Наряду с работой у Дюма Вюрц в течение пяти лет (1845—1850) руководил химическими работами второго и третьего курсов Центральной школы искусств и мануфактур.

В 1847 г., превосходно выдержав экзамен, он прошел по конкурсу "временным профессором" Медицинской школы. При вступлении на эту должность Вюрц прочел блестящую лекцию "О продуктах сухой перегонки". В учебном 1849 г. он уже вел курс органической химии, заменяя Дюма. Неудобная темная химическая лаборатория Медицинской школы была расположена на чердаке. Естественно, она не удовлетворяла Вюрца и он собственными руками ремонтировал и улучшал ее. Но все же желание иметь лучшие условия для работы заставили Вюрца создать в 1850 г. вместе с Дольфусом и Вердейлем частную лабораторию.

Вюрц явился подлинным научным руководителем этого нового химического центра. Он провел в нем много ценных исследований, организовал практические занятия молодых ученых, некоторые из которых стали впоследствии известными химиками. У Вюрца учились, например, биохимик Марсе, агрохимик Рислер, химик-органик Перр промышленный химик Шерер-Кестне. К сожалению, лабораторию вскоре пришлось закрыть, так как арендуемое помещение было продано его хозяином другому лицу.

В 1850 г. в Версале создается агрономический институт, куда Вюрца приглашают профессором химии, Вердейля — заведующим химическими работами, а Риша -препаратором (в дальнейшем последний стал профессором фармации). Но и в этом учреждении Вюрц работал не долго: институт закрыли по распоряжению принца-президента, стремившегося возродить монархию и поэтому не поддерживавшего начинаний республиканского правительства.

В 1853 г., когда Дюма оставил кафедру в Медицинском школе, а профессор Орфил, возглавлявший кафедру неорганической химии и токсикологии, умер, кафедры слили в одну и руководство ею поручили Вюрцу. Именно здесь, в лучшем медицинском высшем учебном заведении Франции протекал наиболее плодотворный 30-летний период его творческой деятельности.

Вюрц был не только блестящим ученым, но и прекрасным организатором. В 1858 г. было создано Парижское химическое общество, сыгравшее большую роль в развитии химии во Франции. (В 1906 г. оно было преобразовано во Французское химическое общество.)[5]. И хотя первым президентом Общества побрали итальянского химика Д. Арнодона (1829—1893), руководить деятельностью общества вскоре пришлось Вюрцу. В дальнейшем он несколько раз (1864, 1874, 1878) избирался президентом этой авторитетной демократической и интернациональной по духу организации французских химиков. В ее работе активное участие принимали и русские химики. Недавно опубликованы новые, представляющие большой научный интерес материалы о первом периоде работы Парижского химического общества[6].

Чувство ответственности за дальнейшую судьбу отечественной науки и в первую очередь — химии заставило Вюрца согласиться на предложение стать деканом химического факультета Медицинской школы. Независимость, смелость и прямота суждений снискали Вюрцу- декану уважение среди коллег и студентов. Его организаторские способности помогли провести в школе ряд преобразований, в частности он деятельно руководил новыми постройками для факультета и с большой энергией добивался ассигнований на создание и оснащение лаборатории.

Вюрц справедливо считал, что правительство Франции скупится в расходах на науку и это является одной из главных причин ее отставания от соперничающих с ней наций. В 1872 г., после поражения Франции в войне с Германией, Вюрц организовал и возглавил Общество содействия успехам наук. В течение нескольких десятилетий в этом обществе плодотворно работали виднейшие французские естествоиспытатели. Через два года Вюрц добился создания кафедры органической химии в Сорбонне (Парижский университет).

В 1875 г. из за большой загруженности Вюрц отказался от должности декана в Медицинской школе; общественность школы высоко оценила деятельность Вюрца, оставив за ним звание почетного декана химического факультета. Уйдя из Медицинской школы, Вюрц получил возможность найти время для чтения химико-теоретических курсов в университете, заняться изданием своих книг, и он использует эту возможность в полной мере.

Своей кипучей научно-общественной деятельностью Вюрц завоевывал все большую признательность и любовь французского народа. Особенно возрос его авторитет среди парижан. Вюрца избрали мэром одного из округов Парижа а в 1881 г. он становится сенатором. Ученый добросовестно исполнял общественные обязанности, особенно в области вопросов образования. Многочисленные французские и иностранные ученики Вюрца преподнесли ему бронзовую статуэтку Б. Палисси; на ее подставке было выгравированы но посвящение и 111 подписей ученых, когда-либо сотрудничавших с Вюрцем; сред них были следующие славные имена: Алексеев, Бейлыптейн, Бутлеров, Броньар, Каванту, Клермон, Клеве, Крафтс, Демарсе, Фридель Жерар, Гримо, Вант-Гофф, Ладенбург, Лекок-де-Буабодран, Лебель, Либен, Липпман, Лугинин, Лоренцо, Луна, Меншуткин, Перро, Пикте, Рислер, Зайцев, Шерер-Кестнер, Шифф, Сильва, Толленс, Троммсдорф, Фогт, Вильм и др. Семь подписей принадлежало русским ученым. Вюрца как автора многочисленных и выдающихся трудов многократно отмечали иностранные и французские научные корпорации, причем первые, пожалуй, как это ни странно, уделяли ему больше внимания, чем отечественные. Вначале он был избран членом французской Медицинской академии (1856), далее — Лондонского королевского общества, и только много лет спустя (1867) стал членом Парижской академии наук, заняв место Т. Пелуза. С декабря 1873 г. Вюрц — иностранный член-корреспондент Петербургской академии наук, куда он вошел по инициативе Бутлерова. Он был также набран в состав академий наук Берлина, Вены, Мюнхена, Турина, Венеции, Болоньи, Упсалы, Эдинбурга, Рима, Бельгии, Ирладни; состоял в Голландском, Геттингенском, Триестском химических обществах; являлся почетным членом много численных зарубежных советов высших учебных заведний и т. д. В академиях Парижа Вюрц занимал руководящие должности. В 1871 г. он — президент Медицинской академии, с 1880 г.— вице-президент, а со следующего года президент Парижской академии. Он неоднократно удостаивался многочисленных научных и гражданских наград, премии. Например, Вюрц дважды получил премию Жакера (один раз совместно с Кауром), большую двухгодичную премию Парижской академии, премию Коплея от Лондонского королевского общества (1881), кресты почетного легиона —офицерский, командорский и т. п. Женился Вюрц в 1852 г. Несмотря на исключительную занятость, ученый уделял много внимания своей большой семье; у Вюрца было две дочери и два сына (один из них впоследствии стал медиком, а зять Вюрца, Экснер-де-Конинг, несколько лет работал его препаратом в Сорбонне). В доме также воспитывались четыре осиротевшие племянницы жены Вюрца, урожденной Опперман; у Вюрцев жила и его мать. Дом всегда был полон друзей ученого, сослуживцев и учеников. Но вечерам здесь часто музицировали Вюрц обладал завидным здоровьем и поразительным трудолюбием. Летние месяцы он с семьей проводил в своем деревенском имении: ходил на охоту, удил рыбу, плавал, совершал длительные прогулки. Первые признаки усталости друзья стали замечать в нем зимой 1883/1884 г. Особенно тяжело отразилась на его здоровье смерть старого товарища и друга Дюма. С огромным физическим напряжением он произнес на похоронах Дюма яркую прочувственную речь. Здоровье Вюрца ухудшалось. 27 апреля 1884 г. Во время лекции, которую Вюрц читал с обычным для него воодушевлением, профессору стало плохо, и впервые за 35 лет он был вынужден по болезни прекратить занятия. В понедельник 12 мая 1884 г. члены Парижской академии, собравшиеся для ученых дебатов, с глубоким прискорбием узнали, что в этот день перестало биться сердце одного из наиболее прославленных французских ученых. Со всех концов света в адрес семьи покойного и Парижской академии стали поступать многочисленные соболезнования. Похороны Вюрца вылились в яркую манифестацию всенародной любви и уважения к великому химику. Вюрца похоронили в склепе Опперманов на кладбище Пер-Лашез в отделении, где находится прах Гей-Люссака. В те дни периодическая химическая печать и газеты помещали многочисленные некрологи. Среди статей наиболее яркой, пожалуй, была статья Марселена Бертло, соперника Вюрца в течение трех десятилетий. Бертло говорил, что он лучше чем кто-либо мог "оценить все величие этого человека, всю огромность пробела, произведенного в науке смертью его, и всю горечь утраты, испытываемую Францией" [7]. Многие зарубежные .химические общества посвятили тогда памяти Вюрца специальные заседания. Сообщая 26 мая 1884 г. о кончине великого французского химика Берлинскому химическому обществу, ее президент А. В. Гофман сравнил образцовые и строго последовательные исследования Вюрца с жемчужинами, нанизываемыми на одну нить и образующими драгоценное ожерелье[8].