Помимо приведения в соответствие с Конституцией процедуры наполнения Совета Федерации, эти изменения существенно улучшили взаимодействие между Президентом и высшей палатой Федерального собрания. Параллельно федеральный Центр озаботился налаживанием конструктивных связей с руководителями регионов. Указом Президента России был создан Государственный совет, в котором губернаторы получили возможность выдвигать общенациональные проекты, а также представлять интересы своих регионов.

В мае 2000 г. указом Президента Владимира Путина были образованы 7 федеральных округов: Центральный, Северо-Западный, Южный, Приволжский, Уральский, Сибирский и Дальневосточный. В каждом из них вводился пост полномочного представителя Президента. На этих представителей возлагалась обязанность обеспечивать реализацию конституционных полномочий главы государства в пределах соответствующего федерального округа, повышение эффективности деятельности федеральных органов государственной власти и совершенствование системы контроля за исполнением их решений. В то время многие законы в регионах противоречили российской Конституции. В стране в связи с этим царил правовой хаос, который в том числе угрожал суверенитету России. Формирование единого правового пространства, начавшееся в 2000 г., завершилось в своей основе уже в 2001 г.

После образования в 2000 г. федеральных округов и введения института полномочных представителей основное внимание руководства страны сконцентрировалось на четком разграничении компетенции между Российской Федерацией и ее субъектами, пересмотре на этой основе федерального законодательства. В результате масштабной работы, проделанной Комиссией при Президенте Российской Федерации под руководством Д.Н. Козака, поэтапно (в 2003-2004 гг.) были приняты законы, закрепившие концепцию федеративной реформы.

За регионами были закреплены полномочия, которые они обязаны выполнять за счет своего бюджета и за исполнение которых несут ответственность. Остальные полномочия по предметам совместного ведения остаются за федеральным Центром и могут передаваться субъектам РФ только с соответствующими финансовыми средствами. Такой подход был обусловлен сложившейся практикой, когда руководители регионов, не реализуя свои полномочия, перекладывали ответственность за собственное бездействие на федеральный Центр. Ярким проявлением этого стали массовые нарушения в обеспечении населения теплом и электричеством во многих регионах страны, притом что средства, предусмотренные бюджетом на решение этих проблем, оставались в ведении властей регионов.

17 мая 2000 г. Президент Путин выступил с телевизионным обращением к гражданам, сообщив, что впервые с момента вступления в должность Президента вносит пакет законопроектов в Государственную Думу. Президент подчеркнул, что вносимые им законопроекты существенно реорганизуют государственную власть, и сформулировал их общую цель: чтобы и в Москве, и в самой далекой российской глубинке одинаково строго соблюдались права граждан, одинаково точно понималось и исполнялось общероссийское законодательство. Ход обсуждения внесенных Путиным документов выявил совершенно новую для России ситуацию - в Госдуме образовалась целая группа фракций, поддерживавших политику Президента. Безусловно поддерживала курс Владимира Путина фракция "Единство", но вокруг инициатив Президента консолидировались более 2/3 депутатов. Президент получил опору в Государственной Думе, вскоре переросшую в организованное парламентское большинство.

Федеральным законом от 4 июля 2003 г. № 95-ФЗ был установлен закрытый перечень полномочий (в количестве 41) регионов. Тем самым снизились риски нецелевого использования средств регионального бюджета. За регионами для финансирования этих расходов были закреплены собственные доходы. Параллельно федеральный Центр стремился к снижению числа льгот с заменой их на деньги с целью привести в соответствие с рыночными реалиями существующую социальную систему. С января 2005 г. вступил в силу закон о замене льгот денежными компенсациями. К сожалению, из-за плохой проработки законопроекта и неготовности регионов к его введению он вызвал существенное недовольство льготников. Правительству пришлось значительно увеличить выделяемые компенсации, что сняло градус напряжения в обществе.

Политическое значение этих реформ состояло в том, что региональным руководителям было предложено вплотную заниматься проблемами своих регионов, а не решать эти проблемы путем давления на федеральную власть.

Налоговая реформа является одним из важнейших достижений, стимулировавших экономический рост, начавшийся с 2000 г. Основные задачи налоговой реформы - снижение налоговой нагрузки на предприятия, усиление значения добывающих отраслей как источника налоговых поступлений, а также упрощение налогообложения малого бизнеса. В отношении населения была введена "плоская" шкала по налогу на доходы физических лиц - ставка налога для граждан с любыми доходами была установлена в размере 13%. Бюджет в результате существенно пополнился налогами с доходов, "вышедших из тени".

В 2001 г. произошла полная отмена налога на содержание жилищного фонда и объектов социально-культурной сферы. Был отменен налог на приобретение автомобилей. Единый социальный налог (ЕСН) заменил страховые взносы во внебюджетные фонды. Эта мера также способствовала частичному выводу заработной платы из тени, хотя ставка ЕСН продолжает оставаться высокой. В 2002 г. была снижена ставка налога на прибыль предприятий до 24% (в 2001 г. она могла доходить до 35%). Налог на добычу полезных ископаемых стал зависеть от цен на сырье на мировом рынке, что существенно пополнило бюджет России.

Замена в 2003 г. налога на пользователей автомобильных дорог и налога с владельцев транспортных средств на транспортный налог, а также отмена налога на покупку валюты существенно сократили доходы регионов. Однако изменение схемы распределения акцизов - на алкогольную продукцию в пользу федерального бюджета, на нефтепродукты в пользу регионального - стабилизировало ситуацию.

В сфере малого бизнеса также произошли изменения, в частности были снижены ставки налогов для предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения. На федеральном уровне утвержден список предпринимателей, имеющих право платить единый налог на вмененный доход. В 2004 г. был отменен налог с продаж, однако выпадающие доходы бюджетов регионов были компенсированы очередным увеличением норматива отчислений от налога на прибыль организаций.

Параллельно с изменениями в налоговом законодательстве были осуществлены попытки улучшения налогового администрирования. Так, в 2003 г. был введен принцип "одного окна", что позволяло зарегистрировать предприятие, подав документы в налоговый орган. Однако в налоговой сфере продолжали оставаться серьезные проблемы, связанные в первую очередь с криминальными поборами, которые осуществляют нечистоплотные налоговики в отношении предпринимателей, иногда даже разоряя компании. Множество проблем доставляли запутанные формы отчетности, заполнить которые под силу только профессиональным бухгалтерам, что создавало серьезные препятствия для ведения малого бизнеса. Несмотря на неоднозначные результаты налоговой реформы, положительным является тот факт, что в России в отличие от предыдущего периода появилась работоспособная (пусть и несовершенная) налоговая система.