3 июня в Москве вспыхнул пожар, охвативший в Занеглименьи территорию Белого и Деревянного города от Неглинки до Чертольских ворот. Молва приписала поджоги людям Морозова. Пожар только усилил ярость. В Кремле народ требовал выдать Морозова, Плещеева и Траханиотова. Положение было угрожающим. Никаких условий восставшие не принимали. По решению царя и бояр Плещеев был выдан толпе. Его убили ударом оглобли и растерзали на «Пожаре». Спустя несколько дней там же по царскому приказу казнили и Траханиотова. Вины обоих оказались слишком очевидными. Спасти удалось только Морозова, за него царь молил у народа лично. Толпа уступила. Всесильного временщика отправили в ссылку до конца дней (как оказалось на несколько месяцев). Лишь только к осени правительство пришло в себя. Пришедших к власти после восстания бояр, что были еще при Михаиле Федоровиче, опять оттеснил вернувшийся Морозов. Так было с боярином князем Я.К.Черкасским. Он был в правительстве еще во времена Михаила Федоровича. После воцарения Алексея ушел на задний план. Но после восстания занял место в Стрелецком приказе, которого лишился уже осенью 1648 года. Но восстание все же подействовало на правителей. Иностранным купцам урезали льготы, прогрессивный косвенный налог больше не вводили. Постепенно, с конца 40-х годов, в Москве стали исчезать белые дворы и слободы. Это устроило всех. Вроде бы стали возвращаться «старые времена», появилась уверенность в завтрашнем дне. В Москве на Земском соборе был принят новый правовой кодекс – Соборное Уложение. Но все же это было не надолго. Следующее потрясение царь Алексей Михайлович и его окружение испытали в 1662 году.

«Медный бунт» начался в Москве, а проходил и был подавлен на глазах у Алексея Михайловича в селе Коломенском, загородной царской резиденции. Это восстание москвичей было следствием денежной реформы середины XVII века, когда правительство решило наряду с серебряной вводить в обращение и медную монету с одинаковым достоинством. В итоге предполагалось серебряную копейку заменить медной. Казна брала с населения налоги серебром, а выплачивала жалование и покупала товары медными деньгами. Стремясь покрыть расходы (а тогда страна испытывала экономические и военные трудности), правительство увеличивало выпуск медных денег, что привело к их обесцениванию и дороговизне. Ко всему еще, в обращение стали поступать европейские талеры с «надчеканкой» (вес 27—28 г), которые стали насильственно приравниваться к реальному русскому рублю (100 копеек по весу были почти в полтора раза тяжелее). Количество серебряных копеек у населения быстро сокращалось, а медных при возрастающей дороговизне и изобилии уже не хватало даже на минимум.

Волнения в Москве начались рано утром. На Сретенских воротах Белого города были приклеены «воровские» листы, в которых во всех винах (измена царю и неудача медной реформы) обвинялись наиболее видные и близкие царю люди: бояре Илья Данилович и Иван Андреевич Милославские, окольничьи Богдан Матвеевич Хитрово, Федор Михайлович Ртищев, дьяк Дементий Башмаков, гость Василий Шорин и другие. С Лубянки возбужденная толпа двинулась к Кремлю, и вскоре на Красной площади гудела уже вся Москва. Узнав, что царь находится в Коломенском, народ устремился туда.

Как раз 25 июля в Коломенском собралось все семейство Алексея Михайловича, приехала родня, были приглашены и ближние бояре. В этот день собирались праздновать именины сестры царя – Анны Михайловны.

Однако, рано утром, когда царь был в церкви, сообщили о приближении к дворцу многочисленной толпы москвичей. Охрана не смогла сдержать народ, и тот, войдя в главные ворота, заполонил двор перед крыльцом, на которое вышел растерянный царь. Произошедшее противоречило всем нормам поведения того времени. Перед царствующей особой все должны были падать ниц, а тут «мужичье» подавало царю лично в руки «подметные письма» с указанием всех вин и измен бояр, кричало и требовало их выдачи. С царем народ беседовал запросто, с ним «били по рукам», разгоряченные спорщики хватали за одежду. Царь обещал все уладить и начать следствие. Москвичи поверили и повернули назад в Москву. В столице, между тем, восстание только разворачивалось. Правительство растерялось и полностью утратило контроль над населением. В городе громили дворы ненавистных бояр-изменников, торговые лавки купечества. Первые толпы еще только шли из Коломенского, а из Москвы им навстречу двигались уже новые с еще более вескими доказательствами боярской измены. Соединившись, мятежники повернули назад, в Коломенское. Такого поворота событий царь не ожидал. Вновь перед ним шумело море людей. Однако царское окружение уже вполне разобралось в обстановке. Из Москвы к этому времени были вызваны верные правительству стрелецкие полки (часть стрельцов полка Шепелева принимала участие в восстании). Пока народ требовал у царя выдачи изменников, два стрелецких полка уже входили в задние ворота дворца. Узнав о прибытии военной силы, Алексей Михайлович без всякого колебания приказал стрельцам гнать и рубить бунтовщиков. Вооруженные стрельцы напали на безоружных людей. Главная расправа произошла у парадных ворот дворца, около церкви Вознесения. Избивая народ, стрельцы теснили всех к Москве-реке, в которой многие утонули. Подходившие из Москвы стрельцы продолжали рубить и ловить восставших по дорогам. Более сотни человек были сразу повешены в Коломенском. Современник сообщал, что убитых, утонувших, казненных было более тысячи человек.

Подавление Медного бунта подняло на невиданною до того времени высоту московских стрельцов. Им значительно увеличили жалование, утвердили всевозможные льготы в области ремесла и торговли. В столице начался расцвет стрелецких слобод. Стрельцы были освобождены от принудительных работ, получили право подавать жалобы чуть ли не самому царю. Московские стрельцы стали реже использоваться в военных походах, а если и выступали на театр военных действий, то только с царем. Утверждения за ними названия «надворной пехоты» в 1682 г. лишь только подтвердило устоявшееся до этого правило. Весь гарнизон московских стрельцов, а он достиг в середине XVII века численности почти в 22 тысяч человек, при Алексее Михайловиче фактически превратился в царскую гвардию.

Последний период правления царя Алексея Михайловича в Москве протекал в относительном благополучии. Брожение в умах, правда немалые, вызвали нововведения патриарха Никона. В основном они касались церковной службы, ритуалов и издания служебных книг. Кружок «ревнителей благочиния», наполненный некогда сторонниками и единомышленниками патриарха, уже в скором времени был разгромлен. Сам же Никон, державшийся ранее традиционного направления в области церковной реформы, переориентировался на греческие образцы, что в итоге и привело к расколу.

Поддержав первоначально Никона в его начинаниях, царь уже вскорости столкнулся с его теократическими устремлениями. Столкновение царя с патриархом привело к падению последнего. Церковные соборы, проходившие в Москве, единогласно осудили Никона. Он был удален из Москвы, и как выяснилось, надолго. Больше Алексей Михайлович и Никон не встречались. Падение некогда всесильного патриарха вызвало в московском обществе немало толков и слухов. Говорили, что будто бы по его советам царь втянулся в тяжелую войну со шведами, одновременно воюя с Польшей. Молва приписывала ему открытие греческих и латинских училищ, удаление из церквей некоторых очень почитаемых икон, введение каких-то турецких обрядов. Ходили слухи о том, что удалению Никона способствовали жена и тесть царя.