Первые месяцы похода прошли благополучно. Царю сдались многие города. После семимесячной осады готов был сдаться и Смоленск. Осажденным не хватало съестных припасов, на что и рассчитывали командующие русскими полками Шеин и Измайлов. Но начавшиеся действия крымчаков все изменили. Многие дворяне, оставив армию, ускакали защищать собственные владения. Подоспевший с подкреплением польский король Владислав перерезал дорогу на Москву. Голодать начали теперь русские. Воеводы затеяли переговоры с неприятелем и пошли на слишком большие уступки: врагу доставался весь обоз и артиллерия, к тому же отступать они должны были самым позорным образом — склоняя знамена перед Владиславом.

За такое унижение царь Михаил Федорович приказал казнить Шеина, Артемия Измайлова и его сына Василия Артемьевича. В ходе следствия в числе виновных оказался и дьяк Дуровѕ

Смерть Александра Дурова в 1671 году положила конец его заботам о Знаменской церкви, которая так и не получила разрешения иметь самостоятельный клир ввиду «бедности прихода». Но именно в Знаменской церкви, стоявшей на месте нынешнего Знаменского придела (слева от главного престола), совершались все богослужения, тогда как Климентовская использовалась в качестве кладбищенской. Следы древнейшего погоста и отдельные надгробия сохранялись до конца 1940-х годов со стороны Пятницкой улицы.

Но ветшали оба храма одинаково, и в 1740-х годах их настоятель договорился с управляющим находившихся в приходе палат Алексея Петровича Бестужева-Рюмина обратиться к «боярину» с просьбой о помощи. Сам Бестужев в Москве не жил, а с детских лет находился то за рубежом, то в Петербурге. Был он дипломатом и знаменитым химиком — составителем популярных лекарств: широко известные Бестужевские капли от нервного переутомления использовались врачами еще в середине ХХ столетия.

В тот раз Бестужев, всегда отличавшийся прижимистостью, денег на обновление храмов не дал. Однако вскоре изменившиеся обстоятельства побудили его обратить внимание на свой московский приход.

Сначала Бестужев был вызван ко двору Анны Иоанновны: Бирон увидел в нем убедительный противовес враждовавшему с временщиком Остерману. Слепая преданность Бирону поставила дипломата в стан врагов сменившей Анну Иоанновну правительницы Анны Леопольдовны. Последовал смертный приговор Бестужеву, милостиво замененный ссылкой.

Ссылка, впрочем, оказалась недолгой. Анна Леопольдовна с подачи приближенных лиц тайно — не объявляя указом — вернула Бестужева и поручила ему обеспечить безопасность пребывания у власти ее семьи. Бестужев и здесь проявил редкое рвение, ловкость, но дворцовый переворот в пользу Елизаветы Петровны второй раз поставил его вне закона и привел к смертному приговору. Удивительно то, что Бестужев во второй раз сумел оправдаться и даже больше того — заслужить полное доверие Елизаветы Петровны, в чем ему помоглаѕ Климентовская церковь.

День переворота пришелся на день памяти Климента папы Римского. Новопровозглашенная императрица Елизавета решает отметить это событие возведением в петербургских слободах Преображенского полка, первым присягнувшего на верность дочери Петра, соименного полку храма Преображения с приделом в честь Климента папы Римского. Новый собор должен был стать святыней семьи Петра Великого. Поэтому такое значение придает Елизавета посвящению каждого из многочисленных алтарей. Выделяется и сравнительно небольшая сумма, которую предлагалось пополнить всем приветствующим новое правление.

Бестужев не мог не воспользоваться таким случаем. Он заявляет о своем намерении также построить в Москве храм Преображения Господня — с приделом Климента и с тем же числом алтарей. Заявляет Бестужев и об огромной сумме, вполне достаточной для строительства великолепного храма, — 70 тысяч рублей, и о назначении смотрителем работ надворного советника Воропаева, и о том, что закладка должна произойти во время коронационных торжеств в Москве. Бестужев, скорее всего, рассчитывал на присутствие самой императрицы, но добился лишь того, что церемонию возглавил один из влиятельнейших членов Синода, одинаково любимый императрицами Анной Иоанновной и Елизаветой Петровной — епископ Вологодский и архиепископ Новгородский Амвросий.

Дальше дело заметно затормозилось. Деньги стали приходить скупо и нерегулярно. Воропаеву приходилось постоянно тревожить канцлера напоминаниями — большей частью бесполезными: интересы Бестужева давно сосредоточились в Петербурге, на великой княгине Екатерине, которую он хотел видеть на престоле. В результате к 1754 году был закончен только основной объем храма с фасадами. Прихожане продолжали пользоваться временно оставленной им древней Климентовской церковью. На собственные средства они соорудили в 1756 году низенькую и никак не соответствующую стилю главного храма теплую трапезную. О внутренней отделке нового Климента они не могли и мечтать. Не мог им помочь предложением более дешевого варианта и автор проекта — он уже покинул Россию.

Называя ради спасения Климента имя Ухтомского, Игорь Грабарь, по собственному признанию, кривил душой, уверенный: среди архитекторов московской школы мастера, способного возвести памятник в стиле французского рокайля, попросту не было. Рукописный сборник, найденный в середине XIX века в городе Верхнеуральске, содержал среди прочих материалов — забавных анекдотов, рассказов о минералах, звездах, лекарствах — «Сказание» о церкви Климента папы Римского в Замоскворечье». Оно точно соответствовало обнаруженным в архиве документам, и это давало основание доверять содержащемуся в них указанию, что А.П.Бестужев-Рюмин в качестве строителя своего московского храма выбрал некоего «придворного зодчего» — без упоминания имени.

Совершенно очевидно, что опытный дипломат и царедворец должен был обратиться к архитектору, отмеченному новой императрицей. Но, будучи цесаревной, лишенная сколько-нибудь значительных средств, Елизавета общалась только с Петром Трезиным, который «перебирал» ей дом на Торговой площади в Александровой слободе — нынешнем городе Александрове. Петр Трезин был сыном первого архитектора Петербурга, строителя Петропавловской крепости, одноименного собора на ней и Летнего дворца Доменико Трезини (и, согласно легенде, крестником Петра, родившимся в Петербурге).

Строительство Преображенского собора в солдатских слободах Елизавета Петровна сначала поручает любимцу и пенсионеру Петра Великого Михайле Земцову и почти одновременно подключает к нему Петра Трезина. Однако Земцова вскоре не стало. Дело полностью перешло в руки Петра Трезина. Так не его ли, приближенного и чуть не личного друга Елизаветы, «вычислил» Бестужев-Рюмин, когда затевал свой дипломатический ход с московской церковью? Документы подтвердили: да, Петр Трезин.

Но дружба архитектора с цесаревной не переросла в дружбу с императрицей. Елизавета Петровна начинает вскоре отдавать явное предпочтение любимцу Анны Иоанновны графу В.В.Растрелли.

Растрелли становится основным «строительственным директором». Петр Трезин не только не получает новых заказов, но и уже начатые им работы одна за другой переходят к графу. Глубоко обиженный, Трезин делает последнюю попытку привлечь к себе внимание императрицы. Уехав по ее поручению в Италию, чтобы восстановить некогда созданный Петром Великим институт пенсионерства русских художников, он оттуда шлет письмо, где излагает условия продолжения своей службы в России. Письмо остается без ответа. «Крестник Петра» навсегда исчезает с русского горизонта. И меньше всех заботится о его судьбе Бестужев-Рюмин.