В первой половине XIX столетия была сломана стена северной паперти, и на этом месте выстроен тёплый придел. В алтарной части расширена арка и оконные проёмы. В конце XIX века храм был расписан аналогично собору Василия Блаженного на Красной площади. В 1910 году западную открытую паперть сооружённую в XIX веке, переделали в закрытую с окнами.

Из книги „Выходы Великихъ Государей" за 1844 год : "Выходы царя Алексъя Михайловича въ село Дьяково, въ день праздника 1661 г., августа въ 29 день слушалъ государь всеношнаго въ селъ Коломенскомъ, въ церкви Iоанна Предтечи. Объдни Государь слушалъ у праздника жъ, въ той же церкви.—1664 г. августа въ 29 день, слушалъ великiй государь всеношнаго въ сель Коломенскомъ, въ хоромахъ, въ комнатномъ платьъ. Того жъ дни слушалъ великiй государь объдни у праздника Iоанна Предтечи въ селъ Дьяковъ.—1665 и 1667 гг., августа въ 29 день великiй государь слушалъ всеношнаго и объдни у праздника въ селъ Дьяковъ.— 1671 г., августа въ 29 день слушалъ объдни въ той же церкви.— 1679 г., августа въ 29 день слушалъ великiй государь Федоръ Алексъевичъ всеношнаго бдъния и божественной литургiи въ церкви Iоанна Предтечи, въ селъ Дьяковъ.

В последнее десятилетие XVII в. дьяковской церковью пользовались как жители сел Дьякова и Коломенского, так и обитатели таких отдаленных деревень, как Черная Грязь (ныне Царицыно). При храме находилось кладбище, варварски снесенное во времена олимпиады . Многие из могильных надгробий являлись настоящими произведениями русского камнерезного искусства XVII-XIX вв.

С 1930 по 1962 год П.Д. Барановский и И.И. Новиков выполняли работы по возвращению памятнику первоначального облика. Позднейшие пристройки были разобраны и восстановлены первоначальная побелка и фрески в сводах куполов, впоследствии забеленные. Добиваясь выселения общины из Дьяковской церкви в целях проведения неотложных ремонтно-реставрационных работ по аварийному зданию, Барановский едва не был убит прихожанами церкви. События вокруг Дьяковской церкви обострились летом 1924 г., когда музейный отдел Главнауки распорядился изъять имущество, «не имеющее историко-художественного значения», из «церквей-памятников» Коломенского, поместив его в склады музея . Посланный в Дьяково сотрудник музея был избит местными крестьянами, а отобранные им в церкви предметы унесены и спрятаны. Присутствующий при этом помощник заведующего совхозом, пытавшийся урезонить крестьян, едва не поплатился жизнью. Разъяренная толпа направилась к зданиям музея и совхоза в с.Коломенском, заставив убежать охранявших сад студентов Университета имени Я.М.Свердлова. Толпа разошлась поздно ночью . Крестьяне угрожали расправой и рабочим, занятым реставрацией Дьяковской церкви и, видя, что те не бросают работы, заперли их снаружи . Верующие села Дьякова, слободы Садовой и деревень Чертаново и Беляево (Ленинской волости Московского уезда) обращались с заявлениями в Президиум Моссовета, указывая на неправые с их точки зрения действия Барановского. В этом наметившемся противостоянии Барановского и прихожан Дьяковской церкви Отдел музеев Главнауки всякий раз принимал сторону реставратора.

Можно предположить, что до храма Усекновения Честныя Главы Иоанна Предтечи здесь стояла другая церковь, построенная на древнем легендарном Велесовом Капище близ «Волосового», или «Голосового» оврага.

Замечательный природный ландшафт с древней церковью, садами и оврагами часто служил местом действия средневековых легенд. Одна из таких легенд связана с огромным, причудливой формы камнем, плитой кварцевого аптского песчаника — «Девий», или «Бабушкин» камень, лежащий на откосе правой стороны Голосового оврага.Внешне это — кусок плиты песчаника размером 2х1,5 метра с характерными выпуклостями овальной формы.По заключению геологов, выпуклости образовались еще в геологическую эпоху путем осаждения взвешенных частиц на валунах, Поверхность этого камня необычной формы в виде «женской груди» или «головок младенцев » до сих пор является предметом поклонения людей, наделяющих камень силой исцеления от бесплодия. Когда возникли легенды, остаётся неизвестным. Вероятно, что ещё во времена дьяковцев или ранних славян поклонялись этому камню. В воспоминании Адама Олеария о путешествии в Московию и через Московию в Персию и обратно в 1647 году подобный камень упоминается с очень интересным описанием: «Вечером пришли мы к селу Коломенскому, находящемуся на берегу стоячего озера (о наших ли местах идёт речь?). Недалеко отсюда нашли мы в кустах у дороги очень большой, широкий камень, лежавший точно надгробная плита. Его тиран Иван Васильевич хотел перевезти из Лифляндии в Москву. Когда, однако, возчики услыхали, что тиран умер, они тот час бросили камень и оставили его лежать. Такие камни, которые должны были доставлены из Ревеля в Москву, лежат и дальше, на расстоянии одного дня пути, у реки, через которую нужно переправляться». Легенда, бытовавшая у местных жителей, связывает «Девий камень» со святым Георгием, который на этом месте вел битву с врагами(по другой версии с тем самым змеем) и у него погибли жена и дети, якобы похороненные под этим камнем. С этим связывается и способность камня помогать женщинам в деторождении. Отсюда и его название.В том же овраге находится т.н. "Конь-камень",по легенде конь Георгия споткнулся об него.

В легенде в скрытой форме нашли свое отражение, очевидно, подленные события отдаленных времен: борьба церкви с язычеством.http://kahirka.narod.ru/karts/kasdiakaero.htm Название села-Дьяково известно любому археологу и историку. Рядом с селом находится высокий, пирамидальной формы, холм — «Дьяково городище». Здесь находилось поселение древнего человека, укрепленное валами и рвами. Дьяковское городище, археологическое изучение которого началось еще во второй половине XIX в., дало название целой археологической культуре — дьяковской, занимавшей в VII в. до н.э. — VII в. н.э. обширные пространства Волго-Окского междуречья.

История его изучения довольно любопытна. О его существовании знал еще 3.Ходаковский (псевдоним польского историка и археолога Адама Чарнотского), сосланный в Россию в конце XVIII в. за участие в польском национально-освободительном движении. По его мнению Дьяковское городище являлось культовым памятником — «святилищем».

Копать городище начали местные крестьяне, добывавшие на нем чернозем для своих огородов.

В 60-е годы XIX в. им заинтересовался видный археолог Д.Я. Самоквасов, скупавший древние вещи добытые крестьянами при земляных работах. В Государственном историческом музее хранится его коллекция вещей, носящая название «дьяковского клада».

Но понастоящему археологическое изучение памятника началось лишь в сентябре 1875 г. раскопками сотрудника Румянцевского музея Г.Д. Филимонова. Работы велись с целью получения экспонатов для Румянцевского музея. Для этого были заложены две крестообразные траншеи на площадке городища, не доведенные даже до материка. Краткая информация о раскопках затерялась в малоизвестном издании.

Исследование памятника продолжил В.И. Сизов. Работы проводились в 1889 и 1890 гг. на более высоком уровне, чем у предшествовавших исследователей.