Процесс объединения регионов может предусматривать несколько сценариев. Первый, уже реализуемый, во многом благодаря Федеральному закону №95 от 4 июля 2003 года «Об общих принципах организации исполнительных (представительных) органов госвласти субъектов РФ» («закону Д. Козака») о передачи части полномочий автономных округов краям и областям, в состав которых они входят, предусматривает объединение сложносоставных субъектов Федерации. В развитие этого сценария предполагается объединить с краями и областями бывшие (республики Адыгея, Карачаево-Черкесия, Алтай, Хакасия) и нынешнюю (Еврейскую) автономные области. Также предполагается объединение Чукотского АО с Магаданской областью. Другой сценарий – объединение с областями городов федерального значения. Наконец, предлагается объединение «русских» субъектов РФ при сохранении национальных республик, Москвы и Санкт-Петербурга.

Основным препятствием объединению сложносоставных субъектов является потеря титульными народами округов своих национальных автономий. Против предполагавшегося объединения Иркутской области и соседнего Усть-Ордынского автономного округа резко выступили как рядовые жители, так и национальная интеллигенция. По мнению жителя посёлка Усть-Ордынский Климентия Хабитуева, намерения превратить округ в один муниципальный район «попирают всё: вековые традиции административного устройства, национальное достоинство народа». Вице-президент Всебурятской ассоциации развития культуры Гавриил Богданов заявил: «Мы помним, какой ценой, какими усилиями досталась нам автономия, чтобы так просто ее потерять. В 1891 году выдающийся общественный деятель Сибири Николай Ядринцев в одной из своих работ с тревогой задавал вопрос: быть или не быть дальше сибирским коренным народам? Или они вымрут, или они растворятся? Но даже царское, а затем и советское правительства позволяли бурятам иметь автономию. Механическое упразднение нынешней автономии чревато колоссальными последствиями».

В советское время изменение административного статуса определяло экономическое развитие территории. Например, переход от села к посёлку городского типа (райцентру) предусматривал строительство котельной и переход от печного к централизованному отоплению, появление маршрутов городского транспорта, зачастую – переход от централизованного завоза хлеба к возведению хлебозавода. Инновационный процесс развития государства имеет определённую политико-географическую логику. Распространение инноваций, в соответствии со схемой их каскадной диффузии идёт из небольшого числа центров первого порядка в центры второго порядка, откуда переходит на наиболее близкие периферии, а далее на отдалённые участки территории.

К тому же, для экономически слабого региона статус субъекта – это гарантия федеральных дотаций, возможность прямого лоббирования своих интересов на федеральном уровне. Для города административный статус – некая гарантия на получение экономических ресурсов. В противном случае территория останется один на один со своими проблемами.

В пользу объединения автономных округов говорит общая инфраструктура округов с соседними субъектами РФ, общность жителей. Глава Республики Коми Владимир Торлопов по поводу объединения республики с Ненецким АО отметил: «У нас общая транспортная схема – река Печора и строящаяся на территории округа автомагистраль». У Республики Коми и Ненецкого округа общие оленьи стада. «В округе проживает много коми, также как на севере Республики Коми ненцев». Жители другого, Ямало-Ненецкого, АО, в большинстве своём выступающие против объединения с Тюменской областью, где уровень жизни на порядок ниже, тем не менее предпочитают, отработав 20 – 25 лет на севере, переезжать на тот самый юг Тюменской области, где гораздо благоприятнее климатические условия.

В 2004 году Государственным научно-исследовательским учреждением «Совет по изучению производственных сил» была представлена поддержанная некоторыми сенаторами Концепция реформирования государственно-территориального устройства России (см. Приложение). Как отметила учёный секретарь этого учреждения Татьяна Зайцева, укрупнение регионов - общемировая тенденция, позволяющая более эффективно управлять и развивать экономику стран. Инициатор укрупнения регионов европейской части России ярославский губернатор Анатолий Лисицын заявлял по поводу проведения административно-территориальной реформы в 2002 году: «В Польше на подготовку такой реформы ушло 7 лет - с 1990 по 1997 годы. Сегодня вместо 48 воеводств там всего 16. И за последние три года - успехи в экономике». В другом интервью он говорил: «Когда 2/3 регионов сегодня ущербны и полностью зависят от федерального центра, а другая 1/3 часть обязана формировать государственный бюджет - эта ситуация ненормальная. Регион должен быть в большей степени самодостаточным. Объединение слабого с сильным - это, я думаю, политика ближайших лет, и коснуться она должна в первую очередь регионов Центральной России».

В то же время у предлагаемой концепции много противников. Директор Центра системных исследований и прогнозирования ИППК РГУ и ИСПИ РАН Виктор Черноус отмечает «игнорирование этнических традиций, встроенных в социальную структуру регионов юга, полудемократическое игнорирование национальных форм». По его мнению, реализация концепции «приведет к тому, что национальные республики, включая Дагестан, превратятся в отдельные образования, что может привести к достаточно серьезным проблемам … в связи с проявляющейся активностью НАТО и Евросоюза…, активно продвигающими идею общекавказской идентичности».

Весьма спорна также идея сделать ставку на более сильные регионы. Их сила объясняется отсутствием депрессивных районов, которые реформаторы как раз и собираются к ним присоединять. К тому же, по концепции, например, дотационная Кировская область, мечтающая присоединиться к более сильным соседям, сама должна будет становиться «локомотивом» для ещё более депрессивных Чувашии и Марий Эл. Нельзя признать экономически более развитыми и сырьевые регионы, выигравшие за счёт природных ресурсов и регистрации головных офисов крупных компаний. Ставка на сильные регионы приведёт и к дальнейшей поляризации развития страны, когда Россия поделится на большие города (с неподготовленной к наплыву приезжих инфраструктурой) и дикую, никем не заселенную и не освоенную степь.

По поводу инициативы ярославского губернатора губернатор Ивановской области Владимир Тихонов заявил: «Кое-кто в России считает, что есть регионы-доноры и регионы без перспективы. А по существу все объясняется межбюджетными отношениями. В текстильных регионах заработная плата ниже, ясно, что регион, в котором подоходный налог составляет основу бюджета, - это регион, которому надо помогать. Если это будет налог на добавленную стоимость, то еще неизвестно, кто будет потреблять эти деньги. … Я никогда не слышал, что население Ивановской области хочет перейти в другую область». Его суждение дополняет мнение губернатора Костромской области Виктора Шершунова: «Сегодня говорить об изменении административно-территориального деления исконно русских регионов России - это бред».