Следует отметить, что запрет приобретать владения, установленный в 1581 г. и подтвержденный в 1584 г., в бурных событиях первого десятилетия XVII в. обходился монастырями при попустительстве правящих лиц, стремившихся заручиться поддержкой церковных иерархов и игуменов крупнейших монастырей (из которых эти иерархи избирались). Правительство Михаила Федоровича, при котором реальная власть находилась в руках его отца, патриарха Филарета, подтвердило захваты земель церковниками и привилегии духовенства. Второй влиятельный патриарх XVII в., Никон, основал крестный монастырь; в конце столетия у этого монастыря было 900 дворов крестьян.

Главной повинностью принадлежащих духовенству крестьян была барщина – обработка монастырской и архиерейской пашни. Платили они также натуральный и денежный оброки. размеры последнего к концу XVII в. увеличились, что вызвало жалобы крестьян. Эксплуатация приводила к активным выступлениям против монастырей; особенно усилились они в первой половине XVIII в.

В истории монастырского крестьянства вторая половина XVII в. является важным периодом. Обычно объем крестьянских повинностей определялся на условную податную единицу – выть, общее число вытей самой крестьянской общиной (миром) раскладывалось по семьям – тяглам. К концу столетия все чаще объем повинностей определялся прямо на тягло. «Сущность любого обложения при феодализме (вытного, потягольного, подушного) одна – учет в первую очередь трудовых ресурсов (а потом уже производственных возможностей) крестьянских дворов. Только в первом случае, при вытном обложении, контроль земельного собственника за этим учетом остается на уровне выти (а далее распоряжается мир), а в двух других – проникает вглубь, до уровня отдельного тягла и тяглеца… означая… для непосредственного производителя и общины в целом огромное усиление интенсивности феодальной эксплуатации».

Помимо барщины крестьяне платили владельческие и государственные повинности натурой и деньгами. Так, например, суздальский Покровский монастырь в 1620-х годах брал ежегодно с каждой выти по 200 яиц, 0,5 пуда масла, овчину, 0,5 четверти хмели, 0,25 четверти конопли, сажень дров, приказчику платили по одному алтыну, да на три праздника давали один раз по хлебу и сыру, два раза по хлебу и «лытке мяса», а также «куряти» и «поярка» (ягненка) или деньгами. По государственным повинностям платили налоги: «стрелецкий хлеб» (по 5, а после 1688 г. по 7 четвериков ржи и овса с двора, ямские (почтовые) и «полоняничные» (на выкуп попавших в плен в войнах или при набегах крымских татар) деньги, на содержание отставных стрельцов, на покупку сена для царских лошадей и др. Особенно разорительной была «подводная повинность», то есть перевозка людей и грузов по требованию властей, не считавшихся с тем, что это могло быть в ущерб крестьянскому хозяйству. Крестьяне поставляли даточных людей в армию и людей на государственные работы. А были еще и чрезвычайные сборы: с 1679 по 1701 г., за 22 года они собирались четырнадцать раз. К концу XVII в. тяжесть государственных повинностей выросла приблизительно на 60%. В XVIII в. она возросла еще больше. Неудивительно, что крестьяне восставали против монастырских и государственных властей.

Монастыри занимались не только сельским хозяйством, но и торговлей. Особенно выделялся торговавший солью Соловецкий монастырь. Поощрялась и торговля монастырских крестьян. Возле крупных монастырей регулярно проводились ярмарки, некоторые из них приобрели всероссийское значение (у Свенского монастыря в Брянске, Макарьевского на Волге и др.). Ремесленники и торговцы селились рядом с монастырями, образуя торгово-промышленные посады. Некоторые из них стали впоследствии городами (Тихвин, Загорск).

Больше двух десятков монастырей имели в XVII в. каменные стены, за которыми при нападении врагов отсиживалось окрестное население. В этом случае монастыри превращались в настоящие крепости. Так, получили широкую известность осады Троице-Сергиева и Соловецкого монастырей.

Троице-Сергиев монастырь осаждали люди тушинского самозванца Лжедмитрия II вместе с вторгшимся в Россию польско-литовским войском. Общая численность осаждавших определяется от 15 до 30 тыс. человек. Осада продолжалась 16 месяцев (с сентября 1608 г. по январь 1610 г.). Монастырь защищали дворяне из разных городов, стрельцы, казаки, другие служилые люди, сами монахи и монастырские слуги, многие из которых могли иметь военный опыт. Интервенты вынуждены были снять осаду, не добившись успеха.

Соловецкий монастырь, расположенный на островах в Белом море, был одним из самых богатых монастырей, в котором кроме монахов работало много бельцов, не состоявших в монашестве. Соловецкие монахи и бельцы были старообрядцами, раскольниками, выступавшими против церковной реформы, проводимой патриархом Никоном, а после его падения – царем Алексеем. Выступая против реформы, которую осуществляло правительство, старообрядцы пользовались поддержкой крестьян и других групп населения, недовольных закрепощением и усилением эксплуатации. Соловецкий монастырь отверг реформу и бросил вызов царю, написав ему: «Не вели, государь, больши того к нам учителей присылати напрасно, понеже отнюдь не будем прежней нашей православной веры применить, и вели, государь, на нас меч свой прислать царский и от сего мятежного жития преселити нас на оное в вечное житие», то есть предать смерти. И царь прислал свой «меч», направив на усмерение непокорного монастыря стрельцов. Осада продолжалась восемь лет; монастырь был взят после измены одного из защитников, указавшего осаждавшим тайный ход. Из 500 человек, сидевших в осаде, в живых осталось 60 человек.

Рубеж XVII-XVIII в. является важной датой в развитии землевладения русской православной церкви. Если в XIV-XVI вв. сложилось крупное землевладение духовенства, то в XVII в. шел процесс его укрепления и развития: крестьяне были закрепощены не только фактически, но и юридически, «подавляющая часть богатых и крупных монастырей и архиерейских домов вела самостоятельное и большое земледельческое хозяйство, основанное на труде зависимых крестьян… Эти владения имели излишки хлеба и денег и вели свое хозяйство на расширенной основе, и, вполне вероятно, у многих оно носило товарный характер, барщина и денежный оброк постепенно увеличивались». И тут политическое могущество церкви, осмелившейся в лице патриарха Никона даже вступить в открытую в открытую борьбу с царем, было сломлено: Петр I, укрепляя свою абсолютную власть в борьбе с боярством, не мог оставить в неприкосновенности церковь, являвшуюся, по сути дела, государством в государстве.

Исследователи отмечают два основных направления в политике государства по отношению к церкви в XVI-XVII вв.: во-первых, ограничение роста землевладения путем запрета покупки земель, приема вкладов имений «на помин души», обмена вотчин (что, как правило, было скрытой формой покупок); во-вторых, сокращение феодальных привилегий церкви как землевладельца. Соборное Уложение 1649 г. подтвердило первое направление политики, записав, что «впредь… патриарху, и митрополитам, и архиепископам, и епископам, и в монастыри ни у кого родовых, и выслуженных, и купленных вотчин не покупати, и в заклад не имати, и за собою не держати, и по душам в вечный поминок не имати никоторыми делы». Это обходилось. Кроме земельных владений в руках наиболее богатых монастырей скопились огромные денежные средства. Известно, что, например, Троице-Сергиев монастырь всего за пять лет (1694-1699 гг.) дал Петру I по его требованию 127,5 тыс. руб. – по тому времени очень большую сумму, в переводе на деньги конца XIX в. – 2 млн. руб. У ростовского архиерейского дома взял 15 тыс. руб. (255 тыс. руб. на деньги конца XIX в.) и 15 пудов серебра. Брал он и других монастырей и архиереев.