и др. На этом заседании комиссия пришла к выводу, что течение ваххабизм не является экстремистским.

Тот факт, что ваххабизм, официально запрещенный в Чечне, Ингушетии и оцениваемый как исламский фундаментализм в Дагестане, признан российскими силовыми министрами как течение мирное, неэкстремистское, говорит о том, что это течение имеет поддержку в определенных политических кругах в Москве нередко преследующих корыстные цели.

23 июля 1998 года на А.Масхадова было совершено покушение и тогда погиб один из его охранников, несколько других получили ранения, а сам президент отделался легким ушибом.

Некоторые эксперты связывают эту бандитскую акцию с ваххабитами, якобы ставшими на путь мести за гудермесский разгром. Другие утверждают, что через попытку ликвидации А.Масхадова готовился государственный переворот в Чечне.

После этого покушения Верховный шариатский суд Чечни потребовал от Яндарбиева, Бараева, Межидова клятвы на Коране с заверениями, что они не причастны к этому преступлению. Бараев и Межидов клятву на Коране принесли, а Яндарбиев от нее был освобожден.

21 августа в г.Махачкале совершается покушение на муфтия Дагестана С.М.Абубакарова. В момент, когда он прибыл на обеденную пятничную молитву в центральную мечеть, его автомобиль был взорван. Погибли муфтий, его родной брат и шофер. Взрыв оказался настолько мощным, что автомобиль был разорван на две части, а тела погибших муфтия и брата расчленены на мелкие куски.

В убийстве известного на Северном Кавказе муфтия вице-президент Ваха Арсанов обвинил американские и израильские спецслужбы. По его мнению, эти службы пытаются организовать на Кавказе религиозный конфликт между разными течениями ислама с тем, чтобы ввести войска ООН в этот регион.

Убийству муфтия Абубакарова предшествовал ряд событий в Дагестане. Жители селений Карамахи, Чабанмахи, Кадар объявили на своих территориях “исламскую республику”. Власти Дагестана эти действия охарактеризовали как экстремистские и антиконституционные, “представляющие угрозу безопасности Дагестана, его единству и целостности”. На совместном заседании Госсовета, правительства и парламента Дагестана принимается решение о необходимости восстановить конституционный порядок на этих территориях. Оно было поддержано муфтием Абубакаровым, выступившим на заседании с резким осуждением деятельности ваххабитов.

На антиваххабитское решение дагестанских властей отреагировал Ш.Басаев, являющийся председателем так называемого Конгресса народов Ичкерии и Дагестана. Он заявил, что в случае применения оружия против братьев мусульман, последним будет оказана соответствующая помощь. Первый вице-премьер Т.-А.Атгериев и муфтий Чечни заметили, что заявление Басаева противоричит официальной политике чеченского руководства, а деятельность ваххабитов, составляющих значительное меньшинство мусульман Дагестана, направлена против его многочисленных народов, невоспринимающих их идеологию. По их мнению, вмешательство во внутренние дела Дагестана - не только ошибка, но и провокация, цель которой не допустить укрепления чеченского государства.