1 декабря 1998г. вошел в состав Межведомственной комиссии по оптимизации государственного оборонного заказа.

9 августа 1999 года назначен временно исполняющим обязанности председателя правительства Российской Федерации. В тот же день в своём телеобращении президент Ельцин назвал его своим преемником.

С 16 августа 1999 года — председатель правительства.

31 декабря 1999 года в связи с добровольным уходом Ельцина в отставку Путин становится исполняющим обязанности президента Российской Федерации.

С 26 марта 2000 года избранный президент России. Вступил в должность 7 мая 2000 года.

В мае 2000 года назначил на должность председателя правительства России Михаила Касьянова.

24 февраля 2004 года отправил в отставку правительство Михаила Касьянова, назвав его работу „в целом удовлетворительной“. Новым председателем правительства стал Михаил Фрадков.

14 марта 2004 года избран президентом Российской Федерации на второй срок. Вступил в должность 7 мая 2004 года.

12 сентября 2007 года отправил в отставку Михаила Фрадкова, назначив главой правительства Виктора Зубкова.

7 мая 2008 года передал власть избранному президенту Дмитрию Медведеву.

Внутренняя политика.

Во внутренней политике президент Путин проводил последовательный и жёсткий курс на централизацию и укрепление «вертикали» власти.

Первым серьёзным изменением в конституционно-политической системе страны было осуществлённое в августе 2000 года изменение порядка формирования Совета Федерации, в результате которого губернаторы и главы законодательной власти регионов, до того бывшие членами СФ по должности, были заменены назначенными представителями; последние должны работать в СФ на постоянной и профессиональной основе (при этом одного из них назначает губернатор, а второго — законодательный орган региона). В качестве некоторой компенсации утерянных губернаторами лоббистских возможностей был создан совещательный орган — Государственный совет.

Через несколько дней после событий в Беслане в сентябре 2004 года Путин с целью усиления борьбы с терроризмом объявил о своём намерении ликвидировать выборы глав регионов, что было осуществлено вопреки мнению большинства граждан страны; также был осуществлён переход к выборам депутатов Государственной Думы исключительно по партийным спискам.

В декабре 2003 по итогам выборов в Государственную Думу большинство мест получила пропрезидентская партия «Единая Россия» (при этом сам Борис Грызлов стал Председателем Госдумы). Второе, третье и четвёртое места заняли КПРФ, ЛДПР и блок «Родина», соответственно. Победив на выборах и приняв в свой состав большинство независимых депутатов, прошедших по одномандатным округам, всех депутатов от Народной партии и «перебежчиков» из других партий, «Единая Россия» получила конституционное большинство, что позволило ей проводить в Думе свою собственную линию, не принимая во внимание никакие возражения оппозиции (КПРФ, Родина, ЛДПР).

В качестве положительного результата политики Путина обычно отмечается укрепление государственной системы, стабилизация общественно-политической ситуации в России; в качестве отрицательного — подавление гражданских прав и свобод и демократических институтов, ликвидация гражданского общества, сверхцентрализация, усиление бюрократии. Внутренняя политика президента подвергалась жёсткой критике как многими СМИ, так и политическими деятелями, особенно за пределами России. Ряд событий (давление на некоторые СМИ, насилие в отношении ряда журналистов), произошедших в период президентства Путина, некоторые организации трактовали как ущемление свободы слова. По мнению самого Путина, критика его правления объясняется двумя причинами: «Это поддержка тех сил в России, которые некоторые западные политики считают прозападными, а вторая цель — сделать Россию более податливой в вопросах, не связанных ни с демократией, ни с правами человека — разоружение, ПРО, Косово». Некоторые политики также считают, что в период президентства Путина имело место подавление политической свободы, злоупотребление правосудием. Отмечалось, что в период президентства Путина имели место случаи нарушения прав человека силовыми структурами.

Террористические акты.

В 1999 году, после возобновления активной вооружённой фазы борьбы с чеченским сепаратизмом, в России было осуществлено несколько террористических актов, приведших к массовым человеческим жертвам (см. Взрывы жилых домов).

Во время президентства Путина в России произошли следующие крупные террористические акты:

• 9 мая 2002 — теракт в Каспийске (Дагестан)

• 23-26 октября 2002 — Захват заложников в театральном центре на Дубровке в Москве во время мюзикла «Норд-Ост»

• В 2003 последовали взрывы на 1-й Тверской-Ямской улице в Москве и на рок-фестивале «Крылья» в Тушино (Москва)

• 2004 ознаменовался серией терактов:

• 6 февраля взрывом в московском метро. Погибли 43 человека.

• 9 мая на стадионе «Динамо» в Грозном (погиб президент Чеченской Республики Ахмат Кадыров)

• нападением 22 июня на ингушские города Назрань и Карабулак

• взрывами двух самолётов «Ту-154» и «Ту-134» 24 августа, взрывом у станции метро «Рижская» в Москве 31 августа

• террористическим актом в Беслане 1—3 сентября (захват школы № 1, погиб 331 человек)

В 2005—2006 в России не было ни одного крупного теракта. Крушение поезда 13 августа 2007 года было террористическим актом, но там не было погибших.

Социально-экономическая политика. Успехи российской экономики

Подводя экономические итоги правлению Путина, The Wall Street Journal писал: «Экономика не только вернула себе все позиции, утраченные в 1990-е, но и создала жизнеспособный сектор услуг, который практически не существовал в советский период. В России накоплен третий по объему золотовалютный запас после Китая и Японии». Председатель Китайской Народной Республики Ху Цзиньтао в 2007 году утверждал: «В последние годы под руководством Президента Путина в условиях социально-политической стабильности экономика страны развивается быстрыми темпами. Жизнь населения улучшается с каждым днем».

В экономике России отмечался рост ВВП (в 2000 − 10%, в 2001 − 5,7%, в 2002 − 4,9%, в 2003 − 7,3%, в 2004 − 7,1%, в 2005 — 6,5%, в 2006 — 6,7%), промышленного и сельскохозяйственного производства, строительства, реальных доходов населения, чему во многом способствовало повышение мировых цен на энергоносители и другие товары российского экспорта. С другой стороны, рост цен на углеводороды начался лишь в 2002 году: за 2000-2001 год цена нефти марки Light Sweet упала с 25.60 до 19.84 долларов за баррель (23% без учёта инфляции), а ВВП вырос на 16%. Происходило снижение численности населения, живущего ниже уровня бедности (с 29% в 2000 году до 18 % в 2004), увеличение объёмов потребительского кредитования (за 2000—2006 годы рост составил 45 раз). Однако экономический рост, по мнению Алексея Полухина редактора отдела экономики «Новой Газеты», в значительной мере обусловлен устойчивым повышением мировых цен на углеводородное сырьё, резкой девальвацией рубля в 1998 году и либеральными реформами 1990-х, а не политикой правительства Путина; но нефтегазовая «отрасль фактически исчерпала месторождения с легкоизвлекаемой нефтью и новые проекты — шельфовые, в Восточной Сибири и прочие требуют масштабного финансирования.»