Термин «ложная линия» введен Н. А. Кравченко. Такая линия формируется в тех случаях, если в стаде нет очень ценных производителей, но имеются выдающиеся матки. При этом последовательным спариванием в нескольких поколениях ценных маток со случайными производителями закрепляется наследственность не производителей, а маток, под влиянием которой и создаются особенности этой группы животных.

Метод разведения по линиям предусматривает создание, ведение и использование именно заводских линий.

Основная цель разведения по линиям — сохранение наследственно обусловленных качеств родоначальника, обогащение линии новыми специфическими свойствами, перспективными для использования в селекционном процессе. Особая ценность линейных животных заключается в их способности передавать ту специфическую для данной линии генетическую информацию, которая обусловливает проявление в потомстве уникальных качеств и свойств, характерных для животных этой линии.

Организация разведения по линиям может быть условно разделена на три основных этапа: закладка линии; ведение линии; осуществление межлинейных кроссов.

I. Закладка линии всегда начинается с выбора родоначальника, так называемого быка-лидера, чьи племенные качества необходимо закрепить в потомстве. Новая линия может быть заложена как в самом начале создания породы, так и в процессе ее совершенствования. И в том и в другом случае должен быть выявлен или путем определенной комбинации подбора и отбора получен родоначальник линии, который не только сам обладал бы комплексом желательных качеств, но и устойчиво передавал их потомству. Такое свойство животных в отечественной зоотехнической литературе получило название препотентности.

II. На втором этапе, когда родоначальник линии уже определен, основная задача селекционера — сохранить и закрепить в потомстве племенные качества этого родоначальника. Для этого к нему подбирают маток, сходных, по проявлению тех признаков, которые специфичны для создаваемой линии. Зачастую на этом этапе селекционного процесса для спариваний с родоначальником отбирают родственных ему маток (дочерей, внучек, сестер, полусестер и др.) для консолидации в потомстве наследственных особенностей, характерных для создаваемой линии. Родственные спаривания (инбридинг) обязательно должны сопровождаться интенсивнейшей браковкой потомства, поскольку такой вид спариваний зачастую приводит к проявлению инбредной депрессии, выражающейся в появлении уродств, пониженной жизнеспособности, ухудшении воспроизводительной способности и других негативных последствий в дочерней генерации.

В дальнейшем для консолидации наследственной основы линию ведут, главным образом используя гомогенный (однородный, то есть с приблизительно одинаковым проявлением желательных признаков у обеих родительских форм) подбор, допуская инбридинг лишь в отдаленных и умеренных степенях. В связи с этим для эффективного ведения линии огромное значение имеет подбор к продолжателям линий маток для спаривания. Они должны обладать существенными преимуществами над сверстницами по специфическим качествам, в направлении которых совершенствуют линию. Кроме этого они могут нести и другие ценные качества, тем самым дополняя и обогащая линию новыми свойствами и характеристиками. Это дает возможность получать потомство еще более ценное, чем родоначальник линии, что, в свою очередь, должно способствовать общему прогрессу линии в отношении совершенствования уже целой породы.

Считается, что при ведении линии следует стремиться к поддержанию однородности животных, входящих в ее состав. Это означает, что в рамках породы линии должны быть специфичны по выраженности хозяйственно полезных признаков, то есть при хороших и даже в ряде случаев посредственных показателях одних признаков линия должна нести в себе генетическую основу для существенного преимущества потомков по другим качествам. Например, в молочном скотоводстве одна линия может быть специализирована по обильномолочности, вторая — по жирно- и белковомолочности, третья — по крепости конституции, четвертая — по технологическим свойствам вымени и так далее. Чем больше будут выражены в линии ее направленность и преимущество перед другими животными породы, тем устойчивее, консолидированнее и ценнее в племенном отношении будет линия.

В пределах селекционируемой породы между линиями при их высоком уровне специализации должны существовать различия, Обеспечивающие большую пластичность породы при ее дальнейшем совершенствовании.

Преимущество животных, принадлежащих к конкретной линии, по специфическим хозяйственно полезным признакам достигается за счет систём отбора и подбора, направленных на удержание и развитие этих данных качеств линии на протяжении многих генераций.

Каждый из продолжателей линий, имеющих общее генетическое сходство с родоначальником, должен обладать и индивидуальными особенностями, отличающими его от родоначальника и от других его потомков. Подбор к продолжателю линии маток, также отличающихся своими индивидуальными особенностями, ведет к получению потомства, которое по своим качествам отличается от потомства других продолжателей линий. Кроме того, на определенных этапах совершенствования линии в ней выделяются ведущие производители, которые становятся родоначальниками ветвей линий. В дальнейшем ветви линий разводят изолированно и в результате образуются самостоятельные структурные единицы этих линий.

По мнению приверженцев линейного разведения, в скотоводстве для успешной работы в породе по ее совершенствованию должно быть не менее 10—15 линий, а в широко распространенных популяциях — еще больше.

III. Наряду с созданием генетической дифференциации породы многолинейная ее структура может быть использована для организации системы подборов, позволяющих с определенной степенью надежности избежать близкородственных спариваний. Такая система получила название ротации, или кроссов линий.

Кроссы линий — система спариваний животных, принадлежащих к разным линиям. При осуществлении межлинейных кроссов полнее используются ресурсы, имеющиеся в породе. Считают, что ценные качества одной линии, дополняя качества другой, обогащают в своем сочетании наследственность потомства, получаемого при межлинейных кроссах. Помимо того, межлинейные кроссы способствуют быстрому повышению продуктивности и улучшению других хозяйственно полезных признаков животных. Они имеют и формообразующее значение, давая начало новым ценным линиям. В связи с этим возникает вопрос: сколь долго должна существовать линия, чтобы сохранять все те полезные свойства, которые планировались при ее закладке? В середине 80-х годов прошлого столетия по этому вопросу была развернута широкая дискуссия. Ряд ученых и селекционеров-практиков доказывали, что наиболее эффективна система ведения «коротких линий», содержащих не более 5—7 генераций производителей, после чего линия должна трансформироваться в новую структурную единицу с новым родоначальником. Другие специалисты доказывали, что полезные качества линий могут сохраняться в 10 поколениях животных и более. До сих пор однозначного ответа на этот вопрос современная зоотехническая наука не дает. И действительно, любой массив животных (в том числе и линия) может прогрессировать в том или ином направлении практически бесконечно долго при условии тщательно организованной системы селекции. По сути дела, линия только тогда теряет свое значение, когда в какой-либо генерации не выявлено быков - улучшателей, то есть линия становится неконкурентоспособной. А это может произойти на любом этапе ее совершенствования.