Но, несмотря на все эти нововведения, по-прежнему сохранились все национальные основы царского быта, все его торжественные религиозные обряды и даже мелкие обычаи, до выслушивания от верховых старцев былин и преданий. Уважение царя к русскому быту сказалось всенародным указом от 6 августа 1674 года: "Князя Андрея Княж Михайлова сына Кольцова-Мосальского из стряпчих записать по жилецкому списку за то, что он на голове волосы у себя подстриг. А стольникам, стряпчим, дворянам московским и жильцам указал великий государь свой государев указ сказать, чтоб они иноземских немецких и иных извычаев не перенимали, волосов у себя на голове не подстригали, також и платья, кафтанов и шапок с иноземских образцов не носили, и людям своим потому ж носить не велели. А буде кто впредь учнет волосы подстригать и платья носить с иноземного образца, и такое ж платье объявится на людях их, и тем от великаго государя быть в опале, и из вышних чинов написаны будут в нижние чины". Замечательный указ этот был одним из последних распоряжений царя Алексея Михайловича.

Царь Михаил Феодорович, восстановив разоренные в смутное время кремлевские храмы, оставил уже немного забот о них своему преемнику; и царь Алексей Михайлович, по отношению к первым, является не столько создателем храмов, сколько вкладчиком.

В первопрестольном Успенском соборе этот государь оставил по себе память следующим. В приделе апостолов Петра и Павла Алексей Михайлович поставил замечательную по древности и сделанную из особого рода мастики икону Влахернской Божией Матери. Она была некогда покровительницей Цареграда и привезена была оттуда в дар государю. В 1653 году царь принес в дар Успенскому собору серебряное в 2 пуда блюдо и при нем ведро, с коим он сам ходил на Иордань и зачерпал им только что освященную воду. Его же пожертвование - великолепные золотые, украшенные жемчугом священнослужительские облачения и пелена к Владимирской Богоматери, "на помин родителей". Царица Наталья Кирилловна пожертвовала громадное евангелие, оправленное массивным золотом и разнообразными драгоценными камнями. При императрице Екатерине II оно было оценено в два миллиона рублей. Свояк государя, по первой его супруге, боярин Морозов пожертвовал к Успению огромное паникадило в 60 пудов серебра, висевшее посредине собора до 1812 года. Алексей Михайлович повелел перенести из церкви Рождества Богородицы в Успенский собор царицыно место и поставить его против левого клироса. Оно резное из дерева, вызолочено, и верх его на четырех углах увенчан двуглавыми орлами. Никон в это время обновил патриаршее место.

Архангельский, Благовещенский и другие соборы Кремля получали так же, как и придворные храмы, разные более или менее ценные вклады набожного царя Алексея Михайловича. Из дворцовых храмов особенной заботой его пользовалась церковь Екатерины великомученицы, "у царицы на сенях", где в это время был устроен придел в память матери царя (Евдокии Лукьяновны); здесь царицы брали молитву после родов и причащались постом. В церкви Распятия над жертвенником находится икона, на которой изображены св. Константин и Елена, а также Алексей Михайлович, его супруга Марья Ильинишна и патриарх Никон.

"Тишайший царь" не оставил без внимания и колокольню Ивана Великого. Находившаяся при нем звоница с громадным колоколом Годунова сгорела, и сам колокол разбился. Царь приказал воспользоваться его осколками и отлить новый. Барон Мейерберг, видевший его в 1661 году, говорил, что он был отлит русским литейщиком 24 лет, весит 8000 пудов и поставлен был на новой звонице. В пожар 1701 года он разбился, но при императрице Анне Иоанновне был отлит снова и сделался, следовательно, отцом царя-колокола; к осколкам этого произведения XVII века прибавлено было еще 2000 пудов меди. В память царя Алексея Михайловича сделано было на царь-колоколе его изображение рядом с изображением названной императрицы. Чудовская обитель св. Алексея митрополита, где восприял крещение Алексей Михайлович, и Вознесенский монастырь, где он сам хоронил свою первую супругу и дочерей, пользовались вкладами этого государя. В Вознесенском монастыре и до сих пор сохраняется большая серебряная водосвятная чаша, дар царя.

Заботясь о храмах и дворцах, государь под конец своего царствования обратил внимание и на приказы. К 1670 году кремлевские палаты разных приказов "обветшали гораздо и порушились во многих местах; сидеть в них было опасно". Поэтому приказы с их делами были переведены из Кремля в Китай и Белый город и размещены там в разных местах. В 1675 году Каменный (строительный) приказ начал постройку новых приказов в Кремле, по горе, начиная от Архангельского собора к Спасским воротам. По чертежу, который был прислан из Польского приказа, предполагалось выстроить: Разряд, Посольский приказ с четвертьми, Большую казну, Поместный и Стрелецкий приказы и Казанский дворец. Денег на постройку перечислено было 24 806 рублей 3 алтына 5 денег. Но эти стройки были закончены уже при Феодоре Алексеевиче.

Немало хлопот доставлял ему и Китай-город. В заботе о благообразии Красной площади было повелено сломать и убрать рассеянные на ней и ее перекрестках торговые шалаши и скамьи и было предписано "всякими товары торговать в рядех, в которых коим указано и где кому даны места". По Соборному уложению, оптовая торговля должна производиться только в Гостином ряду (между Ильинкой и Варваркой), а "в рознь товаров там не продавать". Розничная торговля была исключительно рядскою. Алексей Михайлович дал указ, чтобы Гостиный двор и ряды не торговали в субботу, как станут звонить к вечерне, и в воскресенье, до окончания литургии.

У Неглиненских (Воскресенских) ворот государь построил часовню для Иверской Божией Матери. В Казанском соборе он оставил по себе память вкладами. В Покровском - постройкой новых приделов. В Богоявленском монастыре, благодаря пожертвованию боярыней Репниной земли, выходившей на Никольскую улицу, построены существующие и теперь ворота с храмом Иоанна Предтечи. В Заиконоспасском монастыре построена была двухэтажная соборная церковь, освященная в 1661 году. Здесь в 1666 году поселен был западнорусский ученый Симеон Полоцкий и построено было за счет государя здание для него и учеников, которых он должен был учить "полатыням". Начали учиться здесь молодые подьячие из Приказа тайных дел. Из этой школы возникла знаменитая Славяно-греко-латинская академия. В 1653 году Алексей Михайлович дозволил в Никольском (Афонском) монастыре совершать богослужение на греческом языке.

В опустошительный пожар 1668 года сильно пострадал Знаменский монастырь. Царь и его родственники за свой счет возобновили его. Не только были восстановлены старинные Романовские палаты, но и были построены вновь другие здания, и вместо прежней деревянной ограды была возведена каменная. Сложена была новая церковь Знамения, а под нею теплая во имя Афанасия Афонского. Постройки продолжались и после смерти Алексея Михайловича.

Из приходских церквей Китай-города много забот этот государь посвятил Зачатию св. Анны, что в углу. Здесь, по случаю рождения дочери, он построил придел во имя св. Екатерины, а в 1668 году, после пожара, возобновил и украсил всю церковь.