«Исламский джихад» широко использовал мечети для осуществления пропагандистской работы. Хатыбы призывали молящихся к выступлениям против оккупантов. Пятничные проповеди, а также проповеди во время двух исламских праздников, на которые собирались тысячи верующих, выливались в политические демонстрации, сопровождавшиеся столкновениями с израильскими воинскими подразделениями.

Первой операцией боевиков «Исламского джихада» было убийство учащегося иудейской школы в Халиле в августе 1983 г. Сразу после этого израильские власти поместили под домашний арест лидеров движения Фатхи аш-Шакаки, Мухаммада Джувда, Рамадана Шаллаха и Абд аль-Азиза Оду. Позже аш-Шакаки был арестован и заключен в тюрьму. Одновременно с ним в тюрьмах оказались и 25 членов организации. 18 мая 1987 г. из израильской тюрьмы бежали 6 членов «Исламского джихада», в том числе шейх Мисбах ас-Сувари. Эта группа совершила ряд вооруженных нападений на израильские объекты в секторе Газа. С «Исламским джихадом» связывают несколько громких операций, в частности в Иерусалиме до начала интифады. Не случайно газета «Файнэншл таймс» (9.11.1987) отмечала, что это движение – новая угроза Израилю. Вне всяких сомнений, деятельность «Исламского джихада», в том числе его боевые операции, была одним из факторов обострения ситуации в секторе Газа и на Западном берегу р. Иордан, что, в конечном счете, вылилось в широкое восстание, получившее название интифада, на первых этапах развития которой движение играло заметную роль.

Однако уже с 1989 г. «Исламский джихад» становится менее заметным на общем фоне активности других палестинских организаций, особенно ХАМАС. Это объясняется как недостатками в его организационной структуре, так и ударами, которые были нанесены по нему израильскими органами безопасности (физическое уничтожение членов движения, аресты, а также высылка из страны многих его лидеров и активистов). Так, 17 ноября 1987 г. был выслан шейх Абд аль-Азиз Ода, в апреле 1988 г. Фатхи аш-Шакаки. За пределами Палестины (в основном в Сирии) находились Рамадан Абдаллах Шаллах, Ахмад Садык и некоторые другие видные члены движения. В феврале 1988 г. на Кипре была взорвана автомашина, в которой находились три руководителя военного крыла ФАТХ «Полки исламского джихада» (Сарайа аль-джихад аль-ислами), сотрудничавшего с «Исламским джихадом»: Мухамамад Басим ат-Тамими (Хамди), Марван Ибрахим аль-Кайали и Мухаммад Бахис. В 1989 г. в перестрелке в секторе Газа был убит шейх Мисбах ас-Сувари. Позже погибли и все члены его боевой группы.

К тому же в движении «Исламский джихад», которое практически никогда не имело строгой организационной структуры, появились признаки раскола. Так, в 1990 г. из него вышел один из активных членов – Ахмад Михна. Когда израильские власти выслали его из Палестины, он создал организацию под названием «Хизбалла/Филастын» Генеральным секретарем новой организации стал другой высланный из Палестины член «Исламского джихада» – Сейид Барака. Если верить Тайсиру Джаббару, автору работы «Роль исламских движений в благословенной интифаде», то к 1992 г., движение «Исламский джихад» в Палестине представляло собой разрозненные группы, между которыми не было согласия в том, что касается методов борьбы и позиций по конкретным вопросам [3].

Начало Мадридского процесса и прекращение интифады поставили «Исламский джихад» в совершенно новые условия, что побудило его лидеров заняться организационными проблемами. В 1992 г. в одной из арабских стран состоялся первый съезд движения, на котором были приняты устав и программа, а также избраны его руководящие органы. В уставе говорится, что Общий съезд – высший орган, который вырабатывает стратегию деятельности движения. Участники съезда избираются от всех ячеек движения. Общий Консультативный совет (Маджлис аш-шура аль-амм) – исполнительный орган, его решения обязательны для всех членов организации. Он состоит из 15 членов, представляющих движение, как на оккупированных территориях, так и за их пределами. Общий Консультативный совет избирает Генерального секретаря «Исламского джихада», который является высшим должностным лицом и официальным его представителем. На местах создаются местные консультативные советы, которым подчиняются первичные организации (секции и комитеты). При этом лидеры «Исламского джихада» отказались от того, чтобы преобразовывать движение в политическую партию, заявив, что в условиях израильской оккупации это не имеет смысла, кроме того, движение «Исламский джихад» не желает создавать впечатление, что его можно поглотить политически [4].

Принятые меры, однако, не усилили сплоченность рядов движения. В 1993 г. из организации вышел Салих Абд аль-Аль, который совместно с Мухаммадом Абу Самрой и шейхом Абд аль-Азизом Одой создал новую организацию – «Движение Исламский джихад в Палестине – Организационное бюро» (Харакат аль-Джихад аль-ислами фи филастын аль-мактаб аль-та сиси), которая, впрочем, довольно скоро прекратила свое существование, практически никак себя не проявив.

В марте 1993 г. стало известно, что за сотрудничество с Ясиром Арафатом из «Исламского джихада» был исключен Мухаммад Абу Самр. Другой член движения – Салих Абд аль-Аль – создал свою партию, пошел на сотрудничество с ПНА и был назначен на одну из должностей в министерстве снабжения. В 1994 г. движение заявило о том, что оно порывает всякие связи также с шейхом Абд аль-Азизом Одой – одним из основателей «Исламского джихада», обвинив его в сотрудничестве с ПНА.

Тем не менее «Исламский джихад» продолжал напоминать о себе вооруженными акциями против израильтян. Считается, что после заключения Соглашений в Осло и вплоть до 1995 г. эта организация осуществила 185 боевых операций, в том числе внутри Израиля. В 1995 г. в результате 7 операций подрывников-смертников, ответственность за которые взял на себя «Исламский джихад», погибли 30 человек, и 239 было ранено. После этого израильтяне нанесли по движению сокрушительные удары. 26 октября 1995 г. на Мальте, как считают палестинцы, агенты Мосад ликвидировали генерального секретаря «Исламского джихада» Фатхи аш-Шакаки. По требованию Израиля власти ПНА арестовали многих членов движения, закрыли его информационные бюро, запретили деятельность активистов «Исламского джихада» в мечетях и т.д.

По словам Фатхи аш-Шакаки, создателя, духовного лидера и первого генерального секретаря движения «Исламский джихад», основы идеологии этого движения сформировались во второй половине 70-х годов, когда молодые палестинцы, обучавшиеся в Египте, пришли к выводу, что одной из слабостей Палестинского движения сопротивления является отсутствие в нем исламской составляющей. Новое движение было первой после 1948 г. попыткой вновь соединить религию, политику и патриотизм в борьбе палестинцев [5].

Сам Фатхи аш-Шакаки (он родился в лагере палестинских беженцев Рафах в 1951 г.) в школьные годы преклонялся перед Насером, но уже в 1968 г. стал членом Ассоциации «Братья-мусульмане» (АБМ). Его политические взгляды сформировались под заметным влиянием книги одного из идеологов радикального исламизма Сейида Кутба «Вехи на пути», а также книги «Сокровенная обязанность» Мухаммеда Абд ас-Саляма Фараджа – одного из основателей движения «Джихад» в Египте. Не остался без внимания и опыт ваххабизма в Саудовской Аравии.