Основные направления деятельности форума определяются на ежегодных саммитах АТЭС и на совещаниях министров иностранных дел, а также в ходе встреч ряда отраслевых министров, возглавляющих приоритетные для АТЭС направления деятельности (министры финансов, по развитию людских ресурсов, энергетики и некоторые другие). Практическая деятельность форума осуществляется через рабочие группы и некоторые другие подразделения АТЭС.

Главное содержание деловой активности рабочих групп АТЭС состоит в том, чтобы действовать, исходя из решений и документов, принимаемых в ходе саммита стран АТЭС, и намечать основные конкретные направления сотрудничества на ближайшую перспективу. Разработкой таких направлений деятельности рабочих групп занимаются Секретариат АТЭС и руководство рабочей группы; предлагаемые ими рекомендации обсуждаются и утверждаются на пленарных заседаниях рабочих групп в присутствии делегаций всех стран-участниц, обозревателей и гостей.

Каждая из имеющихся в АТЭС десяти рабочих групп рассматривает специфический круг вопросов, интересующих именно ее участников, имеет собственные приоритеты и особенности, хотя и работает в тесном контакте с Секретариатом АТЭС. На заседаниях каждой из рабочих групп рассматриваются конкретные вопросы в тех сферах сотрудничества, которые определены участниками в качестве приоритетных.

Две рабочие группы имеют непосредственное отношение к проблемам эксплуатации человеком морской среды.

Рабочая группа по рыболовству (The Fisheries Working Group). Создана в 1991 году для изучения действующих соглашений по вопросам международного сотрудничества в области рыболовства, определения эффективной роли АТЭС в этих вопросах и сбора информации о деятельности соответствующих национальных и региональных организаций.

Рабочая группа по сохранению морских ресурсов (The Marine Resource Conservation Working Group) создана в 1990 году. Занимается продвижением среди участников АТЭС инициатив, направленных на защиту морской среды и морских ресурсов, выступает за то, чтобы обеспечивать такую эксплуатацию морских ресурсов участниками АТЭС, которая сделала бы выгодной поддержание чистоты акватории моря.

Рабочая группа по региональному энергетическому сотрудничеству (The Regional Energy Cooperation Working Group) создана в 1990 году для сбора и анализа данных об энергетических ресурсах участников АТЭС, выявления факторов, замедляющих поступление инвестиций в сферу энергетики, и для выработки рекомендаций, содействующих привлечению инвестиций.

Рабочая группа по развитию людских ресурсов (The Human Resources Development Working Group) создана в 1990 году. Является самой крупной по численности рабочей группой АТЭС. В ее задачи входит выявление основных тенденций рынка рабочей силы в странах АТЭС, регулирование спроса и предложения рабочей силы в этих странах, подготовки и переподготовки специалистов и эффективного использования людских ресурсов во всех сферах занятости. А со второй половины 90-х годов в ее рамках, по сути, осуществляется координация всей деятельности АТЭС по развитию людских ресурсов, причем в значительной степени учитывается и ситуация в данном вопросе, складывающаяся на всем пространстве АТР.

В составе рабочей группы функционируют пять крупных подгрупп: по проблемам делового менеджмента (Business Management Network), проблемам образования (Education Forum), менеджмента по вопросам экономического развития (Network for Economic Development Management), по подготовке специалистов в вопросах промышленной технологии (Network on Human Resources Development for Industrial Technology) и по сбору информации о рынке труда (Labour Market Information Group).

Рабочая группа по промышленной науке и технологии (The Industrial Science and Technology Working Group) создана в 1990 году для налаживания сотрудничества в вопросах обмена информацией и технологиями, улучшения методики подготовки людских ресурсов в сфере науки и технологий, содействия продвижению совместных региональных проектов в этих сферах.

Рабочая группа по телекоммуникациям (The Telecommunications Working Group) создана в 1990 году для налаживания сотрудничества в сфере телекоммуникаций (обмен информацией, координация действий, проведение консультаций по вопросам развития и стандартов, подготовка проектов либерализации торговли и инвестиций).

Рабочая группа по туризму (The Tourism Working Group) создана в 1991 году. Заседания рабочей группы проводятся дважды в год и в них, помимо представителей АТЭС, как правило, участвуют представители Всемирного совета путешествий и туризма.

Рабочая группа по обзору торгово-инвестиционной статистики (The Trade and Investment Data Review Working Group) создана в 1990 году для того, чтобы обеспечить сравнимость опубликованных участниками АТЭС статистических данных о торговле.

Рабочая группа по содействию торговле (The Trade Promotion Working Group) создана в 1990 году для того, чтобы привлекать представителей частного сектора (главным образом, малые и средние предприятия) к деятельности АТЭС.

Рабочая группа по транспорту (The Transportation Working Group) создана в 1990 году с учетом необходимости обеспечения транспортных перевозок в обширном пространстве АТР.

В рамках рабочих групп и других органов АТЭС рассматриваются текущие вопросы деятельности форума, определяется целесообразность использования всеми участниками форума конкретных проектов и высказываются рекомендации о приоритетном финансировании этих проектов.

Возникновение форума АТЭС было обусловлено желанием стран - основателей содействовать экономическому росту, стимулировать и укреплять торговлю, и повысить жизненный уровень в азиатско-тихоокеанском регионе.

АТЭС работает на основе консультаций и достижения консенсуса. Новая политика, выработанная на встречах АТЭС, выработана добровольно, и большая часть достигнутого АТЭС прогресса обязана тем примерам, который подают друг другу члены АТЭС, а также давлению со стороны членов «своего круга». Основным элементом процесса является открытый обмен информации между членами АТЭС и общественностью, в том числе созданной системой коллективных и индивидуальных планов действий, детализирующих пути достижения определенных Форумом целей каждой из стран. Сохраняя формально консультативный статус, АТЭС фактически превратился в механизм выработки региональных правил ведения торговли и инвестиционной деятельности. С помощью АТЭС страны активно вовлечены в процессы интеграции, создания зон свободной торговли, формулирования принципов ведения бизнеса, которые должны стать общеобязательными для всех стран. Работа ведется в соответствии с Индивидуальными Планами Действий по либерализации торговли и инвестиций (Individual Action Plan), которые подготовлены участниками АТЭС по единой схеме, и которые продолжают постоянно дорабатываться и корректироваться.

АТЭС функционирует как коллективный, многосторонний, экономический и торговый форум. Экономики АТЭС принимают как индивидуальные, так и коллективные действия, направленные на то, чтобы сделать свои рынки доступными и открытыми, а также поддержку экономического роста.