Никифоровой и Бжостеком были переданы группе Ковалевича - Соболева все старые связи и явки. В Москве к организации анархистов подполья примкнули бывший секретарь МФАГ Л. Черный, члены "Союза анархистской молодёжи" и 12 латышей из анархистских отрядов "Лесма" и "Аусма". Контрразведчики разработали жесткую структуру подполья. Во главе стояла центральная конспиративная "семёрка", каждый из членов которой вербовал новую "семёрку". Состав этой группы знал лишь он сам, а каждый член этой "семёрки" знал лишь своего командира и т.д. Боевая команда Соболева занималась добычей средств и оружия, проведением терактов и ликвидацией большевистских лидеров. Боевики рядом дерзких "финансовых операций"- налёты на отделения Народного банка в Москве, Иваново-Вознесенске и Туле - добыли несколько сот миллионов рублей. После этого латыши уехали с частью денег в Латвию для создания там центра анархистов подполья. Ковалевичем же была снята целая сеть конспиративных квартир, приобретено полиграфическое оборудование, налажено изготовление фальшивых печатей и документов. Литературная группа Ковалевича вела информационную войну в тылу красных, - выпускала листовки и газету "Анархия". Типография во главе с Цинципером печатала подрывную литературу. При организации действовала лаборатория по изготовлению бомб под началом В. Азарова (Азова). Планы организации шли настолько далеко, что всерьёз разрабатывалась операция по взрыву Кремля со всем Советским правительством. Однако сначала решено было сломать агитационную машину большевиков.

Центром большевистской пропаганда был Московский комитет РКП(б). Степень важности его работы показывают следующие цифры: только за 4 месяца, с августа по ноябрь 1919 г. МК провёл 360 митингов, 50 лекций, 35 конференций. Особое внимание уделялось идеологической обработке частей Красной армии. На митингах МК в войсках проходили обработку до 160 тыс. солдат ежемесячно. А постоянные партийные мобилизации проводимые МК давали комиссаров для красных полков. На 25 сентября в МК РКП(б) было назначено заседание ответственных партработников: редакторов газет, представителей от всех московских райкомов, ведущих агитаторов. На заседании агитаторы и газетчики должны были получить от руководителей партии информацию для своих выступлений о раскрытии белогвардейских заговоров. В зале Московского комитета в Леонтьевском переулке собралось до 150 человек. Обязаны были присутствовать Бухарин, Каменев, Коллонтай, Ярославский, ожидалось присутствие Ленина.

Поэтому свою операцию анархисты подполья разработали до мелочей. Так как МК находился в, конфискованном большевиками, помещении ЦК левых эсеров, Черепанов нарисовал детальный план здания. Азаров изготовил из нитроглицерина и динамита 24-килограммовую адскую машину, замаскировав её под шляпную коробку. Около 21 часа из сада в окно актового зала МК Соболев бросил бомбу. Мощность взрыва была такова, что крыша и задняя часть особняка обвалились в сад. Погибло 11 партработников, в том числе секретарь МК В. Загорский, 55 раненых, среди которых Бухарин и Ярославский. Ленин задержался в Моссовете.

Погибаю, но не сдаюсь

Большевики были в ужасе и ярости. Деникинцы стояли под Тулой, и раненный Ярославский кричал о том, что враги бросили бомбу "чтобы взорвать мозг Советской России, чтобы убить Ленина". Первые подозрения пали на белых. По приводимому С. Мельгуновым свидетельству коменданта Московской ЧК (МЧК) Захарова, прямо с места взрыва к нему приехал бледный Дзержинский и отдал приказ в отместку за теракт казнить заложников из числа дворян и буржуазии во всех тюрьмах и лагерях Москвы. Приказ был отменён на следующий день, но за ночь были расстреляны тысячи людей. Комитет Обороны г. Москвы и МЧК предприняли беспрецедентные меры безопасности. МК РКП(б) постановил "всем районным комитетам связаться со всеми домами, коммунами, ячейками для исполнения всех приказаний МК РКП(б) и Комитета Обороны по вызову товарищей для массовых операций ЧК .". Вместе с тем, похороны жертв теракта были превращены в мощнейшую пропагандистскую компанию, целое траурное представление. В Доме Союзов были выставлены 9 цинковых гробов, мимо которых, строго по разнарядке, проходили рабочие коллективы, колонны районов и воинских частей. Траурная музыка и знамёна. Соответствующие транспаранты типа "Ваша мученическая смерть - призыв к расправе с контрреволюционерами!". Похоронная процессия растянулась от Дома Союзов до Красной площади. Её возглавляли члены ВЦИК, Совнаркома, ЦК РКП(б), Моссовета. Гробы были торжественно захоронены у Кремлёвской стены. Пламенные речи произнесли Троцкий, Каменев, Зиновьев, Калинин.

Уже на следующий день после взрыва МК в руки чекистов попала листовка "Извещения", по которой теракт объявлялся местью повстанцев за расстрел в Харькове махновского штаба, а ответственность брала на себя неизвестная "Организация анархистов подполья "Равенство и воля". Листовка объявляла, что задачей подполья является "организация динамитной борьбы с режимом Совнаркома и чрезвычайки и организация массового движения". Кроме того, в поезде на Брянск 2 октября была арестована курьер "Набата" С. Каплун. Из письма при ней находившегося стало ясно, что в организацию анархистов подполья входят и известные московские анархисты, в последнее время скрывшиеся из виду. Начался их розыск. Так ЧК были схвачен М. Тямин, который в надежде на жизнь стали сдавать явки. Но, только к концу октября в засаду на бывшей квартире Никифоровой попал и был убит в перестрелке К. Ковалевич. 3 ноября на другой явке чекистами были найдены арсенал, адреса и документация подполья. В результате за 2-3 дня было найдено большинство членов организации, не только анархистов, но и боевиков-эсеров. Практически никто не сдавался без боя. Многие при аресте кончали с собой. Во время одной из таких операций 4 ноября 1919 г. погиб П. Соболев. Были установлены легальные типографии, где анархисты печатали свои воззвания. Однако нелегальную типографию и главное, - Лабораторию бомб найти не удавалось.

Лишь 6 ноября чекисты узнали, что анархистами была арендована дача в подмосковном посёлке Красково. Как потом оказалось, это и была знаменитая Лаборатория бомб Азарова. На её ликвидацию послали отряд в 30 человек. Лабораторию обороняли 6 последних членов Московской организации: Глазгон, Азаров, М. Хорьков, З. Хромой, Мина и Т. Дедикова. 2,5 часа они отстреливались и бросали бомбы. Затем, осознав безвыходность положения, анархисты подполья посредством адской машины, подорвали себя. Сила взрыва была такой, что огромная дача целиком взлетела на воздух. И затем еще 4 часа на руинах рвались боеприпасы. На пепелище следователи обнаружили обгоревшие трупы, остатки подпольной типографии и лаборатории бомб, а также 2 адских машины, - бидоны с пироксилином. А в посёлке Одинцово был найден склад динамита, очевидно для взрыва Кремля.

Однако с гибелью махновских контрразведчиков борьба анархистов подполья не закончилась. Харьков, Киев, Одессу, Екатеринослав продолжали сотрясать "эксы". По словам чекистов, осколки всероссийской организации анархистов подполья превратились в шайки налётчиков. Но это была лишь большевистская пропаганда. По словам Мельгунова, "расправе придавали неполитический характер", что подтверждает телеграмма к председателю Украинского Совнаркома Х. Раковскому: "1) Взять на учёт всех анархистов на Украине, в особенности в махновском районе; 2) Вести усиленную слежку за анархистами и приготовить материал по возможности уголовного характера, по которому можно было бы привлечь к ответственности. Материал и распоряжения держать в секрете…".