Вокзальная (Тверская застава. Лесная ул., Божедомка, Сухарева башня, Красные ворота, Каланчёвская площадь);

Преображенская (Преображенская застава, Покровский мост, Разгуляй, Красные ворота, Сухарева башня);

Семеновская (Разгуляй, Покровский мост, Семёновская застава);

Грузинская (Охотный ряд, Страстной монастырь, Тверская ул., Большая Грузинская улица, Георгиевская площадь).

Кроме того, в Москве продолжали осуществлять перевозку пассажиров Долгоруковская линия электрического трамвая, принадлежащая Второму (Бельгийскому) Обществу, продолжали работать 13 линий железных дорог на конной тяге, принадлежащих городу, и 10 линий на конной тяге Второго Общества.

Для второй очереди электрического трамвая было заказано 105 моторных и 28 прицепных вагонов. К концу 1906 года в Москве эксплуатировалось 22 четырехосных и 150 двухосных моторных трамвайных вагонов и 66 прицепных. Имелись также 2 поливомоечные цистерны и 2 снегоочистителя.

В 1906 году в Москву поступили двухосные моторные вагоны с фонарной крышей и тележкой Беккера, на много лет определившие типаж подвижного состава трамвая, эксплуатируемого в Москве.

Для второй очереди трамвая были построены Сокольнический трамвайный парк в 1905 г, Центральная электрическая станция и Лубянская подстанция в 1906 году.

Все это позволило интенсифицировать работы по строительству и вводу в эксплуатацию линий второй очереди:

3 февраля 1907 г. открылось движение по Мясницкой улице и но трем трамвайным линиям: Преображенской (Преображенская застава - Разгуляй - Красные ворота - Лубянская пл.), Семеновской (Семеновская застава - Разгуляй - Красные ворота - Лубянская пл.), Сокольнической (Сокольническая застава - Каланчевская пл. - Красные ворота - Лубянская пл.). Так окраины города были соединены с центром, а Мясницкая улица стала одной из самых привлекательных в городе. Интервал движения по улице был всего 2 минуты и, несмотря на это, вагоны по ней шли переполненными.

На Лубянской площади потребовалось соорудить большое разворотное кольцо вокруг известного всей Москве фонтана.

12 февраля открылось движение трамвая по улицам Сретенка и Большая Лубянка (от Сухаревой башни до Лубянской пл.).

Через три дня, 15 февраля 1907 г., был введён в строй участок электрического трамвая от Охотного ряда по Театральной площади и Театральному проезду до Лубянской площади. Это изменило почти всю маршрутную систему трамвая, ибо позволило вместо четырёх радиальных линий создать два диаметральных направления:

Петровско-Сокольническая линия (Петровский парк, Тверская застава, Страстной монастырь, Охотный ряд, Лубянская пл., Мясницкая, Красные ворота, Каланчевская пл., Сокольническая застава)

Грузинско-Семёновская линия (Семеновская застава, Покровский мост, Разгуляй, Красные ворота, Мясницкая, Лубянская пл., Охотный ряд, Страстной монастырь, Тверская ул., Большая Грузинская улица, Георгиевская площадь).

В этот же день было открыто движение электрического трамвая по Кольцевой линии (Тверская застава, Лесная ул., Новая и Старая Божедомки, 3-я Мещанская ул., Сухаревская пл., Сретенка, Большая Лубянка, Лубянская пл., Театральный проезд, Большая Дмитровка, Страстная пл., Тверская ул., Тверская застава - правое кольцо). Движение на левом кольце осуществлялось в обратном направлении.

С пуском 27 марта 1907 г. электрического трамвая на участке от Страстного монастыря по Тверскому и Никитскому бульварам до Арбатских ворот появилась новая Арбатско-Сокольническая линия (Сокольническая застава, Каланчевская пл., Красные ворота, Сухарева башня, Сретенка, Большая Лубянка, Лубянская пл., Театральный проезд, Большая Дмитровка, Страстной монастырь, Тверской и Никитский бульвары, Арбатские ворота).

Движение трамвая от Охотного ряда по улицам Моховая и Воздвиженка до Арбатских ворот началось 3 апреля 1907 г. Так были открыты Арбатско-Марьинская (Арбатские ворота, Воздвиженка, Моховая, Охотный ряд, Лубянская пл., Сретенка. Сухарева башня, Божедомка, Марьина Роща) и Стромынско-Арбатская (Арбатские ворота, Воздвиженка, Моховая, Охотный ряд, Лубянская пл., Мясницкая, Красные ворота, Каланчёвская пл., Стромынка, Боевская больница) линии.

Сооружение второй очереди московского трамвая заканчивалось. Летом 1907 г. была закончена электрификация линии от Красных ворот по Садовому кольцу до Курского вокзала и открылось движение на Курско-Брестской линии (Курский вокзал, Красные ворота, Мясницкая, Лубянская пл., Театральный проезд, Б.Дмитровка, Тверская, Брестский вокзал). В сентябре открылось движение на участке от Боевской больницы до Преображенской заставы, и вагоны трамвая пошли от Арбатских ворот до Преображенской заставы. Последним сооружением второй очереди московского трамвая следует считать переустройство разворотной петли трамвая у Брестского (ныне Белорусского) вокзала в связи с окончанием строительства путепровода над путями железной дороги у Тверской заставы.

Год окончания строительства второй очереди является переломным годом для электрического трамвая: он был последним убыточным годом. С пуском второй очереди объем пассажирских перевозок в городе электрическим трамваем почти в три раза превысил перевозки, осуществляемые конкой. В 1907 г. электрический трамвай в среднем выпускал ежедневно 181 вагон. Именно в 1907 г. для Москвы отечественные вагоностроительные заводы, Мытищинский и Коломенский, поставили по 10 моторных вагонов, которые успешно прошли испытания.

Вагоны были изготовлены по типу вагонов Беккера, полученных из Германии в 1906 г. Внутренняя отделка этих вагонов была выполнена из красного полированного дерева. Они имели зеркальные стекла, жалюзи из красного дерева, поперечные скамейки из деревянных реек, яркие лампы для освещения. Плавность хода обеспечивалась двумя тележками Беккера, надолго потом ставшей основной конструкцией на вагонах трамвая в Москве. Всего в 1907 году оба завода поставили в Москву 40 таких вагонов. С учетом этих вагонов на первое января 1908 г. городские железные дороги имели на инвентаре 20 четырехосных, 192 двухосных моторных и 66 прицепных вагонов трамвая.

К концу 1907 г. Миусский трамвайный парк стал целиком электрическим. В 1907 г. в связи с открытием трамвайного движения резко сократились перевозки конной тягой. На линиях московской конки на первое января 1908 г. работало 258 кондукторов, 284 кучера, 187 форейторов; на линиях электрического трамвая трудилось 247 вагоновожатых и 506 кондукторов.