Незадолго до смерти Иван Грозный, осознавая, что его сын Федор, неспособен к государственному управлению, назначил при нем регентский совет. В состав совета вошел глава Боярской думы князь И.Ф.Мстиславский (по матери – троюродный брат царя Федора), Н.Р.Юрьев, дядя царя Федора Ивановича с материнской стороны), герой обороны Пскова от Стефана Батория князь И.П.Шуйский, шурин царя Федора Б.Ф.Годунов, и, возможно, фаворит последних лет царствования Ивана Грозного оружничий и думный дворянин Б.Я.Бельский.

Сразу же после кончины Грозного между наиболее влиятельными группировками в Боярской Думе и приказном управлении началась борьба за власть. Первым пал в этой борьбе Б.Я.Бельский, который, опираясь на худородных любимцев Грозного, вознесенных волею тирана к вершинам власти, пытался достигнуть положения правителя при новом царе и убеждал царя, по словам польского дипломата Л.Сапеги, чтобы он «двор и опричнину соблюдал так, как его отец». События московского восстания, возможно, инспирированного умелой агитацией политических противников Бельского привели к его отставке и ссылке в Нижний Новгород.

Борьба развернулась между наиболее серьезными политическими противниками – Борисом Годуновым и боярской партией князей Шуйских. К Годунову примыкали Романовы, сыновья скончавшегося в 1586 г. Н.Р.Юрьева, а сторону Шуйских держал престарелый князь И.Ф.Мстиславский. Мстиславский вскоре был вынужден удалиться от дел и принять постриг, а его место в Думе занял его сын князь Федор Иванович – человек, лишенный честолюбивых устремлений и политических амбиций и потому не опасный для Годунова. Шуйские собирались нанести удар по основной опоре влияния Годунова: в 1586 г. Шуйские, заручившись поддержкой митрополита Дионисия и епископа крутицкого Варлаама обратились к царю с тем, чтобы он «чадородия ради», постриг свою жену Ирину Годунову в монахини, а сам вступил бы во второй брак. Это движение сопровождалось крупными волнениями в Москве. На стороне Шуйских выступили видные московские купцы. В инструкции к послам, отправлявшимся в Речь Посполитую было велено отвечать на возможный вопрос о московских волнениях – «в Кремле городе в осаде сидели и сторожи крепкие учинили . того не бывало: то нехто сказывал негораздо, бездельник: от кого – от мужиков в осаде сидеть?». Вероятно, московская дипломатия на этот раз проговорилась, наказав опровергать то, что было на самом деле. В любом случае, очевидно, что недовольство Годуновым вылилось в открытый протест «всенародного множества собрания московских людей».

Но Борису удалось одолеть своих противников. Вскоре, митрополит Дионисий был отстранен от престола, князь Иван Петрович Шуйский и его родственники братья князья Андрей, Василий, Александр, Дмитрий и Иван Ивановичи Шуйские сосланы, а московские купцы Нагай и Голуб «с товарищи» – казнены. Другие москвичи – служилые люди, приказные и гости были сосланы в Сибирь, Поморье, на Волгу, в Пермь. В ссылке И.П.Шуйский и А.И.Шуйский были убиты своими приставами.

С 1587 г. Борис Годунов занял первенствующее положение при московском дворе и фактически взял в свои руки все управление государством. Однако, еще в 1585 г. русский посланник Л.Новосильцев, на слова гнезднинского архиепископа, сравнивавшего Б.Годунова с А.Адашевым, стоявшим во главе Избранной рады в период реформ Ивана IV, отвечал: «Алексей был разумен, а тот не Алексеева верста: то великий человек – боярин и конюший, а се государю нашему шурин, а государыне нашей брат родной, а разумом его Бог исполнил и о земле великий печальник». Англичане именовали Бориса в своих грамотах «лордом-протектором», а королева называла Годунова «любимым кузеном». В правление Годунова были проведены крупные общегосударственные мероприятия. Многие из них непосредственно касались Москвы.

В 1585 г. был возведен еще один ряд московских укреплений – стены Царева или Белого города, окружившие территорию по линии современного Бульварного кольца. Руководил строительством русский зодчий «государевых дел мастер» Федор Савельевич Конь. Стена Белого города тянулась на протяжении девяти километров от устья Яузы до устья Черторыя. По описанию австрийского посла Н.Варкоча она была «бело-набело выкрашенная и украшенная множеством (27—30) башен и зубцов». Очевидно, из-за белого цвета стен это укрепление и получило свое название. Белый город имел 10 проездных ворот – Яузские, Покровские или Кулижские, Фроловские (Мясницкие), Сретенские, Петровские, Тверские, Никитские, Арбатские, Чертольские (Пречистенские) и Водяные. В Занеглименье новые стены прошли в основном по линии деревянноземляных укреплений более раннего времени существовавших еще в XIV веке и обновлявшихся при Иване Грозном. С запада их трасса определялась руслом ручья Черторыя, в северной части они были привязаны к цепочке монастырей – Высокопетровского, Рождественского и Сретенского. С востока стенами был обнесен значительный ремесленный район вплоть до устья Яузы. Стены Белого города прошли также и по берегу Москвы-реки примкнув с западной стороны к Кремлю, а с восточной – к Китай-городу. Строительство Белого города придало Москве монументальный столичный масштаб. Однако, несмотря на размеры новой крепости, за пределами Белого города по всему периметру крепостных стен оставалась значительная зона неукрепленной застройки. Именно эти районы подверглись разорению и сожжению во время набега на Москву крымского хана Казы-Гирея летом 1591 г.

В 1591 г. произошли бедственные события, имевшие значительное влияние на весь ход русской истории. Вскоре после кончины Ивана Грозного его младший сын царевич Дмитрий Иванович был отправлен вместе с матерью Марией Нагой и своими родственниками Нагими в Углич – город, данный ему в удел по завещанию отца. 15 мая 1591 г. царевич был найден мертвым на дворе, где играл со своими сверстниками. Горло восьмилетнего ребенка пересекала ножевая рана. Мать царевича Мария Федоровна и ее родственники бояре Нагие объявили, что Дмитрий был убит присланными от Годунова убийцами. Загудел набат, сбежавшиеся угличане бросились на людей, которых обвиняли Нагие и убили их. Среди убитых был глава городской администрации дьяк М.Битяговский и его родственники. Через несколько дней в Углич прибыла правительственная комиссия во главе с боярином кн. В.И.Шуйским и, проведя расследование, пришла к выводу, что царевич, играя в ножик, упал на землю в припадке эпилепсии, которой он был подвержен, и в судорогах напоролся на нож.

Это заключение не успокоило умы. Многие современники считали Годунова убийцей царевича, что окончательно подтвердил царь Василий Шуйский канонизацией царевича Дмитрия Угличского предпринятой им с тем, чтобы побороть призрак воскресшего самозванца. Единодушны в обвинении Годунова все летописцы и авторы исторических повестей XVII в. В угличских событиях они видели главнейшую причину Смуты. Этот взгляд перенял и «последний летописец» Н.М.Карамзин. Виновность Годунова в убийстве царевича считалась в исторической науке XIX в. несомненным фактом. В исторической науке последних десятилетий были аргументированы две точки зрения: о причастности Годунова к убийству царевича, и о естественной смерти царевича, его «самозаклании» в припадке эпилепсии. Было выдвинуто и третье предположение: Годунов способствовал смерти царевича, но не таким грубым и откровенным способом, как посылка убийц, а через мамку царевича Дмитрия Василису Волохову. Как было известно, приступы эпилепсии случались у царевича регулярно, и если обеспечить опасную ситуацию (например, нож в руке царевича), то смертельный исход был бы почти гарантирован.