Административная и правовая реформы Хартума были расценены на Юге в качестве действий центральных властей, прямо направленных на подрыв единства Южного региона, аннулирование Аддис-Абебского соглашения от 1972 г., откровенное нарушение Конституции Судана. Протестные выступления южан привели к вооруженным столкновениям с центральными властями. Многие южане вновь ушли в леса и организовали вооруженные подразделения «Анья-Нья–2», которые возобновили конфронтацию с центральным правительством и суданской армией.

В конце 1983 г. отдельные боевые отряды «Анья-Нья-2» были объединены в Суданскую народно-освободительную армию (СНОА). У южан, противостоявших правительству Хартума, возникла и политическая организация – Суданское народно-освободительное движение (СНОД), которое возглавил бывший полковник суданской армии Джон Гаранг. Он же стал и главнокомандующим СНОА.

Дж. Гаранг – кадровый военный, получивший военное образование в Судане и Пакистане и экономическое образование (экономика сельского хозяйства) в США, доктор экономических наук. Дж. Гаранг присоединился к повстанцам еще в 1962 г. в ходе первого этапа противостояния Севера и Юга. После подписания Аддис-Абебского соглашения в 1972 г., по которому подразделения «Анья-Нья» вошли в состав совместных вооруженных формирований Севера и Юга, Дж. Гарангстал офицером суданской армии. Он быстро продвинулся по службе, его не раз направляли на курсы повышения квалификации командного состава в Судане и в других странах. Служил в Генеральном штабе армии.

С созданием СНОД и СНОА вооруженная борьба суданских повстанцев приобрела качественно новое содержание. По словам лидера СНОД, за 49 лет своей независимости Судан фактически находился в условиях гражданской войны более 37 лет.

Многолетний опыт борьбы народов Южного Судана за признание их права на уважение и равенство вплоть до подтверждения права на самоопределение поставил перед руководством СНОД задачу добиваться в ходе переговоров с правительством Судана детальной проработки всех вопросов будущих договоренностей. Это касалось и прекращения огня и военных действий, и безопасности, и организации власти в регионе, и решения вопросов развития экономики Юга, и гарантий выделения необходимых средств за счет отчислений от доходов от нефти и других. Поиски взаимоприемлемого решения о будущем Южного региона и Судана в целом потребовали значительного времени для многочисленных встреч, переговоров, взаимных компромиссов между правительством Судана и СНОД. Поэтому переговоры между двумя конфликтующими сторонами проходили в течение нескольких лет. Они нередко прерывались из-за нарушения достигнутых договоренностей о прекращении огня. К концу 2004 г. основные формулировки соглашений были все-таки выработаны, тексты согласованы, протоколы и меморандумы подписаны.

Подписанный сторонами протокол о разделе власти предусматривает, что президент Судана будет иметь двух вице-президентов: первого вице-президента и вице-президента. Лидер СНОД становится первым вице-президентом Судана и одновременно президентом Южного региона.

Места в Национальной Ассамблее Судана будут разделены следующим образом: 52% мест будут принадлежать правящей партии Национальный конгресс (лидер – президент Судана О. аль-Башир), 28% – СНОД, 14% – другим партиям северных районов Судана, 6% – другим партиям Юга.

Президент Судана является одновременно премьер-министром страны и главнокомандующим национальными вооруженными силами. Первый вице-президент Судана, президент Южного региона становится также главой правительства Южного Судана и главнокомандующим подразделениями Суданской народно-освободительной армии.

Распределение мест в составе Кабинета министров Судана определено в протоколе в той же пропорции, что и в составе Национальной Ассамблеи. Первый и второй вице-президенты входят в состав правительства.

Стороны подтвердили, что арабский язык остается основным официальным языком национального уровня, а английский язык – официальным рабочим языком национального правительства, бизнеса и обучения. В соответствии с местным законодательством в регионах может вводится дополнительный официальный рабочий язык на уровне региона.

Границы Южного региона устанавливаются по состоянию на 1 января 1956 г.

В законодательном собрании Южного региона СНОД будет иметь 70% мест, Национальный конгресс – 15%, остальные 15% мест отдаются другим южносуданским политическим партиям.

В правительстве Южного региона портфели будут распределены в таком же процентном соотношении, как и в парламенте Юга.

Распределение мест в законодательных и исполнительных органах отдельных штатов Судана решено осуществить следующим образом: 70% мест в северных штатах закрепляются за ПНК, в южных штатах – за СНОД, 10% – в северных штатах за СНОД, в южных – за ПНК. 20% отдаются соответственно представителям других политических сил: Юга – в южных штатах, Севера – в северных штатах.

Вопросы национальной обороны и защиты национальных границ, внешней политики, выдачи паспортов и виз, гражданства и натурализации, иммиграции, валютного контроля, деятельности Центрального банка и выпуска бумажных денег, вопросы деятельности почты, гражданской авиации, морского сообщения относятся к компетенции центральных властей. Это касается также деятельности таможенной службы, установления и взимания пошлин, национального долга страны, подписания договоров и соглашений от имени Судана, вопросов национального бюджета.

К компетенции властей Юга отнесены вопросы, затрагивающие различные стороны деятельности административных органов Южного региона. Они касаются полиции, сил безопасности и военных подразделений в переходный период, тюрем, регионального планирования, получения займов, здравоохранения, образования, природных ресурсов, лесов, городского и сельского планирования. В Южном Судане создается Банк Южного Судана, но фактически он будет действовать на положении филиала Центрального банка Судана.

В соответствии с подписанным протоколом доходы от добычи нефти распределяются между национальным правительством и правительством Юга по принципу 50:50 за вычетом расходов в стабилизационный фонд и 2% штату, в котором производится добыча нефти.

Рамочным соглашением по вопросам обеспечения безопасности предусмотрено сформировать единую армию страны в составе Суданских вооруженных сил (СВС) и Суданской народно-освободительной армии (СНОА) по 12 тыс. человек от каждой стороны после завершения переходного периода. Что же касается переходного периода, то СВС и СНОА будут действовать как самостоятельные вооруженные структуры, хотя формально будут рассматриваться в качестве составных частей Суданских национальных вооруженных сил.

Стороны договорились разработать общую военную доктрину, меры по подготовке военнослужащих СВС и СНОА и совместных подразделений.

Соглашением о постоянном прекращении огня, подписанным двумя сторонами конфликта в последний день 2004 г. (31 декабря), подтверждаются все ранее согласованные и подписанные протоколы и соглашения о прекращении огня, о демобилизации, разоружении, вооруженных силах, воссоединении и примирении. Для реализации упомянутого соглашения предусмотрено создание ряда комитетов и других рабочих органов. В этом же соглашении подчеркивается необходимость нормализации ситуации в Дарфуре, включая обеспечение безопасности и оказание гуманитарной помощи населению.