Целый ряд работ посвящен изучению состава микрофлоры желудочно-кишечного тракта животных. В желудочно-кишечном тракте животных находится большое количество микроорганизмов, попадающих туда, прежде всего, с кормом. Их количество достигает 108 микробов в 1 г содержимого рубца. В кислой среде желудка часть микрофлоры гибнет, но могут оставаться жизнеспособные бактерии, дрожжи и плесневые грибы.

В тонком кишечнике наблюдается дальнейшее снижение уровня микроорганизмов до 104 кл/г содержимого. В толстом кишечнике в связи с процессами обмена происходит акгивация деятельности микрофлоры и ее увеличение до 108 кл/г содержимого. Здесь обитают микроорганизмы, относящиеся к грамотрицательным палочковидным бактериям, грамположительные энтерококки, клостридии, дрожжи и плесневые грибы. Состав и соотношение микрофлоры зависят от состава кормов, отдела желудочно-кишечного тракта, времени года и возраста животного.

Кроме того, обсеменение мяса при жизни животного может быть связано с другими органами, содержащими микроорганизмы. К ним относятся верхние дыхательные пути и вымя. Чаше всего это кокковая микрофлора, реже там находят бациллы, дрожжи и плесневые грибы. Обитателями желудочно-кишечного тракта могут быть потенциально патогенные и патогенные микроорганизмы. В последние 20 лет определенное место в структуре заболеваний человека занимают кишечные иерсиниозы. Причиной возникновения этих заболеваний чаще всего бывает мясо крупного рогатого скота и свиней. Так, при исследовании свиных языков в различных магазинах Бельгии установлено, что 50% проб содержали возбудитель данной инфекции. По мнению авторов, данный микроорганизм является естественным обитателем носоглотки животных и употребление в пищу органов, относящихся к желудочно-кишечному тракту, может служить причиной иерсиниоза, так как энтеротоксин выдерживает нагревание при 120°С в течение 30 мин и хранение в условиях холодильника при 4°С в течение 7 мес.

Кишечник животных является местом обитания клостридиозов. Работами Г.И. Сидоренко и Ю.П. Пивоварова еще в 60-е годы установлена возможность прижизненного обсеменения органов и тканей ослабленных и больных животных.

В литературе имеется много исследований, посвященных изучению микробного обсеменения мяса животных с различными клиническими заболеваниями и клинически здоровых животных. Одни авторы называют очень высокий процент обсеменения мяса животных вынужденного убоя (от 48 до 70%) , другие приводят более низкие значения. Так, частота обнаружения клостридий в мышцах крупного рогатого скота с травматическими повреждениями, по данным целого ряда исследователей, составила 8,5%, в лимфоузлах - 15,5%, в печени - 19%; соответственно 3,9, 4,2 и 8,5% - в органах клинически здоровых животных.

При обследовании свиней были получены аналогичные результаты. Из мышц больных животных процент выделения составил 12,2%, из лимфоузлов - 16,9%, из печени - 22,4%; соответственно 5,1; 6,4 и 9,9% - из органов клинически здоровых животных. Полученные данные обязывают ветеринарную службу совершенствовать работу по выявлению ослабленных животных.

Обсеменение микроорганизмами органов и тканей наблюдается при травмах животного. В мышечной ткани, расположенной в нескольких сантиметрах от места травмы, снижается количество гликогена, что приводит к более интенсивному размножению микроорганизмов, чаще всего стафилококков, бактерий группы кишечных палочек и других.

Не вызывая заболевания у животного, в кишечнике могут длительное время находиться сальмонеллы. При снижении защитных сил животного они проникают в мезентериальные лимфатические узлы, затем в кровь и, распространяясь по организму, обусловливают вторичный сальмонеллез. Много работ посвящено изучению бакгерионосительства среди животных. Бактерионосительство широко распространено среди, животных и птиц.

В связи с болезнью или травмой из кишечника или места повреждения может происходить инфицирование тела животного патогенными микроорганизмами (сальмонеллы, золотистый стафилококк, возбудители туберкулеза, ящура, бруцеллеза), кроме того, в кровь проникают обитатели кишечника. Определенное значение для эндогенного инфицирования мяса имеет агональная инвазия микроорганизмов. Некоторые авторы объединяют ее с посмертным эндогенным обсеменением органов и тканей, которое начинается сразу после обескровливания, то есть клинической смерти животных. В этот период через слизистые оболочки носоглотки и кишечника микроорганизмы могут проникать в окружающие ткани.

Экзогенный путь обсеменения мяса связан с этапами разделки туши, последующей транспортировкой, условиями хранения, технологией получения мясопродуктов и санитарным состоянием предприятия.

Наиболее загрязнена микроорганизмами шкура животного - до 700 млн. микроорганизмов на 1 см2 поверхности волосяного покрова крупного рогатого скота, от 44 до 58 млн. микробов на поверхности кожи свиней, среди которых в 26,6% случаев были выделены сальмонеллы, в 60% - кишечная палочка, в 55% - бактерии рода протеус, в 58% - кокковая микрофлора и в 100% - спорообразующие гнилостные бактерии. В процессе удаления шкуры в окружающую среду попадает большое количество грязи, поэтому последующими источниками загрязнения становятся воздух, полы, оборудование и инструменты на разделочных линиях, работающий персонал. По данным ряда авторов, проводивших обследование на 3 мясокомбинатах, микробная контаминация одной руки рабочих составила от 2,6´107 до 2,1´108 клеток, из них энтеробактерии составляли до 105 клеток, а споровые формы в зависимости от стадии разделки туши - до 3,4´106 клеток. Микробное обсемене­ние одного ножа после снятия шкуры достигало до 107, со­держание энтерококков - 103, а споровых форм до 8,6´104 клеток.

Значительна и контаминация воздуха, особенно в момент отрыва шкуры от туши. Исследования показали, что на расстоянии 5-6 м от установки для механической съемки шкуры в 1 см3 воздуха было обнаружено до 25 тыс. микробных тел. Для снижения контаминации воздуха и уменьшения загрязнения кожных покровов до разделки туши подвергаются обработке водой под душем, иногда с добавлением дезинфицирующих средств. Туши свиней без снятия шкуры подвергают опалке - обработке газовым пламенем или шпарке при температуре 58-62°С для облегчения последующего удаления щетины. В последнее время ошпаривание в чанах заменяется обработкой туши паровоздушной смесью, что уменьшает контаминацию в 200-300 раз.

Доказано, что экзогенное обсеменение микроорганизмами может быть связано с проведением обескровливания животного. В течение нескольких минут сердце животного продолжает работать, кровь, вытекающая из перерезанных артерий, может частично всасываться за счет пониженного давления в вены. В кровь могут попадать микроорганизмы с инструментов, шкуры животного, из содержимого пищевода.

Следующим этапом разделки туши является эвентрация, или нутровка, внутренних органов из грудной и брюшной полостей. Имеет значение время проведения этого этапа после обескровливания животного. По данным С.Я. Любашенко, при проведении эвентрации внутренних органов через 10-15 мин после обескровливания животного в лимфатических узлах здоровых свиней содержится в среднем 20 тыс. бактерий, а если эвентрация производится спустя 1 ч и позже, количество микроорганизмов достигает 300 тыс. в 1 г.