В некоторых месторождениях, особенно близповерхностных (U, Ag, Sn и др.) отмечается обратная температурная зональность (на поверхности развиты высокотемпературные парагенезисы, сменяемые с глубиной низкотемпературными), парадоксальная для традиционного объяснения зональности удалением от магматического очага. Примером является олово-урановое месторождение Бутугычаг на Колыме. Линдгрен называл такие объекты ксенотермальными. Возможное объяснение их природы заключается в образовании руды в нисходящей ветви конвективного потока вещества и энергии при аномально быстром остывании магматического очага.

Для экзогенных месторождений зональность контрастно проявлена для месторождений типа железных шляп сульфидных залежей, где в диапазоне глубин от 0 до 20-60 м сверху вниз происходит смена зоны осветленных (выщелоченных) пород бурыми железняками, кремнистой плиткой, зоной барит-кварцевых, затем сульфидных сыпучек и зоной вторичного сульфидного обогащения. К низам окисленных руд (то есть к кремнистой плитке, барит-кварцевой и сульфидной сыпучкам) тяготеют максимальные (до ураганных) содержания золота и серебра, а к зоне вторичного сульфидного обогащения – цветных металлов.

Также четкая зональность проявляется по вертикали в разрезе бокситовых залежей в корах выветривания и продуктах их переотложения.

В то же время многие осадочные месторождения железа, марганца, солей обладают удивительной выдержанностью минерального состава на протяжении многокилометровых рудных тел. Это же относится и к месторождениям каменного угля, где по простиранию пласта обычно незначительно меняется лишь зольность и влажность углей. Как правило, однородна по составу и нефть одного и того же месторождения, в то время как в пределах нефтеносного района (например, Волго-Уральского) характерны значительные колебания состава нефти (в направлении к Уральским горам в целом возрастает сернистость и вязкость нефтей).