При всей религиозности великого князя Иоанна Васильевича, при всей его преданности восточному православию, которую он выразил, не допустив введения в России унии, для чего Папа и сосватал Софию Палеолог за нашего государя, при нем не без успеха, однако, пропагандировалась в Москве ересь жидовствующих. Она была занесена из Киева ученым евреем Схарией. Сей очень начитанный, особенно в астрологии и каббалистике, еретик распространил в Новгороде свое лжеучение, отвергавшее Пресвятую Троицу, Божество Христа Спасителя, таинства, мощи, иконы и монашество и отдавал предпочтение Ветхому Завету пред Новым. Главными последователями ереси были священники Дионисий и Алексей. В бытность Иоанна III в Новгороде они понравились ему и были взяты в Москву. Первый был сделан протопопом в Архангельском соборе, второй - в Успенском. Ересь стала распространяться и в Москве. Между ее последователями были симоновский архимандрит Зосима и лица, принадлежавшие к господствовавшей тогда придворной партии: ученый дьяк Федор Курицын, брат его Иван Волк и невестка великого князя, супруга Иоанна Молодого Елена, мать объявленного наследника престола. Ересь стал обличать архиепископ Геннадий Новгородский, но ему сперва не внимали в Москве и даже возвели на митрополичью кафедру сочувствовавшего ереси архимандрита Зосиму. Только посланиями ко всем епископам и самому государю Геннадий довел дело до созвания в Москве собора, который и осудил ересь. Но она подверглась преследованию пока только на Волхове, где еретиков возили на клячах, лицом к хвосту, в вывороченном платье, в берестовых шлемах и соломенных венках, с надписями: "се есть сатанино воинство".

Вскоре ересь нашла повод к торжеству. Прошел 1492 год, которым оканчивалась седьмая тысяча лет от сотворения мира и который, под влиянием очень распространенного убеждения, народ православный проводил в страшной тревоге, в ожидании кончины мира и второго пришествия Христова. Даже церковная пасхалия не составлялась на восьмое тысячелетие. Но когда миновал роковой семитысячный год, еретики стали глумиться над православными. Тогда к обличителю ереси архиепископу Геннадию присоединился со своими проповедями Иосиф Волоколамский. Зосима был низложен с митрополии и заменен, как говорено выше, Симоном. Обличители стали опираться на Софию Палеолог и ее сына Василия. Елена, ее сын и вся их партия подверглась опале. В 1504 году созван был новый собор против жидовствующих, и Москва видела подобные испанскому ауто-дафе казни еретиков: в клетках сожгли дьяка Волка Курицына, Митяя Коноплева и Ивашку Максимова; другие еретики были отправлены в заточение. Елена же скончалась в Москве в заключении.

Иоанн III является примечательным организатором нашего государственного быта в духе сложившихся или еще слагавшихся русских обычаев. Окружая себя царственною обстановкою, он организует служилое сословие. При нем, кроме бояр) достоинство коих теперь жалуется государем, являются уже и окольничие; появляются и придворные чины постельничего, конюшего, ясельничего, оружничего, ловчего и др.

Ясно выступает система поместная, обращавшая на началах государева жалованья низшие классы служилых людей в помещиков, рядом с вотчинниками. Развиваются приказы с их дьяками. Впервые появляется "разряд", наблюдавший над порядком государевой службы; был и посольский приказ, что можно заключать из того, что теперь существовал посольский дьяк. Земли делятся уже всюду на сохи и обжи и облагаются налогом, который определяется писцовыми книгами. Переходы крестьян с одной земли на другую разрешаются в течение двух недель после Юрьева (осеннего) дня. Для организации суда Иоанн издает Судебник, который в нашем законодательстве составляет шаг вперед по сравнению с Русской Правдой, которая допускала и кровавую месть и дозволяла деньгами отделываться за убийство даже знатных людей (80 гривен за голову). Судебник же устанавливает государственные наказания за все уголовные преступления: казнь смертную или торговую, то есть телесное наказание. Приводим, как палеографический образчик того времени, отрывок из Судебника Иоанна.

Соответственно с выросшим могуществом Москвы, этот государь произвел в столице всея Руси громадные перестройки. Можно сказать, он разобрал весь Кремль и перестроил его заново, в более обширных размерах. Но государь исторических народных преданий, он дал всем своим постройкам привычный русскому глазу тип. Это примечательно особенно потому, что все почти его архитекторы, как Аристотель Фиоравенти, Алевиз, Марк Руф, Петр-Антоний Фрязин, были иностранцы, выписанные из Италии, где господствовало возрождение наук и искусств. Государь, однако, не позволял им строить в Москве здания в западных стилях: ни в готическом, ни в стиле возрождения. Они должны были возводить строения в русском стиле, применяясь к древнерусским деревянным постройкам и их орнаментации, или в византийском, для чего их посылали изучать каменные храмы Владимира и других городов.

Просуществовавший сто лет каменный Кремль Димитрия Донского, обветшавший и уже тесный, был теперь по приказу государя срыт, и заложены были новые стены "не по старой основе, а града прибавиша". Чтобы обезопасить его от пожаров, велено было вокруг Кремля снести церкви и дворы, чтобы между его стенами и посадскими постройками оставалось полое место, застенье в 110 саженей. "Против такой нечести великой, что церкви старые извечные выношены из города вон, да и монастыри старые извечные с места переставлены, и кости мертвых выношены в Дорогомилово", восставал архиепископ Геннадий, указывая на то, что даже в Киеве шел слух, будто "князь великий на Москве церкви все выметал".

Петр-Антон Фрязин выстроил следующие новые кремлевские стрельницы, или башни: Свибловскую (под нею тайник), Фроловскую (Спасские ворота), Никольскую, Боровицкую и Константино-Еленинскую, Троицкую, а Марк Фрязин построил стрельницу Бе-клемишевскую; всего числом восемнадцать. Эти башни в своем стиле и украшениях подражали древнерусским деревянным крепостным башням. На Спасской башне сохранилась следующая латинская надпись: "Иоанн Васильевич, Божиею милостию, великий князь Владимирский, Московский, Новгородский, Тверской, Псковский, Вятский, Угорский, Пермский, Болгарский и иных и всея России государь, в лето тринадцатое государствования своего, велел построить сию башню, а строил ее Петр-Антоний Селярий Медиоланский, в лето воплощения Господня 1491".

Троицкая башня при Иоанне III не имела такого высокого верха, какой мы видим теперь и который был надстроен при Михаиле Феодоровиче. Башня Кутафья имела тогда крытый верх.

Громадные постройки и внутри самого Кремля предприняты были Иоанном III. Так, здесь вновь были выстроены три главных собора: Успенский, Архангельский и Благовещенский.

За ветхостью и теснотою Успенский собор был разобран в 1472 году до самого основания, причем были обретены мощи св. Петра митрополита. Но построенный псковскими мастерами Кривцовым и Мышкиным собор, возведенный до сводов, рухнул. Нанятый в Италии, с платою по 10 рублей в месяц, зодчий Аристотель Фиоравен-ти получил поручение выстроить его снова. Но заграничный мастер должен был строить не по своему плану, а по образцу Успенского собора во Владимире, куда он для изучения был отправлен. Итальянец разобрал всю стройку, при чем употреблял невиданные в Москве тараны и блоки, устроил кирпичный завод у Андроникова монастыря и, употребляя особую клеевитую известь, через четыре года выстроил новый храм. В 1479 году митрополит Геронтий совершил его освящение. Великий князь при этом раздал бедным богатую милостыню и устроил большой пир для духовенства. Мощи, находившиеся во время стройки в церкви "св. Ивана под колоколы", перенесены были в собор.