На форуме присутствовали представители около 40 государств (на день открытия было зарегистрировано прибытие делегаций из 23 стран), главы иностранных дипломатических миссий, аккредитованные в Судане, а также руководители зарубежных партий и организаций, включая сирийскую БААС, ООП и др. Кроме того, приглашения были направлены главам всех суданских зарегистрированных партий, представители которых также присутствовали на этом форуме. Следует отметить, что НКС первым из политических партий созвал свой съезд после процедуры регистрации. Его проведению предшествовало более 600 районных партийных конференций, более 150 партконференций в провинциях, 26 – в штатах. Каждый штат был представлен на форуме 300 делегатами. Генеральный секретарь НКС Хасан ат-Тураби лично присутствовал на всех конференциях в штатах.

Проведение октябрьского съезда НКС осуществлялось на основе «Положения о составе, организации работы и деятельности политических органов Национального конгресса 1998 г.», принятого в соответствии с частью VI Устава НКС на 3-м пленуме Консультативного комитета («Хейат аш-шура», фактически аналог ЦК) НКС 29 июня 1998 г. Направление делегатов на октябрьский (1999 г.) общесуданский съезд НКС проводилось в соответствии с пропорциями, установленными в указанном «Положении» для членов партии и обычных граждан в соответствии с принципом «справедливой доли». Эти квоты должны были обеспечить равное участие членов партии, сочувствующих и иных граждан в обсуждении наиболее важных вопросов внешней и внутренней политики.

Созыв съезда ознаменовал завершение очередного этапа проводившейся в последние годы Хасаном ат-Тураби политики по созданию новой демократической партийно-политической системы Судана, которая предусматривала переход к принципам «прямой народной демократии». Однако сам НКС в период подготовки к своему съезду не избежал фракционной борьбы. Главным пунктом противоречий стал вопрос о власти в партии и соотношении руководящей роли НКС с полномочиями директивных органов страны. В начале 1999 г. оформилась группировка, получившая название по распространенному ею в январе 1999 г. заявлению – «Меморандум десяти». В нее вошел ряд высокопоставленных функционеров НКС и общественно-политических деятелей страны, в том числе Бахауддин Ханафи (директор Центра стратегических исследований), Нафи Али Нафи (бывший глава суданской службы безопасности), Ибрагим Ахмед Омар (член руководства НКС), Сейид аль-Хатыб (бывший секретарь генсека НКС), Бакр Хасан Салех (советник президента) и др. В своем заявлении члены указанной группировки высказались за то, чтобы президент страны возглавил высшую исполнительную (а не только административную) власть в стране и в партии.

Подготовка к съезду НКС велась в условиях дальнейшего обострения политической борьбы в стране. Это было вызвано тем, что суданские политические партии, активно участвующие в избирательных кампаниях различного уровня, использовали весь арсенал средств и методов предвыборной агитации. Роль традиционных религиозных лидеров – руководителей суфийских орденов за последнее время несколько ослабла, хотя они сохранили свое мощное влияние в сельских районах. Руководству НКС удалось внести раскол в ряд влиятельных традиционных партий Судана, возникших еще в 40-х годах XX в. и доминировавших в национальных правительствах в периоды «демократизации» политической жизни. В частности, на съезде присутствовали представители официально зарегистрированной партии «Аль-Умма» во главе с Ан-Нур Джадином и отколовшейся от Юнионистско-демократической партии фракции во главе с шерифом тариката Аль-Хиндийя Зин аль-Абдин аль-Хинди. В то же время лидер оппозиционной партии «Аль-Умма» Ас-Садык аль-Махди направил открытое письмо съезду НКС, в котором выразил свое несогласие с позицией, занимаемой руководством Конгресса по наиболее важным проблемам страны, в том числе по проблеме Юга Судана. Особое негодование аль-Махди вызвало заявление руководства НКС о возможном предоставлении независимости вплоть до отделения трем южным провинциям.

Накануне съезда в прессе была развернута дискуссия по вопросам выработки генеральной линии НКС в сфере политики, экономики, международных отношений, местного самоуправления и установления мира на Юге страны. Особое место в дебатах занимала проблема демократизации политической жизни. Выступивший по этому вопросу министр информации и культуры Амин Хасан Омар (член руководства НКС) заявил, что «главной проблемой, с которой сталкивается демократия в Судане, является слабость демократической культуры внутри самих политических партий, их неспособность к дисциплине в рамках партийной демократии». Острая борьба на съезде между представителями различных политических группировок развернулась вокруг вопроса о партийном строительстве и перспективах применения Закона о политических объединениях 1998 г. В частности, Амин Хасан Омар отметил, что этот закон не является чем-то новым в мировой или суданской политической практике. Указывая на действие аналогичных законодательных актов во многих государствах, он отметил схожесть предъявляемых к деятельности политических объединений условий: обязательность национальной принадлежности партий, отсутствие организационной связи с зарубежными филиалами иностранных партий, отказ от финансирования из-за рубежа, неприменение метода насилия или незаконной вооруженной деятельности, а также избранность руководства снизу демократическим путем. По словам А.X. Омара, оппозиционный Национальный демократический альянс (Ат-Таджаммуа аль-ватаний ад-димукратый) со своей стороны подготовил проект закона о политических партиях, который учитывает перечисленные условия, но добавляет к ним запрещение создания партий на религиозной основе. В этой связи министр информации и культуры отметил, что положенное в основу Закона понятие «политической принадлежности» – существенно и предполагает создание партий именно на основе политических отношений между их членами, а не лояльности к традиционным лидерам или религиозным общинам. Глава официально зарегистрированной партии «Аль-Умма» Ан-Нур Джадин в этой связи заявил, что «успех зарегистрированных партий означает успех нового опыта, поскольку этот опыт преодолевает пороки всех других исторических национальных партий, возникших до независимости».

В дискуссии по проблеме политических партий в Судане приняли участие представители суданской науки. В частности, политолог Исмаил Хадж Муса (член НКС) отметил, что «нынешний эксперимент введения многопартийности является четвертым по счету в истории Судана, а создававшиеся в ходе первых трех попыток объединения не отвечали научному определению «политическая партия»». Главным недостатком создаваемых сегодня в Судане политических организаций он считает отсутствие четкости в определении членства в партии и призывает их к большей поляризации. Принявший участие в продолженных на съезде дебатах заместитель генерального секретаря сирийской Партии арабского социалистического возрождения Абдалла аль-Ахмар поддержал руководство Судана, констатировав, что «оно оставляет открытой дверь для диалога со всеми другими оппозиционными силами». Со своей стороны, глава провинции Омдурман, член руководства НКС Мухаммед Мохи ад-Дин аль-Джамиаби критиковал поддержку, которой суданская оппозиция пользуется из-за рубежа со стороны сил, осуществляющих вмешательство во внутренние дела Судана. В этой связи он выступил за существование «сильной, но патриотически-настроенной оппозиции». При этом губернатор Омдурмана предложил активизировать движение в пользу национального консенсуса, чтобы оказать влияние на Ас-Садыка аль-Махди и Дж. Гаранга. Дискуссия по указанным вопросам была продолжена в выступлениях делегатов и кулуарах съезда.