Несмотря на атмосферу эйфории первых месяцев налаживания двусторонних отношений между Турцией и тюркоязычными республиками Центральной Азии, были зарегистрированы случаи, которые не вписывались в общую картину дружбы. Так, в 1992 г. в Кыргызстане был ограблен чрезвычайный и полномочный посол Турции в этой республике Метин Гокер. Имели место также ограбления турецких журналистов. Вскоре Турция должна была с разочарованием констатировать, что и отношения между Азербайджаном и центральноазиатскими республиками далеко не братские. В частности, резко обострились узбеко-азербайджанские отношения, после того как президент Узбекистана Ислам Каримов упразднил "Комитет помощи Карабаху", организованный узбекской оппозицией. Азербайджанский лидер не замедлил осудить не только упразднение вышеупомянутого комитета, но и роспуск узбекской националистической партии "Бирлик", активисты которой позже нашли убежище в Азербайджане. После победы на президентских выборах А. Эльчибей в интервью "Независимой газете" довольно резко отозвался в адрес Каримова, в частности, отметив следующее:

“Каримов подверг репрессиям всех прогрессивных людей в Узбекистане. Он разогнал недавно созданный по инициативе узбекской оппозиции в Ташкенте "Комитет помощи Карабаху", а его членов подверг репрессиям. Кроме того, этот человек настолько утратил чувство меры, что осмелился направить в Азербайджан "коммандос", чтобы арестовать здесь активистов узбекской оппозиции. И такого антидемократического человека пресса не хочет разоблачать. Не потому ли, что Каримов стал игрушкой в руках армянского лобби?!”

На этом фоне интересен тот факт, что пятый съезд узбекской партии "Бирлик" осудил Каримова за подписание Договора о коллективной безопасности СНГ, расценив этот шаг как предательство в отношении Азербайджана.

После турне по тюркоязычным республикам Центральной Азии лидер турецкой Демократической левой партии Бюлент Эджевит в интервью газете "Джумхуриет" на вопрос, в чем заключается причина бездействия центральноазиатских республик в отношении агрессивных шагов Армении против Азербайджана, ответил, что от поездки у него сложилось такое впечатление, что эти республики стараются удалиться от Азербайджана и намерены установить добрососедские отношения с Ираном.

Другой причиной для обострения отношений между государствами Центральной Азии и Азербайджаном было доминирующее положение азербайджанских торговцев на рынках центральноазиатских республик, где очень слабо проявлялись меркантилистические традиции.

В 1994 г. серьезные разногласия проявились и в турецко-узбекских взаимоотношениях. После того, как Анкара предоставила политическое убежище лидеру узбекской оппозиционной партии "Эрк" Мухаммеду Салиху, посол Узбекистана в Анкаре был отозван из Турции. Другим немаловажным фактором в межтюркских разногласиях остаются споры вокруг дальнейшего статуса Каспийского моря и о принадлежности некоторых нефтяных месторождений.

Налицо факт, что возможности Турции для расширения своего политического и экономического влияния в Азербайджане и Центральной Азии в действительности оказались строго ограниченными. Борьба между Астаной и Ташкентом за региональное лидерство, а также нарастающие темпы развития этих государств в перспективе окончательно сводят на нет турецкие планы создания "Пантюркского союза" с лидирующими позициями Анкары.

Еще одним проявлением хрупкости тюркской солидарности в карабахском вопросе стал первый тюркский саммит, прошедший в столице Турции в октябре 1992 г. Несмотря на старания и давление со стороны турецких и азербайджанских представителей, в заключительной декларации саммита карабахский вопрос не упоминался, провалив тем самым чаяния Анкары и Баку. "Тюркским государствам нельзя поддерживать в этом конфликте одну из сторон", заявил президент Казахстана Н. Назарбаев, добавив, что в противном случае ситуация в регионе может ухудшиться. Он не поддержал также идею применения экономического эмбарго против Армении. Президент Азербайджана А. Эльчибей довольно неубедительно прокомментировал причины этих отказов, ссылаясь на то, что в случае принятия резолюции по карабахскому вопросу участников саммита могли обвинить в том, что они выступали единым фронтом против Армении, которая является христианской страной. Но в действительности не вызывает сомнений тот факт, что лидеры центральноазиатских республик не желали быть втянутыми в межгосударственный конфликт и нарушить взятые на себя обязательства в рамках СНГ, одним из членов которого является Армения. Подписанный в мае 1992 г. Договор о коллективной безопасности тоже сыграл свою важную роль, хотя статья, предусматривающая применение военной силы интерпретируется двояко, в частности, в контексте карабахского конфликта. Согласно договору, в случае войны с Азербайджаном, который к этому моменту не являлся членом СНГ, Армения могла рассчитывать на военную помощь России, Казахстана, Кыргызстана, Таджикистана и Узбекистана. Однако президент Узбекистана И. Каримов в интервью турецкой газете "Türkiye", призывая турецкую сторону не вступать в конфликт, в то же время отметил, что "проблему должны решать они сами. Введение сил СНГ не принесет много пользы. Эта проблема должна быть решена в рамках ООН. Некоторые страны хотят вовлекаться в конфликт, но вмешательство третьей стороны приведет к большой трагедии. Мы, как мусульмане и тюрки, заодно с нашими тюркскими братьями, но на данный момент мы должны держатся подальше…".

Провал попыток реализовать турецкие планы на анкарском саммите, а также неспособность Турции поддержать лояльную в отношении Анкары власть президента А. Эльчибея в Азербайджане ознаменовали перелом во взаимоотношениях Турции и тюркоязычных республик бывшего СССР и начало более реалистичного подхода в установлении двусторонних политико-экономических связей. Очевидным стал тот факт, что экономические и коммуникационные связи этих республик с Россией намного сильней и значимей, нежели этнические и культурно-исторические связи с Турцией. С другой стороны, сама идея пантюркского союза встретила решительный отпор со стороны лидеров центральноазиатских республик. Более того, в определенных политических и общественных кругах Азербайджана тоже реально осознавали опасность и неприемлемость пантюркистских идей, которые, по словам Э. Гасановой, ожидает та же участь, что и планы Гитлера. Вместе с тем взаимные визиты лидера Партии национального движения и главного идейного вдохновителя пантюркизма в Турции Алпарслана Тюркеша и его сторонника в Азербайджане Э. Мамедова не получили однозначных оценок в Баку.

Во время первого тюркского саммита в Анкаре участники решили вновь встретиться в Баку осенью 1993 года. Однако Москва всячески старалась помешать проведению такого саммита в столице Азербайджана. В декабре 1993 года, во время очередного саммита глав государств СНГ в Ашхабаде, президент РФ Б. Ельцин высказался против идеи проведения второго тюркского саммита в Баку, оказав при этом определенное давление на президента Узбекистана И. Каримова. Нет сомнений, что организация такой встречи в Баку серьезно отразилась бы на взаимоотношениях между Арменией и центральноазиатскими республиками. В свою очередь, официальные круги в Баку, стараясь завуалировать свои планы, указывали на тот факт, что главы этих государств до этого побывали в столице Азербайджана. Кроме указанных выше факторов угроза срыва бакинского саммита была обусловлена еще одним, не второстепенным обстоятельством. Речь идет о вербовке афганских моджахедов со стороны официальных азербайджанских властей для участия в боевых действиях на карабахских фронтах. Этот факт не мог не отразиться на взаимоотношениях между Азербайджаном и республиками Центральной Азии, которые опасались дальнейшего распространения исламского радикализма и роста религиозного экстремизма в регионе.