Однако, такой «местный» подход к решению насущных проблем не позволял «концентрировать научные силы Академии на решение наиболее кардинальных вопросов общегосударственного характера».[24] В связи с этим обсуждение доклада академика А.Е. Ферсмана об итогах экспедиционной деятельности АН на общем собрании 30 октября 1929 г. показало, что замена экспедиционных исследований стационарными научными учреждениями, связанными с Академией наук, стала насущной необходимостью.

Тенденция к огосударствлению Академию наук в указанный период проявилась в том, что правительство пошло ей навстречу в вопросе об организации в СССР широкой сети исследовательских центров.

В этом направлении важным явилось открытие в январе 1929 г. Академии наук Белорусской СССР. В состав новой АН вошли известные ученые от АН СССР – А. Каргинский, С.Ф. Ольденбург, Н.Я. Марр, М.Н. Покровский.

До образования АН БССР в стране была лишь одна союзно-республиканская АН, открытая на Украине в 1919 г. и превратившаяся впоследствии в одну из ведущих академий страны с разветвленной сетью научных учреждений, с мощной научно-технической базой, с высококвалифицированными кадрами.

Всесоюзная Академия начала работать в контакте с союзно-республиканскими научными учреждениями. 3 марта 1930 г. между тремя академиями был подписан договор о социалистическом соревновании, по которому все академии наук взяли на себя обязательство «установить связь академических учреждений с работой практических учреждений. Организовать научную консультацию и специальные научные исследования по заданиям промышленности и сельского хозяйства. Развернуть работу по линии шефства над промышленными или сельскохозяйственными районами республик».[25]

Республиканские, краевые и областные органы власти и сами обращались в Академию с просьбами об организации у них научных учреждений. Так, в 1931 г. в Академию наук обратились Постоянное представительство Таджикской ССР при Совнаркоме СССР, Дальневосточный крайсполком и Уральский облисполком. Для выяснения необходимости организации научных учреждений АН направила представителей в Казахстан, Среднюю Азию и т.д. 23 мая 1931 г. Президиум АН рассмотрел вопрос об организации научных учреждений на местах и признал нужным приступить к организации сети баз и станций АН. План их создания было поручено выработать Комиссии, включавшей в свой состав академиков В.Л. Комарова, И.М. Губкина, А.Е. Ферсмана. Организациейместных научных учреждений АН занимались и выездные сессии, которые были проведены в 1931/32 гг. Первая чрезвычайная выездная сессия АН 13 мая 1931 г. Президиумом АН СССР было удовлетворено ходатайство об учреждении научного центра на Дальнем Востоке. Для решения научных и организационных вопросов, связанных с открытием научного комплекса на Дальнем Востоке, туда выезжал академик В. Л. Комаров. Новое научное учреждение решено было организовать на базе краевого научно-исследовательского института во Владивостоке. Председателем Президиума стал академик В.Л. Комаров.

Основой формирования научного центра АН в Закавказье стал существовавший там институт кавказоведения, которым руководил академик Н.Я. Марр. 20 ноября 1931 г. Президиум АН СССР принял решение о развертывании в составе этого института секторов по естественным наукам.

В организации научного центра АН СССР на Урале значительную роль сыграла чрезвычайная выездная сессия АН. Она была посвящена крупной народнохозяйственной проблеме – созданию Урало-Кузнецкого комбината.

Менее подготовленными для организации постоянных региональных научных учреждений были Казахстан и Средняя Азия, сильно отставшие в культурном и экономическом отношениях и не имевшие своих научных кадров. 25 февраля 1932 г. признал необходимым организацию в Казахстане базы Академии. Эта база была открыта в 1932 г. в Алма-Ате. Ее руководителем стал академик А.Н. Самойлович.

В ходе перестройки деятельности АН претерпела изменения и ее структура. В 1928 г. АН имела в своем составе институты: Физико-математический им. В.А. Стеклова, Сейсмологический, Химический, Почвенный им. В.В. Докучаева, Физиологический, Яфетический, Кавказский историко-археологический и Институт буддистской культуры.

В Академии наук схранилось довольно большое количество музеев, проводивших значительно научно-исследовательскую работу (Геологический, Минералогический, Ботанический, Зоологический музеи, Музей палеографии, а также Музей антропологии и этнографии. Соединял музейную и исследовательскую работу в области русской литературы Пушкинский дом). Работы по исследованию производительных сил страны осуществляла Комиссия по изучению естественных производительных сил (КЕПС). Кроме нее работали Полярная комиссия, Комиссия по изучению озера Байкал и др. Лабораторий было всего три – Биохимии и физиологии растений, Экспериментальной зоологии и морфологии и Биохимическая.

В 1930 г. в составе учреждений АН произошли значительные изменения. Многие родственные по тематике исследований учреждения были укрупнены: из четырех востоковедческих учреждений (Азиатского музея, Института буддийской культуры, Туркологического кабинета и Коллегии востоковедов; Пушкинский дом, Толстовский музей и Комиссия по изданию сочинений Пушкина были объединены в Институт новой русской литературы. Были соединены и некоторые комиссии (например, Комиссия по изучению памятников древнерусской литературы и Комиссия по составлению толковой библиографии по древнерусской литературе. Затем эта комиссия была присоединена к Институту новой русской литературы, и он стал называться Институтом русской литературы. Яфетический институт и Комиссия по изучению русского языка были объединены в один Институт языка и мышления.

В связи с реорганизацией в 193 г. комиссия по изучению естественных производительных сил в Совет по изучению производительных сил были образованы новые институты – Геохимический, Энергетический, Геоморфологический и др. Были созданы Петрографический институт и Институт по изучению народов СССР. Значительно увеличилось количество лабораторий: образовались Лаборатория генетики, Эволюционной морфологии, Прикладной зоологии, Цитологии, а в 1931 г. к ним присоединилась вновь созданная Лаборатория биохимии и физиологии животных.[26]

В то же время шел процесс разукрупнения научных учреждений. В 1930 г. Геологический музей распался на три института – Геологический, Петрографический, Палеозоологический. Вместо Минералогического музея стал действовать Минералогический институт, который затем в 1932 г. был соединен с Геохимическим институтом и стал называться Институтом геохимии, минералогии и кристаллографии.[27]

Выросшая сеть академических учреждений для координации действий объединялась в ассоциации, идея которых родилась в среде геологических учреждений, когда они в 1930 г. образовали геологическую ассоциацию, в которую Геологический, Петрографический, Палеозоологический, Минералогический, Геохимический и Почвенный институты.

Биологические учреждения объединялись в 3 ассоциации. Были образованы также Физико-математическая, Химическая, Геохимическая и Географическая ассоциация.