Если же недостатки определяются полигенно (то есть многими генами), то нельзя рассчитывать на гарантированный результат, не установив предварительно препотентность (способность стойко передавать характерные признаки) родителей по нужным признакам. Выполнить все эти рекомендации в реальных условиях не так-то просто, поэтому в компенсирующем подборе всегда имеется доля риска. Все результаты такого подбора следует тщательно учитывать, с тем, чтобы установить характер наследования характеризующих заводчика признаков экстерьера или особенности их передачи потомству у каждого конкретного производителя. На основании полученных таким образом данных можно осуществлять улучшающий подбор.

В этом случае один из производителей - обычно самец обладает отличными экстерьерными характеристиками и отличается высокой препотентностью по большинству из них. В этом случае самка может быть значительно ниже по качеству. То, что улучшителем оказывается именно самец, имеет весьма условное генетическое толкование. Действительно, у самцов обычно более резко выражены породные характеристики, но основополагающей причиной все же являются их воспроизводительные способности, то есть возможное количество потомства. Что же касается препотентности, она может быть равно высокой и у самцов, и у самок.

Какие бы типы подбора пар мы не рассматривали, почти в любом случае возникает проблема однотипности производителей. Разумеется, и более однотипными, и более генетически однородными должны быть родственные между собой особи. Поэтому одним из типичных методов подбора является подбор по родословным. При таком подборе в первую очередь обращают внимание на то, есть ли перекрывания в родословных предполагаемых родителей, и если есть, то какое было качество общих предков. Конечно, это имеет смысл в том случае, когда эти общие предки знакомы заводчику. Желательно, чтобы тип этих животных совпадал с типом их потомков - будущих партнеров по разведению, а, кроме того, за общими предками не числилось носительства вредных мутаций.

Такой подбор по родословным, осуществлявшийся вне системы разведения, довольно долго может работать на улучшение породного типа, особенно в условиях небольшой популяции, даже "зараженной" вредными мутациями, если характеристики особи хорошо изучены.

Разведение сельскохозяйственных животных, наука о размножении с.-х. животных и улучшении их наследственных качеств, совершенствовании существующих и выведении новых пород и высокопродуктивных пользовательных стад - это раздел зоотехнии. Разведение сельскохозяйственных животных разрабатывает теоретические основы и практические приёмы племенной работы в животноводстве, главными элементами которой являются отбор лучших животных, основанный на оценке их (а также их предков и потомства) по комплексу признаков (конституции, экстерьеру, продуктивности и др.), обоснованный подбор родительских пар и правильное (в оптимальных условиях кормления и содержания) выращивание молодняка. При разведении сельскохозяйственных животных человек имеет дело не только с отдельными животными, но и с целостными, упорядоченными племенными работой группами — породами животных, стадами, зональными типами. Поэтому в задачу разведения сельскохозяйственных животных входит разработка приёмов управления эволюцией пород на основе глубокого познания биологии животных, в частности генетических процессов, свойственных целым породам и популяциям (стадам).

Зарождение учения о разведение сельскохозяйственных животных относится к глубокой древности. С периода первобытнообщинного строя, когда впервые были приручены или одомашнены дикие предки многих современных домашних животных, человек постепенно изменял и совершенствовал их в разных направлениях. Методы улучшения домашних животных были известны с давних пор и передавались в виде практических советов из поколения в поколение. Многие ценные рекомендации, выработанные тысячелетия назад, донесла до нас античная и средневековая литература. Так, в трудах римского учёного и писателя Варрона (2—1 вв. до н. э.) имеется рекомендация об отборе на племя животных на основе оценки их по происхождению, внешнему виду и качеству потомства. У древнегреческого писателя и историка Ксенофонта и древнегреческого врача Гиппократа (5 в. до н. э.) встречается упоминание о конституции животных. В средние века начало складываться близкое к современному понятие породы. В 18 в. в связи с интенсивным развитием племенного животноводства был создан и получил широкое распространение основной метод разведения животных — чистопородное разведение. Французский учёный 18 в Ж. Л. Бюффон разработал теорию скрещивания, близкую к современной. Большое влияние на теоретические основы Разведение сельскохозяйственных животных оказало эволюционное учение Ч. Дарвина («Происхождение видов», 1859), вскрывшее огромную роль искусственного отбора в создании и эволюции пород. Во 2-й половине 19 в. в ряде сочинений по Разведение сельскохозяйственных животных авторы (немецкие учёные Г. Натузиус, Г. Зеттегаст и др.) основывают свои исследования на эволюционном учении Дарвина.

Во 2-й половине 19 — начале 20 вв. в России появляются зоотехнические работы рус. учёных, заложивших основы современной теории и практики разведения сельскохозяйственных животных Так, Н.П. Чирвинским вскрыты основные закономерности роста и развития с.-х. животных (см. Онтогенез). П.Н. Кулешовым разработано учение о конституции с.-х. животных, приёмы отбора и подбора. Труды Е.А. Богданова посвящены дальнейшей разработке учения о конституции, вопросам подбора, разведения чистопородных животных по линиям, а также происхождения и одомашнивания животных. М.И. Придорогин многое сделал в изучении вопросов экстерьера животных. М.Ф. Иванов разработал современные приёмы племенной работы и создал методику выведения пород, позволившую в короткие сроки значительно улучшить существующие и вывести около 60 новых высокопродуктивных пород разных видов с.-х. животных в России.

На протяжении 20 в. основы Разведение сельскохозяйственных животных развиваются в работах учёных многих стран. В России— это труды Е.Ф. Лискуна по экстерьеру и конституции животных, вопросам племенного дела и повышения продуктивности молочного и мясного скота; Д.А. Кисловского — по онтогенезу, филогенезу, эволюции домашних животных, проблемам инбридинга; Н.А. Юрасова — по вопросам инбридинга и разведения по линиям; В.О. Витта — по теории и практике коннозаводства, и многих др. За рубежом важные работы выполнены швейцарским учёным У. Дюрстом по основам разведения крупного рогатого скота; английским учёным Дж. Хаммондом — по росту и развитию с.-х. животных, биологии размножения, лактации и др.; американскими учёными Е. Давенпортом — по основам племенного разведения, С. Райтом, Дж. Лашем и В. Райсом — по генетике (главным образом популяционной) животных.

Современное Разведение сельскохозяйственных животных располагает богатым теоретическим материалом и эффективными методами, позволяющими вести животноводство на современном научном уровне. Важнейшие методы Разведение сельскохозяйственных животных — чистопородное разведение, скрещивание и гибридизация при тщательном отборе и подборе пар (см. Отбор в животноводстве, подбор в животноводстве, бонитировка сельскохозяйственных животных). В результате применения методов разведения и специализации животных в определённых направлениях созданы разнообразные высокопродуктивные породы. Ценные качества пород, их наследственная устойчивость совершенствуются высшими формами племенной работы — разведением по линиям и семействам. Развивается учение о породе в животноводстве. Создана классификация пород, изучаются их структура и факторы, влияющие на их образование и эволюцию. Углубляются исследования по происхождению с.-х. животных и изменению их под влиянием одомашнивания; по индивидуальному развитию (онтогенезу) и управлению этим процессом; экстерьеру и конституции, которые изучаются в тесной связи с жизнеспособностью и продуктивностью животных; по продуктивности сельскохозяйственных животных, её изменчивости и наследуемости.