Успенский собор, будучи кафедральным, с самого начала играл видную роль в идейно-политической жизни Москвы и всего Российского государства. Уже вскоре после его постройки он стал местом коронации русских государей.

Здесь в 1498 г. Иван III короновал великим князем внука Дмитрия (сына Ивана Ивановича Молодого и Елены Волошанки) в обход своего старшего сына Василия от Софьи Палеолог. Хотя впоследствии, в самом начале XVI в., Иван III и отстранил Дмитрия от политической жизни, склонившись в пользу Василия, однако разработанный в 1498 г. по византийскому образцу пышный ритуал коронации продолжал существовать, а в дальнейшем лег в основу коронации Ивана IV в 1547 г. царским венцом. В Успенском соборе происходило и рукоположение митрополитов. Наиболее ранний сохранившийся документальный источник - акт поставления митрополита Иоасафа - датирован 1539 г. В 1589 г. в Успенском соборе константинопольским патриархом Иеремиею был поставлен первый в России патриарх Иов. В Успенском соборе погребены митрополиты и патриархи, за исключением подвергшихся ссылке, лишенных митрополичьего (в дальнейшем патриаршего) престола либо самовольно его оставивших. Большую часть доходов собора составляли пожертвования, которые делались, в основном, на поминовение своей души. Поминовение в Успенском соборе было почетным.

Стены Успенского собора были свидетелями бурных событий. Во время знаменитого Московского восстания 1547 г. ненавистный временщик, дядя царя, князь Ю. В. Глинский пытался спрятаться в Успенском соборе.

Собор часто страдал от пожаров. Пытаясь по возможности освободить от лишних нагрузок верхи здания, Аристотель пошел на такой рискованный шаг, как устройство на соборе деревянных кровель, с последующей опайкой их жестью. Кровли были уложены посводно и постоянно худились. Уже в 1493 г. собор дважды зажгла молния. Губительным оказался пожар 1547 года. В нем пострадала западная паперть собора и обгорел колончатый фриз над нею.

К XVII веку уже стало ясно, что Большой Успенский собор Аристотеля Фиораванти, задуманный и выстроенный с использованием приемов западноевропейского строительного искусства, освобожденный от опор и многоярусных проемных связей, перекрытый сводами наилегчайшей конструкции не выдержал испытания временем. Облицованные белокаменными квадрами тонкие полутораметровые стены собора дали трещины и начали расходиться в верхних своих ярусах. Не спасли положение ни предусмотрительно заложенные Аристотелем в уровне пят сводов кованные внутристенные и проемные железные связи (их сечение оказалось недостаточным), ни изумившая современников небывалая (всего в один кирпич) тонкость крестовых сводов, перекрывавших к тому же самые большие для своего времени – 6 х 6 м - соборные компартименты. В 1624 году угрожавшие падением своды были разобраны "до единого кирпича" и вновь сложены с учетом образовавшихся в верхнем ярусе деформаций по измененному рисунку ("вспарушенной" конфигурации), с армированием их связным железом и с введением дополнительных подпружных арок. Неоднократно в XVII проводились подновления росписей. В 1642-1643 году проводились обширные работы по восстановлению стенного письма. Работы проводила группа царских и "городовых" иконописцев под руководством Ивана Пасеина. Фрески согласно царскому указу повторяли живописные сюжеты 1513-1515 гг. Кроме того, в соборе были устроены слюдяные двери с медными решетками. По окончании работ большая часть лиц, принимавших в них участие, получили от царя щедрые подарки сукнами, соболями, серебряными кубками и ковшами.

В 1660-х годах поновлялась живопись наружных стен: над алтарями, над северными и западными дверьми. В 1673 году под руководством Симона Ушакова были написаны вновь находившиеся над южными дверьми образа Спаса Нерукотворного и Пречистой Богородицы со святыми.

В 1653 году были предприняты обширные работы по капитальному ремонту иконостаса. Возобновлена живопись, сделаны серебряные оклады на иконы и серебряные подсвечники. Ремонтными работами 1620-х годов не удалось полностью исправить положение. Из-за неравномерной осадки фундаментов на протяжении всего XVII века западная стена собора находилась в аварийном состоянии. В 1683 году, после очередного большого пожара (к этому времени уже окончательно погибло в пламени белокаменное убранство барабанов, карнизы барабанов почти полностью осыпались) собор еще раз капитально ремонтируется. В нем заново "пробираются" стрелки сводов, а барабаны укрепляются связями "накрепко" и вычиниваются.

Собор был свидетелем многих событий, особенно во время бурного начала XVII века.

На Соборной площади Кремля с севера от Успенского собора был воздвигнут трехглавый собор Богоявленского монастыря, выполненный в духе традиций московского зодчества XIV в.

Также вскоре на юго-западной стороне площади было сооружено существующее доныне здание Благовещенского собора(1484-1489), являвшегося частью великокняжеского дворцового комплекса. Этот собор строили псковские мастера, и здесь снова очень ярко проявился творческий синтез различных архитектурных школ – владимиро-суздальской и псковско-новгородской. Как и раннемосковские соборы, Благовещенский собор был вначале трехглавым, но уже в XVI в. стал пятиглавым. Приемы внешнего убранства заимствованы и от московских традиций (аркатурные пояски) и от псковских (узоры верхней части куполов). Тогда же псковские мастера построили с западной стороны от Успенского собора небольшую церковь Ризположения(1485-1486).

В Кремле был построен также великокняжеский дворец и некоторые другие каменные палаты, в том числе и на митрополичьем дворе. Затем в 1505 – 1508 гг., уже при Василии III, еще один итальянский мастер - Алевиз Новый - построил усыпальницу великих князей – Архангельский собор. В противовес строгому виду Успенского собора Архангельский собор внешне очень наряден и декоративен и даже мало походит на храм. Во внешнем облике Архангельского собора многое взято от приемов зодчества итальянского Возрождения, но внутренняя основа собора сохранена в духе традиций русского зодчества (куб, увенчанный пятиглавием, и т.п. особенности).

В самом начале XVI в. был воздвигнут еще один собор в Кремле – собор Чудова монастыря, в котором ярко проявились особенности новой московской архитектуры – сочетание строгости и величественности с декоративными приемами внешнего украшения здания. Некоторые исследователи считают, что в строительстве собора Чудова монастыря и ряда других усадебных церквей, условно датируемых 1500-х гг. (Св. Троицы в Чашникове и Рождества Христова в Юркине), принимали участие итальянские мастера[2,с.134].

Этот новый московский стиль явился результатом творческого обобщения всего того яркого и разнообразного художественного богатства, которое было применено разными мастерами, представителями разных школ, во время застройки Кремля. В своеобразном творческом соревновании традиций Владимиро-Суздальской Руси и итальянского Возрождения, раннемосковской школы и новгородско-псковской складывалась и формировалась новая, общерусская архитектурная школа, характеризуемая большим богатством и разнообразием форм.